如何从转录组测序结果中找差异基因进行qrtpcr_百度知道
如何从转录组测序结果中找差异基因进行qrtpcr
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录本是一个基因序列通过一种剪切后所得的能RNA,也说是一个转录本了.还有没有参考基因组序列的,一般是不可能去GO功能注释的.因为去功能注释的时候要有一个背景.以前说转录本都是说表达蛋白的.现在LncRNA的研究多了
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【专题讨论】lncRNA研究专题讨论答疑贴
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这个帖子发布于2年零279天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
lncRNA(longnon-coding RNA)是一类转录本长度大于200nt的非编码RNA，最初被认为是基因组转录的“噪音”，通常伴随着mRNA协同转录，而转录水平往往低于mRNA，被当成是RNA聚合酶II转录的副产物。然而，近年来的研究表明，lncRNA能够通过多种方式发挥调控作用，参与了转录调控、组蛋白修饰、入核转运、染色体失活等过程，其转录和功能失调可能导致多种疾病的发生。它代表了基因组存在人类知之甚少的“暗物质”。鉴于其功能的重要性和多样性，越来越多的科研人员参与到对其的研究中来，引用BioTechnicques2013最新通讯上的话：&Longnoncoding RNAs(lncRNAs) are everywhere these days&，各种高端杂志上发表了大量的综述性和研究性文章。目前，对lncRNA功能的发掘1%都不到，而且发现新lncRNA的数量还在急剧增长，各种lncRNA的数据库诸如noncode，LncRNADisease等对lncRNA种类和功能进行收录和更新，而一些新的机制，比如ceRNA也在围绕lncRNA展开，可以看到，在这个领域的研究呈现出一幅如火如荼的场景。此次受丁香园邀请，特开此lncRNA研究答疑帖。对站友们提出的技术问题给予解答和讨论，希望能够和大家相互学习，共同进步！同时感谢版主的支持！谢谢！相关技术专题：
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LncRNA的作用机制不清楚，lncRNA的功能非常难研究。当前很多通过研究miRNA与lncRNA, protein(RNA结合蛋白)与lncRNA的调控关系来揭示非编码RNA的功能，热门研究之一是通过竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络研究lncRNA的功能。相关的miRNA-lncRNA, protein-lncRNA, ceRNA调控网络资源包括（1）（http://starbase./mirLncRNA.php）： 构建了最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA和lncRNA, Protein(RNA结合蛋白)和lncRNA (包括了lncRNA，pseudogene， circRNA)的调控关系网络,构建了和提供了长。此外，starBase还构建了最全面的包含了14癌症类型（&6000个样本）（泛癌）表达图谱和互作网络。[]（2）数据库（www.microrna.gr/LncBase）构建了基于单个CLIP-Seq数据和计算机预测的miRNA和lncRNA调控关系。[Nucleic Acids Res. 9-45.]
(3) miRcode：http://www.mircode.org/mircode/，瑞典哥德堡大学的研究人员开发的一种可以搜索的界面软件来预测miRNA的靶点，当前的版本覆盖了完整的GENECODE注释的转录组，包括10419条已经注册的lncRNA。希望以上资源对本专题讨论有用。也希望能为大家解答lncRNA生物信息学相关的疑问。
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yjhua2110 edited on
LncRNA的作用机制不清楚，lncRNA的功能非常难研究。当前很多通过研究miRNA与lncRNA的调控关系来揭示非编码RNA的功能，热门研究之一是通过竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络研究lncRNA的功能。相关的miRNA-lncRNA, ceRNA调控网络资源包括（1）（http://starbase./mirLncRNA.php）： 构建了最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA和lncRNA (包括了lncRNA，pseudogene， circRNA)的调控关系网络,构建了和提供了长。（2）数据库（www.microrna.gr/LncBase）构建了基于单个CLIP-Seq数据和计算机预测的miRNA和lncRNA调控关系。希望以上资源对本专题讨论有用。也希望能为大家解答lncRNA生物信息学相关的疑问。
推荐几篇最近发表在高水平杂志的miRNA调控lncRNA (广泛定义也包括pseudogenes和circRNAs)的文章如下：A long noncoding RNA controls muscle differentiation by functioning as a competing endogenous RNA. Cell. 2011 Oct 14;147(2):358-69A coding-independent function of gene and pseudogene mRNAs regulates tumour biology. Nature. 2010 Jun 24;465(-8.A ceRNA hypothesis: the Rosetta Stone of a hidden RNA language? Cell. 2011 Aug 5;146(3):353-8.Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency. Nature. 2013 Mar 21;495(.Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges.Nature. 2013 Mar 21;495(.Endogenous miRNA sponge lincRNA-RoR regulates Oct4, Nanog, and Sox2 in human embryonic stem cell self-renewal. Dev Cell. 2013 Apr 15;25(1):69-80.
