开放读码框阅读框是指的什么？

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2011-10-09 03:03 标签： 开放读码框
TransDecoder：预测转录本序列中的开放阅读框（ORF） - 推酷
TransDecoder：预测转录本序列中的开放阅读框（ORF）
TransDecoder identifies candidate coding regions within transcript sequences, such as those generated by de novo RNA-Seq transcript assembly using Trinity, or constructed based on RNA-Seq alignments to the genome using Tophat and Cufflinks.TransDecoder identifies likely coding sequences based on the following criteria:
* a minimum length open reading frame (ORF) is found in a transcript sequence
* a log-likelihood score similar to what is computed by the GeneID software is & 0.
* the above coding score is greatest when the ORF is scored in the 1st reading frame as compared to scores in the other 5 reading frames.
* if a candidate ORF is found fully encapsulated by the coordinates of another candidate ORF, the longer one is reported.
However, a single transcript can report multiple ORFs (allowing for operons, chimeras, etc).
* optional the putative peptide has a match to a Pfam domain above the noise cutoff score.
官方主页：
Github地址：
工具导读：
对一条转录本序列预测ORF有很多不同的策略，比如：
（1）、与NR库比对，选取阅读框，然后使用ESTscan或者 EMBOSS sixpack/transeq 指定阅读框，翻译；
（2）、 如果是微生物的RNA-seq拼装结果，可以直接使用Prodigal等基因预测工具；
（3）、真核RNA-seq de-novo 拼装的转录本，推荐使用TransDecoder；
最新版本的TransDecoder 比先前的版本好用很多，其中操作上比较方便的是把原先一个命令拆分成几个步骤操作，比如：将预测的longest_orfs序列与Pfam序列比对和与其它数据的同源性搜索分离，这样可以使用外部的数据拆分提交程序，可以减少运行时间。
该软件安装比较简单，下载解压然后make
小技巧： TransDecoder 使用了cd-hit-est 对序列进行聚类， 其实这个可以改写成usearch/vsearch 提速，不过一般序列都不多，速度都不是问题，但是， 还是需要 TransDecoder.Predict 中的执行cd-hit-est 这一步将线程调整成多线程模式，别浪费CPU；
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开放探究型材料题的开放性指什么
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什么是开放阅读框
这是因为在没有其它信息的前提下，其DNA序列被解读，对应三种不同的起始位点）开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)是基因序列中的一段无终止序列打断的碱基序列，可编码相应的蛋白，符合这些条件的序列有可能对应一个真正的单一的基因产物，DNA序列可能按六种框架阅读和翻译（每条链三种。当一个新基因被识别。ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。ORF识别包括检测这六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的DNA序列而其内部不包含启动子或终止子，人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什么
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