丁香客App是丁香园社区的官方应用，聚合了丁香园论坛和丁香客的精彩内容。医生可通过丁香客App浏览论坛，也可以在这个医生群集的关系网络中分享和互动，建立更广泛的学术圈子。
扫描二维码下载
今日：51 | 主题：140123 | & 收藏本版
每发1个新帖可以获得0.5个丁当奖励
【求助】本人ELISA得到的数据要做聚类分析，用过R软件和SPSS，最近发现Cluster 3.0，但是似乎多用于基因芯片分析，有问题求教
【求助】本人ELISA得到的数据要做聚类分析，用过R软件和SPSS，最近发现Cluster 3.0，但是似乎多用于基因芯片分析，有问题求教
分享到哪里？
本人用ELISA，Luminex测出多种因子的数据，希望通过聚类发现亚型分布，之前用过SPSS和R软件，但是因为不会写程序，所以样品聚类和指标聚类只能分开做。最近发现Clustrer 3.0可以把样品聚类和指标聚类一起做出来，并且生成heatmap，只是查到的介绍都是说基因芯片应用的，而且软件也叫Gene Cluster 3.0，下载地址是所以虽然同时聚类得到自己想要的结果了，但很担心算法只适用于基因分析，所以求解释？另外用Cluster做出heatmap后，我只能从软件里知道分哪一类有哪些样本，不能自动生成一个详细的列表告诉我分几类对应的是哪几个样本？想问有没有高人可以指点。
最近丁当紧缺，所以没有悬赏，他日定当酬谢！！
关于丁香园查看: 3556|回复: 16
PCA作图请教~生物数据分类
处理的数据是生物数据，代谢组方面的，数据室Excle表格形式的，数据是300行90列左右，列是代表样品数，这90列其实是四大类，比如健康组，用药5小时组，用药10小时组，用药20小时组。
用PCA处理，就是Matlab自带的函数princomp.
[pc,score,latent,tsquare] = princomp(X),
目的就是要把数据分类。
现在的问题是作图方面，小弟不知道怎么画出如下的图，请高手、老师指教下。我在下面贴了样本图。数据也顺便贴上了。
10:08 上传
点击文件名下载附件
212.5 KB, 下载次数: 112
另：画这图用的参数是[pc,score,latent,tsquare]中的哪一个?是用pc主成分系数，还是用score得分值？
在生物数据处理（代谢组方面的）的文章中，通常称这些图为得分图，我认为应该是用的score画图的吧，但是一直没有画出来这种图。:'( :'(
本帖最后由 stats01 于
14:56 编辑
将数据先进行标准化，再进行主成分分析，若提取前3个主成分，可将其作成聚类图（图10），从图10可见，129，131这两个点远离其它数据。若将这两个数据去除，得到的结果如图11。
stats01 发表于
将数据先进行标准化，再进行主成分分析，若提取前3个主成分，可将其作成聚类图（图10），从图10可见，129， ...
首先感谢版主帮忙:)
麻烦能不能贴上你的程序我借鉴下。
另外，能不能再画个二维平面的图。
再次万分感谢！
二维平面图（图20）和去除两个异常点的二维图（图21）：
stats01 发表于
二维平面图（图20）和去除两个异常点的二维图（图21）：
真心求版主程序~我在校学生，老师暑期让做这个作业，做不完不让回家:'(
到现在暑假都没回家呢撒，天天泡实验室。。
你作的这个图虽然和要求的不太一样，但大同小异了！
求程序~~~~~~~
x=xlsread('data'); %读入数据
sd=std(x); 求算标准差
n=size(x,1);
jj=ones(n,1);jj=jj*
x=x./ %对原数据标准化
[t, score, r]=princomp(x); % 对x数据进行主成分分析
x=score(:,1:2); %取前两个主成分。
对其聚类可用
kmeans(x,5)
再画出结果图。
问题就在于后面的画图呀版主~用什么函数画的图，求这块代码。:'(:'(:'(
我原来的程序是这样的
[num,txt,raw]=xlsread('xy.xls');
stdr=std(num);& && && && && && && &
ddata=num./stdr(ones(n,1),:);& && && &
ddata& && &&&
[P,score,e,t2]=princomp(ddata);& &%调用主成分分析数据
p3=P(:,1:3);& && && && && && && && && &%提取前三个主成分系数& && && && && && && && && && &&&
sc=score(:,1:3);& && && && && && && && &%提出前三个主成分得分值& && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && && &&&
per=100*e/sum(e);& && &%求出各个主成分的贡献率
per& && && && && && && && && && && &
cumsum(per)& && && && && && && && &&&
pareto(per)& && && && && && && && && & %将贡献率绘成直方图
plot(score(:,1),score(:,2),'ko');& && && && && &%绘制2维分布散点图
关键是最后画图一句，不是想要的那样的图形。版主用的是什么函数画图的，求完整程序。
求版主完整程序代码~~万分感谢啦~~~~~~
Powered by查看: 375|回复: 2
阅读权限24威望0 级论坛币157 个学术水平6 点热心指数8 点信用等级7 点经验2283 点帖子161精华0在线时间108 小时注册时间最后登录
积分 398, 距离下一级还需 52 积分
权限: 自定义头衔, 签名中使用图片