The Imprinted H19 LncRNA Antagonizes Let-7 MicroRNAs. Mol Cell. 2013 Oct 10;52(1):101-12. 等等在lncRNA作用机制普遍不清楚的情况下，通过已知作用机制的microRNA （它的sponge或ceRNA 效应）来研究它，应该是lncRNA功能研究的一个新的研究方向和研究思路。
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yjhua2110 edited on
xiaohuli1212 ceRNA 确实是个讨巧的捷径但是个人觉得，结合RIP和CHIP的高通量筛选才最有可能发现作用更广泛的调节机制，例如很多lncRNA都可以和PRC2复合物结合来介导染色体修饰对的。要研究lncRNA的作用机制，是要把(1)lncRNA跟什么RNA结合蛋白一起行驶功能，或者（2）什么转录因子调控lncRNA等弄清楚。（我也准备推荐大家相关文献，刚好你提到，我就描述一下）。所以，（1）平台上整合111个RNA结合蛋白的CLIP-Seq（比RIP-Seq更准确的技术）数据构建了, ， ， 的互作作用图谱（转录后调控网络）。这些RNA结合蛋白包括你提及的PRC2(EZH2)，还有一些非常重要的RNA结合蛋白,如：神经相关的TDP-43、Nova、FMRP等；可变剪切和转录调控相关的PTB和HnRNPC等；miRNA生物发生过程相关的LIN28、TNRC6、DGCR8等；还有HuR、Pum2、QKI、IGF2BP和FUS等等。（2）另外研究转录因子（transcription factor，TF）如何调控lncRNA或其他非编码RNA的，平台整合 10216个你提及的ChIP-Seq数据，构建了，、、的转录调控网络。如癌或炎症相关基因的转录因子c-MYC、SMAD3/4、BCL1、E2F1、NFKB等；多潜能干细胞相关的OCT4、KLF4、E2F1等；肝特异的HNF4A、CEBPA、FOXA2等；肌肉或心肌特异的MEF2A、GATA4、TBX5、SRF、NKX2-5等等。以上的功能和调控网络都是整合高通量CLIP-Seq和ChIP-Seq实验数据鉴定的，有助于大家大规模筛选生物学功能重要的lncRNA, 但还需要传统的实验方法进一步验证。相关RNA结合蛋白和lncRNA互作的经典文献有：a.HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis. Gupta et al. Nature. 2010 Apr 15;464(-6.b. Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. Khalil et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Jul 14;106(28):11667-72.c.Braveheart, a long noncoding RNA required for cardiovascular lineage commitment. Cell. 2013 Jan 31;152(3):570-83.
等等。相关转录因子和lncRNA互作的经典文献有：a.A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene repression in the p53 response. Huarte et al. Cell. 2010 Aug 6;142(3):409-19. b.lincRNAs act in the circuitry controlling pluripotency and differentiation. Guttman et al. Nature. 2011 Aug 28;477(0.等等；希望以上的讨论和提及的资源和文献对大家研究lncRNA功能有所帮助。
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yjhua2110 edited on
LncRNA的作用机制不清楚，lncRNA的功能非常难研究。当前很多通过研究miRNA与lncRNA, protein(RNA结合蛋白)与lncRNA的调控关系来揭示非编码RNA的功能，热门研究之一是通过竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络研究lncRNA的功能。相关的miRNA-lncRNA, protein-lncRNA, ceRNA调控网络资源包括（1）（http://starbase./mirLncRNA.php）： 构建了最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA和lncRNA, Protein(RNA结合蛋白)和lncRNA (包括了lncRNA，pseudogene， circRNA)的调控关系网络,构建了和提供了长。此外，starBase还构建了最全面的包含了14癌症类型（&6000个样本）（泛癌）表达图谱和互作网络。[]（2）数据库（www.microrna.gr/LncBase）构建了基于单个CLIP-Seq数据和计算机预测的miRNA和lncRNA调控关系。[Nucleic Acids Res. 9-45.]
