学习生物信息学的感想和提议

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2015-05-22 00:13 标签：
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&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&|||转一篇丁香园的文章－生物信息学之我见
**注：我最近发现网上有不少人发布我的这篇文章，其发布者并没有注明此文章的来源和作者。请转载的朋友尊重本人劳动成果和&DXY-丁香园&论坛。生物信息学之我见-(前言1)-原创-转载注明来源By John_jxw, &DXY-丁香园&论坛生物信息（bioinformatics）简单点讲就是data mining, 密切结合生物学，医学，物理学，数理学，计算机科学等的相关领域知识。这就是说，只要大家感兴趣，不同理工科背景的朋友们都可以学习这门学科。但是，这又说明生物信息学是门典型的交叉学科（cross-discipline/inter-science）,如果你想以此为你的career（research 或者industrial）, 你必须要有周密的计划。就我的学习经历，她确实很难学，不管从知识的维度还是和深度上（可能与我的资质有关联，嘻嘻）。其实我们还可以这么看生物信息学，生物学加数学加计算机，哈哈简单吧，就是说作为这门学科的基础，你要入门的话，有坚实的生物学基础，包括遗传学，细胞学，生物化学。还要有很好的数学基础，这包括高等数学，线性代数，统计学（包括各种统计模型应用，比如，时间序分析，聚类分析，多变量分析等等）。就计算机科学来说，算法分析和计算机编程，操作系统，数据库等。如果加上一些基本的大学物理学基础（如量子力学部分），就更好了。我有一些以生物信息作为自己研究方向的教授，之前他们有的是从数学专业转过来的，有的是从纯生物学（比如植物学）专业转过来的，也有的是从计算机专业过来的。有一个事实，有些朋友也许搞不清楚， 搞生物信息学的究竟在从事哪些工作，事实上她和pharmaceutical industry其实联系非常密切， 就我以前找工作的一些经验来说，在欧美，生物信息方向的公司普遍规模很小，4个人，8个人的很正常。生物信息学专业毕业的人可以去公司搞算法分析，JAVA编程（考虑到多平台性，以及硬件成本减低，人力成本升高的事实），这些工作都需要较强的计算机工程背景。编程涉及到生物数据库，蛋白质的结构功能预测等等。这些公司还有一个特点，拿欧洲的公司来说，他们大多数受政府的扶持，大多数是大学的spin-off的公司，有很强的研究背景，之前在某一个领域已经小有成就。他们和大的制药企业有较密切的联系，他们好多的项目就是外包项目。如果你去读PHD那又是另外一种情况了，我不作详细讨论。还有好多医学机构会提供很多的工作机会，你可以去做数据分析，SAS或者SPL US编程（2种统计学分析软件），但是需要相应的医学背景。还有一个事实，由于中国医药行业的实际情况（学习药物的人可能比我清楚），大家都知道新药的研制，周期长常，风险大，所以国外的药物研发机构越来依赖于生物信息学的手段加速药物的研制，缩短研制周期等等。但是生物信息学在中国的实情却不容忽视：虽然大家都在大呼，我们要搞生物信息学，可相应的产业化却做得很差，这与我国的制药业的现状不无关系！由于我不在中国所以信息不是很畅通，希望大家能讨论一下。总结一下，要想入行Bioinformatics的朋友，首先要有很强的生物学或者数理学背景或者计算机，你的背景决定了你的方向（如下方案以后再具体讨论）。方案1，对于以前是生物学的朋友，建议加强统计学，计算机科学与工程，算法分析。方案2，适合计算机背景的朋友，建议强化生物学知识，系统的遗传学，细胞生物学，生物化学，随着你的学习的深入，你还需要学习，基因和蛋白质技术，显微技术，分子生物学，量子化学等等。方案3，数学背景的朋友（强调统计学），和计算机的朋友差不多，但是比其他背景的人都有优势，建议加强统计模型的算法分析，编程能力。
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