1866年,有人声称在海上遇到个独角鲸,並且人们认识到必须把它清楚掉.于是美国驱逐舰"亚伯拉罕·林肯"号奉命清除掉这个海底怪物,同时联邦政府邀请当时在美国勘察的生物学家阿罗纳克斯先生代表法国参加这次远征.在海上航行许久根本没有独角鲸的出现,就连船长都要放弃时,他们在日本海发现了它.可独角鲸却给驱逐舰重创,并且船上的捕鲸手内德·兰德,阿罗纳克斯先生,以及他的仆人孔塞伊被甩到海上.他们才发现所谓独角鲸其实是一艘潜艇.潜艇主人尼摩船长要求他们答应在必要时刻得把他们关在一个房间里,并且隐瞒理由要终生把他们监禁在潜艇"鹦鹉螺"号上.但是这些俘虏们在潜艇上受到優待,但尼摩船长憎恨陆地,这也没有给他们逃跑的机会.他们随尼摩船长从日本海经巴布亚新几内亚到印度洋.在船搁浅与巴布亚新几内亚时遭箌土著人的包围.经过印度洋在红海捕捉到一直儒艮.通过阿拉伯隧道穿越地中海,在西班牙维哥湾捞海底沉船里的宝藏,在一个死火山中尼摩船長补充煤矿.又在南极受到缺氧的威胁,回到大西洋时,又遇到章鱼的骚扰,一名船员在搏斗中惨死.在北大西洋尼摩船长撞沉一艘向他们进攻的英國驱逐舰.最后在内德·兰德的怂恿下三人称夜晚偷偷跳上尼摩船长的小艇逃走.受到挪威渔民的照料