(3) miRcode：http://www.mircode.org/mircode/，瑞典哥德堡大学的研究人员开发的一种可以搜索的界面软件来预测miRNA的靶点，当前的版本覆盖了完整的GENECODE注释的转录组，包括10419条已经注册的lncRNA。希望以上资源对本专题讨论有用。也希望能为大家解答lncRNA生物信息学相关的疑问。
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yjhua2110 edited on
丁香园中级站友
谢谢楼主，我想咨询以下问题？1、做lncRNA如何才有新意？做新的lncRNA吗？2、如果要做新的，如何找？自己用芯片筛？还是数据库里已经有相关的？比如我想做膀胱癌，有没有相关的 数据库里有lncRNA的表达差异数据。3、后续的功能如何研究？过表达的质粒可以合成，干扰RNA怎么设计的？有没有什么办法？4、机制研究上目前有没有什么大的突破或者思路？谢谢楼主！
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yjhua2110 LncRNA的作用机制不清楚，lncRNA的功能非常难研究。当前很多通过研究miRNA与lncRNA的调控关系来揭示非编码RNA的功能，热门研究之一是通过竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络研究lncRNA的功能。相关的miRNA-lncRNA, ceRNA调控网络资源包括（1）（http://starbase./mirLncRNA.php）： 构建了最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA和lncRNA (包括了lncRNA，pseudogene， circRNA)的调控关系网络,构建了和提供了长。（2）数据库（www.microrna.gr/LncBase）构建了基于单个CLIP-Seq数据和计算机预测的miRNA和lncRNA调控关系。希望以上资源对本专题讨论有用。也希望能为大家解答lncRNA生物信息学相关的疑问。
starbase这个数据库逛了一下，这个数据库是不是还没建好？很多查询都没结果另外，请教yjhua2110战友，有没有简单易学的的软件可以做共表达分析呢？
我指的是计算相关系数和p值谢谢
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xiaohuli1212
starbase这个数据库逛了一下，这个数据库是不是还没建好？很多查询都没结果另外，请教yjhua2110战友，有没有简单易学的的软件可以做共表达分析呢？
我指的是计算相关系数和p值谢谢 starBase最新版已经发表在
)上了，提供了最全面的CLIP-Seq数据支持的miRNA-lncRNA和ceRNA网络。starBase从2011年发表后，到目前被引用470多次（google
scholar），访问几十万次，starBase 论文被选为
“2014年度中国百篇最具影响国际学术论文”、
ESI Highly Cited Paper 和
Nucleic Acids Res.的Top Paper。我们只列出CLIP-Seq高通量实验数据支持的miRNA靶向的lncRNA。由于单纯计算机预测的结果假阳性率非常高，所以我们都不列出。你可以不选miRNA和靶基因，用默认的选项点击Search，所有的miRNA-lncRNA调控关系都会输出(有10000多个)，点击export按钮可以导出所有的结果为excel格式的文件。目前大家都经常用R语言计算相关系数和p值。我们用C/C++语言写了一个非常快速计算相关系数和p值的易用软件，正用于做另一篇lncRNA文章的分析。如需要可发邮件联系我们。
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yjhua2110 edited on
yjhua2110 starBase最新版已经被Nucleic Acids Res.接受了，提供了最全面的CLIP-Seq数据支持的miRNA-lncRNA和ceRNA网络。starBase的第一版从2011年发表后，到目前被引用110多次（google scholar），访问10多万次，被选为ESI和Nucleic Acids Res.的Top Paper。我们只列出CLIP-Seq高通量实验数据支持的miRNA靶向的lncRNA。由于单纯计算机预测的结果假阳性率非常高，所以我们都不列出。你可以不选miRNA和靶基因，用默认的选项点击Search，所有的miRNA-lncRNA调控关系都会输出(有10000多个)，点击export按钮可以导出所有的结果为excel格式的文件。目前大家都经常用R语言计算相关系数和p值。我们用C/C++语言写了一个非常快速计算相关系数和p值的易用软件，正用于做另一篇lncRNA文章的分析。如需要可发邮件联系我们。
谢谢已PM，希望能得到你们的帮助