道具: 彩虹炫, 雷达卡, 热点灯, 雷鸣之声, 涂鸦板, 金钱卡, 显身卡, 匿名卡下一级可获得
道具: 抢沙发
购买后可立即获得
权限: 隐身
道具: 金钱卡, 雷鸣之声, 彩虹炫, 雷达卡, 涂鸦板, 热点灯
本帖最后由 panxinfeng 于
19:32 编辑
前一段时间请教过R分组进行统计分析假设检验的问题，后来得到大家的帮助，今天发现个新问题，拿出来跟大家讨论请教：
假设s为数据框，dim（s）=4009，77，s其中包含（不仅仅）&ntsr&（总成绩），“nth”（总成绩是否通过，通过为1，不通过为0）,“intru”（培训前后，1为培训前，2为培训后），“profc”（职业1，2，3，4，5类），我现在想分析：1。各职业人群在培训前后总成绩是否有变化；2.各职业人群在培训前后总成绩是否通过比例是否有变化
对于1，我的方法是：
by(s,profc,function(s)wilcox.test(ntsr~intru,data=s)) #经检验成绩不符合正态分布，所以用秩和检验
结果与spss分析结果对照，一致，说明上述方法是正确有效的
对于2，考虑是0，1变量，intru也是二分类变量，故可以用卡方检验，于是我参照上面方法写了如下方式：
by(s,profc,function(s)chisq.test(nth, intru,data=s))
R提示我：错误于chisq.test(nth, intru, data = x) : 参数没有用(data = s)
然后我改为
by(s,profc,function(s)chisq.test(nth,intru))
结果倒是出来了，结果5类职业统计的卡方值和p值都一样，都是不分组”chisq.test(nth~intru)) “的结果
又花了好长时间，变化了好多方式也不能达到目的，所以请教高手，错误出在哪里？先谢谢了！
支持楼主：、
购买后，论坛将把您花费的资金全部奖励给楼主，以表示您对TA发好贴的支持
载入中......
阅读权限20威望0 级论坛币5 个学术水平4 点热心指数6 点信用等级2 点经验135 点帖子15精华0在线时间80 小时注册时间最后登录
积分 95, 距离下一级还需 50 积分
权限: 自定义头衔
道具: 彩虹炫, 雷达卡, 热点灯, 雷鸣之声, 涂鸦板, 金钱卡, 显身卡下一级可获得
道具: 匿名卡
购买后可立即获得
权限: 隐身
道具: 金钱卡, 雷鸣之声, 彩虹炫, 雷达卡, 涂鸦板, 热点灯
本帖最后由 RFenxi 于
01:58 编辑
by(s,profc,function(x) chisq.test(x$nth, x$intru))复制代码
阅读权限24威望0 级论坛币157 个学术水平6 点热心指数8 点信用等级7 点经验2283 点帖子161精华0在线时间108 小时注册时间最后登录
积分 398, 距离下一级还需 52 积分
权限: 自定义头衔, 签名中使用图片
道具: 彩虹炫, 雷达卡, 热点灯, 雷鸣之声, 涂鸦板, 金钱卡, 显身卡, 匿名卡下一级可获得
道具: 抢沙发
购买后可立即获得
权限: 隐身
道具: 金钱卡, 雷鸣之声, 彩虹炫, 雷达卡, 涂鸦板, 热点灯
本帖最后由 panxinfeng 于
11:38 编辑 RFenxi 发表于
01:54 试过了，可行！只是需要把x变成我的数据集名称s：
by(s,profc,function(s) chisq.test(s$nth, s$intru,correct=F))
非常感谢！
接下来又有个新问题：
不分组的卡方检验，如
& a &- chisq.test(intru, nth)
& && &&&Pearson's Chi-squared test with Yates' continuity correction
data:&&intru and nth
X-squared = 166.3201, df = 1, p-value & 2.2e-16
& names(a)
[1] &statistic& &parameter& &p.value&& &&method&& & &data.name&
[6] &observed&&&&expected&&&&residuals& &stdres&& &
& a$expected
intru& && &&&0& && &&&1
& & 1 .2325
& & 2 .7675
我可以通过这种方法找到理论频数，以确定我的卡方检验是否需要用连续性校正，甚至只能用fisher精确概率法。
但是，我用by分组计算后，然后就不知道怎么找到理论频数了，请高手指教！谢谢！
论坛好贴推荐地区：广州
头衔：砌墙工
悬赏分：50
浏览数：20
请问如何在CAD2010中统计出如图中空心模盒的数量，模盒是多段线的，求高手解答，谢谢！！
希望可以有截图详细说明下，谢谢！！
地区：广东
等级：11 级
头衔：总经理
如是块才能快速选择并统计，不是块不能实现
提问者对最佳答案的评价：1星
请填写消息，提交后将发送给用户
操作执行中...
无满意答案
  及时举报违规行为，共同维护良好环境
举报原因：
问题与专业无关
没有实用价值
问题描述不清晰
同IP自问自答，恶意刷分
完全复制他人答案
部分复制他人答案
无实际价值
同IP自问自答，恶意刷分
    
如果您认为这个答案有误，或者有更好的答案，请立即告诉我们！
如果您的“揪”错被采纳，可获得10分积分奖励！
我的答疑任务
图片正在上传...我用SPSS做聚类分析的树状谱图时，横坐标如何设置成为相关系数，求高手解答？急呢。。。_百度知道
按默认排序
不会做就让人帮你做我经常帮别人做这类的数据统计分析
其他类似问题
聚类分析的相关知识
您可能关注的推广回答者：回答者：
等待您来回答
下载知道APP
随时随地咨询
出门在外也不愁