boxshade可以mfc如何调整控件z序列序列每行数目吗

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如何用clustalx做序列同源比对后的结果图
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这个帖子发布于9年零58天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我用clustalx1.83做了几个序列的同源比对,但是所得到的结果图老是不能得到和别人发表文章时用的那种黑白很明显的图,要发表文章,急呀,求各位高手帮忙呀!
附:我在别的文章中看到的一般人家的比对结果图
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发表在高档次的刊物需要用Boxshade着色:网址:http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html用记事本打开Cluastalx生成的ALN文件全选复制粘贴在Boxshade主界面的序列源,注意输入格式是ALN输出格式选择RTF_NEW即可提交后在结果页面下载文件Good LuckRaindy 08.04.22.
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dachong99 edited on
boxshade图解教程 可以看这里:
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This alignment is generated by BOXSHADE after sequenced by CLUSTALBOXSHADE is a program for pretty-printing multiple alignment output. The program itself doesn't do any alignment, you have to use a multiple alignment program like ClustalW or Pileup and use the output of these programs as input for BOXSHADE.
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是不是别的序列编辑软件也能做出这样的效果呢比如bioediter???
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genedoc 软件做的。
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进来学习下
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genedoc 软件如何获得?
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zjlong genedoc 软件如何获得?
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有genedoc 软件使用的使用手册吗?中文更好.
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好东东,收藏了先!谢啦!
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Bioedit 是个好软件,可以试试,免费的。
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boxshade可以很容易做出来 的
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有没有说明书啊?
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进来学习啊
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呵呵,学习下了!
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bioedit 的File下的graphy view可以做的,而且很容易调整 。
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发表在高档次的刊物需要用Boxshade着色:网址:http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html用记事本打开Cluastalx生成的ALN文件全选复制粘贴在Boxshade主界面的序列源,注意输入格式是ALN输出格式选择RTF_NEW即可提交后在结果页面下载文件Good LuckRaindy 08.04.22.
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dachong99 edited on
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加入序列后,在Alignment中Do a complete Alignment结果与你想要的结果一样的,保存时file中write Alignment as postScript生成一个文件可以用pdf格式打开,颜色还可以是彩色呢
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boxshade图解教程 可以看这里:
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借这个帖子问一下大家,除了以上这些软件,有没有命令行式的或者说 dos或linux下可运行的类似软件啊。 也就是说,比如说我有用clustal得到的aln或者phy文件,那么我可以用这样一个程序,在dos控制台或者linux的控制台的命令行里输入如下命令:”程序名
输入文件名
输入文件格式
输出文件名“得到的输出文件,就是比对结果的着色图
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向高人学习!
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BOXSHADE作出来的图是黑色和灰色阴影的,有没有能作彩色阴影图的办法?
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shengchunquan BOXSHADE作出来的图是黑色和灰色阴影的,有没有能作彩色阴影图的办法?ESPript
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向前辈学习!致敬!!!
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感谢前辈们的讲解,请问大家可否描述一下ESPript的具体用法,我是用clustal得到的aln,直接submit , 然后就出现如下界面了,大家知道什么原因吗
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[SOS]BoxShade-多重比对序列着色标记问题
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这个帖子发布于11年零281天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
大家都知道多重序列比对后为达到高档刊物出版的要求,常常要使用BoxShade软件来标记着色处理,最近本人对水稻病毒某个片段不同分离物用ClustalX进行比对后将生成的ALN格式文件联系到BoxShade在线服务器返回生成的PS文件居然只显示了一部分不知为何无故截短?我的是蛋白序列长度为426个氨基酸结果只显示到240个氨基酸左右也没有下文了不知道大家有没有遇到这种问题附:用另一个程序ESPrint也同样只显示一部分但其附带的PDF则有全文
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没人知晓?
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谢谢Revelation兄但是一般生成的PS文件都无法显示完全我的这个问题还是没解决或者说没有找到原因呵呵附图为ESPript处理后的效果图应该不会亚于Revelation兄上图的效果吧
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在用clustal程序比对后,会生成两个文件,其中一个是*.aln文件,用记事本打开后,全选,然后用在线的boxshade软件进行着色即可。注意是全选,而不是仅仅选中全部序列,还要包括文件开头“CLUSTAL X (1.81) multiple sequence alignment”,这样后续着色会把这个文件名忽略掉,最后剩下的就是你要的纯序列着色图;否则,boxshade程序会把开头的比对序列认为是文件名称或者描述而忽略掉。很多虫子可能注意到这个现象了。
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51movie 在用clustal程序比对后,会生成两个文件,其中一个是*.aln文件,用记事本打开后,全选,然后用在线的boxshade软件进行着色即可。注意是全选,而不是仅仅选中全部序列,还要包括文件开头“CLUSTAL X (1.81) multiple sequence alignment”,这样后续着色会把这个文件名忽略掉,最后剩下的就是你要的纯序列着色图;否则,boxshade程序会把开头的比对序列认为是文件名称或者描述而忽略掉。很多虫子可能注意到这个现象了。我平时就是Ctr+A,就是全选啊
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请问这个短一截的问题解决了吗
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刘少贞 请问这个短一截的问题解决了吗还是没有
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九年了,还是没人解决吗?
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解决了,全选复制粘贴的时候末尾会粘上空格,需要把空格去掉,才会出来全部的序列 PS RTF_new可以全部出来,PostScript_portrait不行 割了序列长的话需要改变字号Font Size为8,PostScript_portrait就可以导出完全了
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林七 edited on
不是ps文件生成不全吧,可能应该是显示问题。用GSview打开ps文件时只显示第一页,回车后显示第二页,如此继续...或是软件和在线工具都比10年前升级呢?
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xianyuanshan edited on
短一截这个问题
怎么解决的呢
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末尾的空格去掉还是不行,是为什么呢
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