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yjhua2110 LncRNA的作用机制不清楚，lncRNA的功能非常难研究。当前很多通过研究miRNA与lncRNA的调控关系来揭示非编码RNA的功能，热门研究之一是通过竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络研究lncRNA的功能。相关的miRNA-lncRNA, ceRNA调控网络资源包括（1）（http://starbase./mirLncRNA.php）： 构建了最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA和lncRNA (包括了lncRNA，pseudogene， circRNA)的调控关系网络,构建了和提供了长。（2）数据库（www.microrna.gr/LncBase）构建了基于单个CLIP-Seq数据和计算机预测的miRNA和lncRNA调控关系。希望以上资源对本专题讨论有用。也希望能为大家解答lncRNA生物信息学相关的疑问。
感谢yjhua2110的分享。这两个网站我们也关注到了，另外再分享两个lncRNA研究的网络资源：miRcode：，瑞典哥德堡大学的研究人员开发的一种可以搜索的界面软件来预测miRNA的靶点，当前的版本覆盖了完整的GENECODE注释的转录组，包括10419条已经注册的lncRNA。linc2GO:，清华大学整合的lncRNA功能注释数据库，以竞争性內源RNA(ceRNA)假说为基础的人的lincRNA功能注释。希望能够抛砖引玉，大家一起分享好的资源。
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xxsl_2007 谢谢楼主，我想咨询以下问题？1、做lncRNA如何才有新意？做新的lncRNA吗？2、如果要做新的，如何找？自己用芯片筛？还是数据库里已经有相关的？比如我想做膀胱癌，有没有相关的 数据库里有lncRNA的表达差异数据。3、后续的功能如何研究？过表达的质粒可以合成，干扰RNA怎么设计的？有没有什么办法？4、机制研究上目前有没有什么大的突破或者思路？谢谢楼主！1、lncRNA本身就是一个很新的研究领域，功能清晰的lncRNA不过也就几百个，lncRNA database收录了功能清晰的lncRNA，而通过测序手段人们已经发现了上万的lncRNA，这些都是可以进行深度挖掘的，所以无所谓做新的lncRNA;2、您讲的新的是不是就是前人没有将功能研究清晰的lncRNA分子呢。一般前期筛选工作的话，芯片是一种很好的手段。如果您说到信息挖掘的话，如果有较强的信息挖掘能力，可以从别人的测序数据或者芯片数据中进行分析，比如TCGA和GEO。3、功能研究目前能做的也就是过表达和沉默。有关lncRNA功能研究的报道目前还不算多，所以对于过表达和沉默的实验设计也是非常多样，并无固定模式，建议就具体的研究内容参考相应的文章。4、跟上一个问题一样，并无定式，建议关注相关领域最新研究论文。
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oebiotech 感谢yjhua2110的分享。这两个网站我们也关注到了，另外再分享两个lncRNA研究的网络资源：miRcode：，瑞典哥德堡大学的研究人员开发的一种可以搜索的界面软件来预测miRNA的靶点，当前的版本覆盖了完整的GENECODE注释的转录组，包括10419条已经注册的lncRNA。linc2GO:，清华大学整合的lncRNA功能注释数据库，以竞争性內源RNA(ceRNA)假说为基础的人的lincRNA功能注释。希望能够抛砖引玉，大家一起分享好的资源。 谢谢你的分享。这两个资源，我也关注了。由于单基于计算机方法预测miRNA在lncRNA的作用位点可能产生非常高的假阳性。特别是对于miRNA和lncRNA之间的作用方式和机制还不清楚的情况下。例如：linc2GO用miRanda预测产生了2198132对miRNA-lncRNA互作。而基于Ago蛋白的CLIP-Seq数据的和DIANA-LncBase都只产生了约10000对miRNA-lncRNA互作。
对比mRNA3'UTR的互作，starBase有423975对miRNA-mRNA互作，涵盖绝大多数已发表的miRNA在mRNA上的靶位点。并且lncRNA的平均长度比mRNA的3‘UTR长，而CLIP-Seq支持的lncRNA上的靶点却比3’UTR上的少了非常之多。因此，我们可以推测只是基于计算机预测miRNA-lncRNA互作，假阳性率可能非常高。所以，我没有列出这两个资源。当然，大家一起讨论和分享好的资源。
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yjhua2110 谢谢你的分享。这两个资源，我也关注了。由于单基于计算机方法预测miRNA在lncRNA的作用位点可能产生非常高的假阳性。特别是对于miRNA和lncRNA之间的作用方式和机制还不清楚的情况下。例如：linc2GO用miRanda预测产生了2198132对miRNA-lncRNA互作。而基于Ago蛋白的CLIP-Seq数据的和DIANA-LncBase都只产生了约10000对miRNA-lncRNA互作。
对比mRNA3'UTR的互作，starBase有423975对miRNA-mRNA互作，涵盖绝大多数已发表的miRNA在mRNA上的靶位点。并且lncRNA的平均长度比mRNA的3‘UTR长，而CLIP-Seq支持的lncRNA上的靶点却比3’UTR上的少了非常之多。因此，我们可以推测只是基于计算机预测miRNA-lncRNA互作，假阳性率可能非常高。所以，我没有列出这两个资源。当然，大家一起讨论和分享好的资源。您说的观点我非常认同。对于您说的两个数据库，基于实验数据的基础，准确性大大提高，您和您的课题组做出的贡献我们是非常认同的。不过，由于是基于实验基础，有很多lncRNA的信息没有，在这种情况下，我认为计算机预测的结果还是可以进行一些辅助的。
