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与购货方在运费结算方面有两种方式：一是代垫(承运单位将运费发票
开具给购货方销售方原票转交)，二是第三方代收代付业务代付(承运单位将運费发票开具给销售方销售方将运费并入货款)。由于在税收方面代垫运费销售方不需承担税负，而第三方代收代付业务代付运费则要承担额外的税负(因为运费抵扣率只有7%而并入货款征税税率为17%，低扣高征)所以，在业务中销售方大多希望采用两票制结算，即代垫运費但是，代垫运费必须符合特定的条件才是符合税法规定的。两者的主要区别见下表(略)
对于销货方而言“两票结算”的存在是苻合税法规定的，但应限定为：在货物销售时凭按出厂价填开的货物发票和由销售方代付运费的运票向购货方收取货款和代垫运费的结算方式关键是出厂价销售货物，即销售行为发生地点是在销售方这才有了应由购买方把货物运回并支付运费的责任。反之若销售行为发苼地点是在购买方则货物运送的责任是销售方，显然就不存在“两票结算”基础如果销售方的一项销售行为既涉及货物又涉及非应税勞务，为混合销售行为应当缴纳增值税，其承担的运费可以作为增值税的扣除项目对于购买方而言，货物购买地点在己方就没有支付运费的理由。所以“两票结算”仅存在于“发货制”的销售方式中，对于实行“送货制”的销售行为只能实行“一票结算”即凭货粅销售发票结算。
税务机关对于代垫运费的检查重点是：
1. 把握交易地点确定货物的销售方式，明确谁该承担运费
2. 把握开票地点，查虚假代开运费行为核实货物销售收入。
注意： (1)到购货方所在地开运票的代垫运费;
(2)到第三方开运票的代垫运费
3. 把握运票的开票人，是承运人还是由销售方(包括自行填开或到当地税务部门代开)核实是代垫运费、代组织运输还是经营运输。就开票人而言代垫运费是销售方向承运人索票付款后形成的。
(1)销售方自行填开运票——混合销售收入
(2)销售方到地税部门代开运票——代组织运输
(3)销售方向承运人支付运费后加价到地税部门代开运票——经营运输(混合销售)
4. 把握物流和资金流的内在联系，查运票填开内容真实性和完整性核实虚开、高开运费分解货物销售收入的行为。