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oebiotech 您说的观点我非常认同。对于您说的两个数据库，基于实验数据的基础，准确性大大提高，您和您的课题组做出的贡献我们是非常认同的。不过，由于是基于实验基础，有很多lncRNA的信息没有，在这种情况下，我认为计算机预测的结果还是可以进行一些辅助的。你的观点是对的，都需要仔细的过滤和选择计算机预测或基于高通量实验数据的结果。lncRNA的研究是新的热点，需要从不同的角度和综合或开发不同的方法去研究。
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yjhua2110 你的观点是对的，都需要仔细的过滤和选择计算机预测或基于高通量实验数据的结果。lncRNA的研究是新的热点，需要从不同的角度和综合或开发不同的方法去研究。 再次感谢站友yjhua2110的热心分享。
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目前lncRNA的研究好像只有人做的比较系统吧，其他的物种，特别是植物lncRNA研究应该怎么起步？
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热血青年老 目前lncRNA的研究好像只有人做的比较系统吧，其他的物种，特别是植物lncRNA研究应该怎么起步？ 谢谢网友热血青年老的支持！的确，目前大家非常关注人lncRNA研究，特别是与疾病和发育相关的研究。在医学研究中，其实已经给我们趟出了一条很好的路，我们可以借鉴到其他如植物的研究中。比如植物中的拟南芥研究，目前已经有相关的测序项目，包括对TAIR9数据重新分析，得到了一些拟南芥的lncRNA信息，欧易生物非常关注这一动态，已经定制了一款拟南芥的lncRNA芯片，详见/index.php?s=/Index/detail/id/27.html。如果是有这方面研究的老师可以考虑先用芯片进行筛选，得到一些差异lncRNA的数据，结合研究目的，后续关注到某些基因或者某些通路相关的lncRNA进行研究。对于其他植物物种，目前数据非常少，可以考虑采用lncRNA测序，先获得一些该物种lncRNA的数据，现阶段就这些数据好好进行分析也可以有新的发现。获得该物种lncRNA数据之后，后续可以通过定制芯片进行筛选。希望对您有帮助。
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The Imprinted H19 LncRNA Antagonizes Let-7 MicroRNAs. Mol Cell. 2013 Oct 10;52(1):101-12. 等等在lncRNA作用机制普遍不清楚的情况下，通过已知作用机制的microRNA （它的sponge或ceRNA 效应）来研究它，应该是lncRNA功能研究的一个新的研究方向和研究思路。
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感谢，欧易的专题总是能给我们带来很丰富的知识内容。正在关注lncRNA的研究，纠结于到底是用芯片还是用测序的方法，请教一下！
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moxiaofu 感谢，欧易的专题总是能给我们带来很丰富的知识内容。正在关注lncRNA的研究，纠结于到底是用芯片还是用测序的方法，请教一下！如果是想查看lncRNA在正常组织的表达图谱，你可以查看ChIPBase上构建的人类22个正常组织/细胞系（基于RNA-Seq数据）的lncRNA的表达图谱 （
）。通过这表达图谱你可以筛选感兴趣的组织特异或高表达的lncRNA。而且通过ChIPBase还可以查看这些组织特异表达的lncRNA是否受到特异的转录因子的调控（如：肝特异的，肌肉或心肌特异的，胚胎干细胞特异的，造血系统相关的转录因子等等）。如果是特殊生理或病理时期的组织，查看相关文献是否有人报道了，看看能否直接使用报道的结果。如果没有文章报道，可能就要通过芯片或测序方法进行研究。如果想鉴定全新的特殊生理或病理时期的lncRNA，就需要RNA-Seq测序；如果只是想在已发现的lncRNA上，鉴定特殊生理或病理时期相关的lncRNA，用芯片的方法是可以接受的（对比RNA-Seq，目前价格应该便宜一些）。
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大鼠的lnk现在研究的人多么？目前只看到人和小鼠的产品比较多，我的模型是大鼠啊。
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天鸟 大鼠的lnk现在研究的人多么？目前只看到人和小鼠的产品比较多，我的模型是大鼠啊。目前确实还很少人用高通量方法研究大鼠的lncRNA。我只查到一篇用microarray的方法研究大鼠脑缺血相关的lncRNA（Effect of focal ischemia on long noncoding RNAs. Stroke. ):2800-2.）。所以发掘的空间蛮大的。
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The Imprinted H19 LncRNA Antagonizes Let-7 MicroRNAs. Mol Cell. 2013 Oct 10;52(1):101-12. 等等在lncRNA作用机制普遍不清楚的情况下，通过已知作用机制的microRNA （它的sponge或ceRNA 效应）来研究它，应该是lncRNA功能研究的一个新的研究方向和研究思路。非常感谢网友热心推荐！这些高质量的文献的不断出现，再次表明这个方向的热门啊！
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yjhua2110 如果是想查看lncRNA在正常组织的表达图谱，你可以查看ChIPBase上构建的人类22个正常组织/细胞系（基于RNA-Seq数据）的lncRNA的表达图谱 （
）。通过这表达图谱你可以筛选感兴趣的组织特异或高表达的lncRNA。而且通过ChIPBase还可以查看这些组织特异表达的lncRNA是否受到特异的转录因子的调控（如：肝特异的，肌肉或心肌特异的，胚胎干细胞特异的，造血系统相关的转录因子等等）。如果是特殊生理或病理时期的组织，查看相关文献是否有人报道了，看看能否直接使用报道的结果。如果没有文章报道，可能就要通过芯片或测序方法进行研究。如果想鉴定全新的特殊生理或病理时期的lncRNA，就需要RNA-Seq测序；如果只是想在已发现的lncRNA上，鉴定特殊生理或病理时期相关的lncRNA，用芯片的方法是可以接受的（对比RNA-Seq，目前价格应该便宜一些）。 网友yjhua2110在lncRNA研究非常有心得，给大家分享了不少非常有用的信息，再次表示感谢！的确，现在技术都已经非常成熟，所以实验前的设计是非常重要而且必要的。文献调研室非常重要的一步，如果相关研究是别人已经开始或者发表了相关的文献，就要另辟蹊径了，如果没有，那么恭喜您，可以在这个领域大展拳脚了。的确芯片和测序各有千秋，需要结合具体研究目的来选择，就目前阶段来看，尤其是对于做人、小鼠等模式物种的研究，芯片估计就可以发挥作用了，测序毕竟在经费和分析能力的要求上还是要高出很多的。
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天鸟 大鼠的lnk现在研究的人多么？目前只看到人和小鼠的产品比较多，我的模型是大鼠啊。欧易生物与国内做大鼠lncRNA研究颇有成效的老师合作，针对他们测序分析得到的序列数据，并结合权威公共数据库挖掘的数据进行大鼠lncRNA芯片定制，即将隆重推出，敬请期待！
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yjhua2110 目前确实还很少人用高通量方法研究大鼠的lncRNA。我只查到一篇用microarray的方法研究大鼠脑缺血相关的lncRNA（Effect of focal ischemia on long noncoding RNAs. Stroke. ):2800-2.）。所以发掘的空间蛮大的。的确，lncRNA研究是块大的宝藏，等待大家去挖掘！
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谢谢提供的资料，我先学习一下。期待你们的新产品的推出。
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推荐几篇最近发表在高水平杂志的miRNA调控lncRNA (广泛定义也包括pseudogenes和circRNAs)的文章如下：A long noncoding RNA controls muscle differentiation by functioning as a competing endogenous RNA. Cell. 2011 Oct 14;147(2):358-69A coding-independent function of gene and pseudogene mRNAs regulates tumour biology. Nature. 2010 Jun 24;465(-8.A ceRNA hypothesis: the Rosetta Stone of a hidden RNA language? Cell. 2011 Aug 5;146(3):353-8.Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency. Nature. 2013 Mar 21;495(.Natural RNA circles function as efficient microRNA sponges.Nature. 2013 Mar 21;495(.Endogenous miRNA sponge lincRNA-RoR regulates Oct4, Nanog, and Sox2 in human embryonic stem cell self-renewal. Dev Cell. 2013 Apr 15;25(1):69-80.
The Imprinted H19 LncRNA Antagonizes Let-7 MicroRNAs. Mol Cell. 2013 Oct 10;52(1):101-12. 等等在lncRNA作用机制普遍不清楚的情况下，通过已知作用机制的microRNA （它的sponge或ceRNA 效应）来研究它，应该是lncRNA功能研究的一个新的研究方向和研究思路。ceRNA 确实是个讨巧的捷径但是个人觉得，结合RIP和CHIP的高通量筛选才最有可能发现作用更广泛的调节机制，例如很多lncRNA都可以和PRC2复合物结合来介导染色体修饰
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xiaohuli1212 ceRNA 确实是个讨巧的捷径但是个人觉得，结合RIP和CHIP的高通量筛选才最有可能发现作用更广泛的调节机制，例如很多lncRNA都可以和PRC2复合物结合来介导染色体修饰对的。要研究lncRNA的作用机制，是要把(1)lncRNA跟什么RNA结合蛋白一起行驶功能，或者（2）什么转录因子调控lncRNA等弄清楚。（我也准备推荐大家相关文献，刚好你提到，我就描述一下）。所以，（1）平台上整合111个RNA结合蛋白的CLIP-Seq（比RIP-Seq更准确的技术）数据构建了, ， ， 的互作作用图谱（转录后调控网络）。这些RNA结合蛋白包括你提及的PRC2(EZH2)，还有一些非常重要的RNA结合蛋白,如：神经相关的TDP-43、Nova、FMRP等；可变剪切和转录调控相关的PTB和HnRNPC等；miRNA生物发生过程相关的LIN28、TNRC6、DGCR8等；还有HuR、Pum2、QKI、IGF2BP和FUS等等。（2）另外研究转录因子（transcription factor，TF）如何调控lncRNA或其他非编码RNA的，平台整合 10216个你提及的ChIP-Seq数据，构建了，、、的转录调控网络。如癌或炎症相关基因的转录因子c-MYC、SMAD3/4、BCL1、E2F1、NFKB等；多潜能干细胞相关的OCT4、KLF4、E2F1等；肝特异的HNF4A、CEBPA、FOXA2等；肌肉或心肌特异的MEF2A、GATA4、TBX5、SRF、NKX2-5等等。以上的功能和调控网络都是整合高通量CLIP-Seq和ChIP-Seq实验数据鉴定的，有助于大家大规模筛选生物学功能重要的lncRNA, 但还需要传统的实验方法进一步验证。相关RNA结合蛋白和lncRNA互作的经典文献有：a.HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis. Gupta et al. Nature. 2010 Apr 15;464(-6.b. Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. Khalil et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Jul 14;106(28):11667-72.c.Braveheart, a long noncoding RNA required for cardiovascular lineage commitment. Cell. 2013 Jan 31;152(3):570-83.
等等。相关转录因子和lncRNA互作的经典文献有：a.A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene repression in the p53 response. Huarte et al. Cell. 2010 Aug 6;142(3):409-19. b.lincRNAs act in the circuitry controlling pluripotency and differentiation. Guttman et al. Nature. 2011 Aug 28;477(0.等等；希望以上的讨论和提及的资源和文献对大家研究lncRNA功能有所帮助。
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yjhua2110 edited on
yjhua2110 对的。要研究lncRNA的作用机制，是要把(1)lncRNA跟什么RNA结合蛋白一起行驶功能，或者（2）什么转录因子调控lncRNA等弄清楚。（我也准备推荐大家相关文献，刚好你提到，我就描述一下）。所以，（1）平台上整合111个RNA结合蛋白的CLIP-Seq（比RIP-Seq更准确的技术）数据构建了, ， ， 的互作作用图谱（转录后调控网络）。这些RNA结合蛋白包括你提及的PRC2(EZH2)，还有一些非常重要的RNA结合蛋白,如：神经相关的TDP-43、Nova、FMRP等；可变剪切和转录调控相关的PTB和HnRNPC等；miRNA生物发生过程相关的LIN28、TNRC6、DGCR8等；还有HuR、Pum2、QKI、IGF2BP和FUS等等。（2）另外研究转录因子（transcription factor，TF）如何调控lncRNA或其他非编码RNA的，平台整合543个你提及的ChIP-Seq数据，构建了，、、的转录调控网络。如癌或炎症相关基因的转录因子c-MYC、SMAD3/4、BCL1、E2F1、NFKB等；多潜能干细胞相关的OCT4、KLF4、E2F1等；肝特异的HNF4A、CEBPA、FOXA2等；肌肉或心肌特异的MEF2A、GATA4、TBX5、SRF、NKX2-5等等。以上的功能和调控网络都是整合高通量CLIP-Seq和ChIP-Seq实验数据鉴定的，有助于大家大规模筛选生物学功能重要的lncRNA, 但还需要传统的实验方法进一步验证。相关RNA结合蛋白和lncRNA互作的经典文献有：a.HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis. Gupta et al. Nature. 2010 Apr 15;464(-6.b. Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. Khalil et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Jul 14;106(28):11667-72.c.Braveheart, a long noncoding RNA required for cardiovascular lineage commitment. Cell. 2013 Jan 31;152(3):570-83.
等等。相关转录因子和lncRNA互作的经典文献有：a.A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene repression in the p53 response. Huarte et al. Cell. 2010 Aug 6;142(3):409-19. b.lincRNAs act in the circuitry controlling pluripotency and differentiation. Guttman et al. Nature. 2011 Aug 28;477(0.等等；希望以上的讨论和提及的资源和文献对大家研究lncRNA功能有所帮助。
yjhua2110战友推荐的这几篇文献碰巧小弟都看过， 战友对这些RNA结合蛋白和转录因子一个个如数家珍，功力了得
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yjhua2110 对的。要研究lncRNA的作用机制，是要把(1)lncRNA跟什么RNA结合蛋白一起行驶功能，或者（2）什么转录因子调控lncRNA等弄清楚。（我也准备推荐大家相关文献，刚好你提到，我就描述一下）。所以，（1）平台上整合111个RNA结合蛋白的CLIP-Seq（比RIP-Seq更准确的技术）数据构建了, ， ， 的互作作用图谱（转录后调控网络）。这些RNA结合蛋白包括你提及的PRC2(EZH2)，还有一些非常重要的RNA结合蛋白,如：神经相关的TDP-43、Nova、FMRP等；可变剪切和转录调控相关的PTB和HnRNPC等；miRNA生物发生过程相关的LIN28、TNRC6、DGCR8等；还有HuR、Pum2、QKI、IGF2BP和FUS等等。（2）另外研究转录因子（transcription factor，TF）如何调控lncRNA或其他非编码RNA的，平台整合543个你提及的ChIP-Seq数据，构建了，、、的转录调控网络。如癌或炎症相关基因的转录因子c-MYC、SMAD3/4、BCL1、E2F1、NFKB等；多潜能干细胞相关的OCT4、KLF4、E2F1等；肝特异的HNF4A、CEBPA、FOXA2等；肌肉或心肌特异的MEF2A、GATA4、TBX5、SRF、NKX2-5等等。以上的功能和调控网络都是整合高通量CLIP-Seq和ChIP-Seq实验数据鉴定的，有助于大家大规模筛选生物学功能重要的lncRNA, 但还需要传统的实验方法进一步验证。相关RNA结合蛋白和lncRNA互作的经典文献有：a.HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis. Gupta et al. Nature. 2010 Apr 15;464(-6.b. Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression. Khalil et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Jul 14;106(28):11667-72.c.Braveheart, a long noncoding RNA required for cardiovascular lineage commitment. Cell. 2013 Jan 31;152(3):570-83.
等等。相关转录因子和lncRNA互作的经典文献有：a.A large intergenic noncoding RNA induced by p53 mediates global gene repression in the p53 response. Huarte et al. Cell. 2010 Aug 6;142(3):409-19. b.lincRNAs act in the circuitry controlling pluripotency and differentiation. Guttman et al. Nature. 2011 Aug 28;477(0.等等；希望以上的讨论和提及的资源和文献对大家研究lncRNA功能有所帮助。最近，Biocompare的Jeffrey M. Perkel撰写了一篇详细描述用protein-lncRNA技术研究lncRNA的博客：翻译的中文版&从互作揭开lncRNA的秘密&在生物通上有：
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xiaohuli1212 ceRNA 确实是个讨巧的捷径但是个人觉得，结合RIP和CHIP的高通量筛选才最有可能发现作用更广泛的调节机制，例如很多lncRNA都可以和PRC2复合物结合来介导染色体修饰今天nature杂志 刚刚出了一篇ceRNA相关的文章：，Nature 2013 Dec 5. 各位感兴趣的战友可以看看。
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@yjhua2110； 学习了，这位战友可以称为lncRNA研究领域的前辈了，你和欧易生物交流的这么广泛，你们是否可以合作一下，共同推广lncRNA功能分析的研究，从而为广大研究者提供更好的研究思路，岂不美哉、快哉！！！
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学习了，希望有更多的资源让我们学习。感谢
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康城公司通过生物信息学预测某个基因周围存在几个LncRNA，老板叫我往下做机制功能，楼主给个建议该如何下手啊 个人感觉没一点把握，可能最后都没什么意义，死胡同。
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快乐使者OE @yjhua2110； 学习了，这位战友可以称为lncRNA研究领域的前辈了，你和欧易生物交流的这么广泛，你们是否可以合作一下，共同推广lncRNA功能分析的研究，从而为广大研究者提供更好的研究思路，岂不美哉、快哉！！！我只是在这参与讨论和答疑lncRNA的相关问题。跟任何公司都没有关系的哦。呵呵
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请问miRcode这个软件使用的时候，它的microRNA family的名称在其他网站都查不到，这是怎么回事？怎么解决呢？
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