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贴数:6&分页:CCTV发信人: bigben446 (CCTV), 信区: Bioinformatics
标&&题: 一个简单的小问题 如何快速查找特定引物
发信站: 水木社区 (Fri Mar 11 00:34:29 2016), 站内 && 有大概200个通用引物，各种各样的，序列已知 && 我有一段1000bp的核酸序列，如何快速知道200个引物中和这1000bp的序列绝对匹配的引物有哪些？ && bioedit或者invitrogen的alignx通过设置参数可以达到目的嘛？或者有什么小程序？
-- && ※ 来源:·水木社区 ·[FROM: 166.111.153.*]
jk发信人: wakesman (jk), 信区: Bioinformatics
标&&题: Re: 一个简单的小问题 如何快速查找特定引物
发信站: 水木社区 (Fri Mar 11 03:38:21 2016), 站内 && 自己编一个
自己编一个，找个字符串查找函数。几行就搞定了
-- && ※ 来源:·水木社区 ·[FROM: 101.243.2.*]
壹隻憂鬱臺灣烏龜尋釁幾羣骯髒變態囓齒鱷!发信人: kjeldahl (壹隻憂鬱臺灣烏龜尋釁幾羣骯髒變態囓齒鱷!), 信区: Bioinformatics
标&&题: Re: 一个简单的小问题 如何快速查找特定引物
发信站: 水木社区 (Fri Mar 11 08:58:30 2016), 站内 && EXCEl会吧，使用find函数妥妥的，序列一列，引物 一列。
【 在 bigben446 (CCTV) 的大作中提到: 】
: 有大概200个通用引物，各种各样的，序列已知
: 我有一段1000bp的核酸序列，如何快速知道200个引物中和这1000bp的序列绝对匹配的引物有哪些？
: bioedit或者invitrogen的alignx通过设置参数可以达到目的嘛？或者有什么小程序？
: ...................
&& -- &&&& ※ 来源:·水木社区 newsmth.net·[FROM: 211.99.222.*]
CCTV发信人: bigben446 (CCTV), 信区: Bioinformatics
标&&题: Re: 一个简单的小问题 如何快速查找特定引物
发信站: 水木社区 (Wed Mar 16 02:55:16 2016), 站内 && 谢谢大家，使用已有的生物软件搞定了。 && 1，geneious
里面有一个组装功能assembly，可以把质粒和引物一起组装，就可以知道质粒上存在哪些引物了。好像还有一个map to plasmid的功能也可以。
2，snapgene
有一个导入引物列表的功能，可以找到匹配的引物 && snapgene有破解版，就使用snapgene了。用的很久的Vector NTI没有这项功能，很可惜。
-- && ※ 来源:·水木社区 ·[FROM: 59.66.68.*]
zea mays发信人: zea (zea mays), 信区: Bioinformatics
标&&题: Re: 一个简单的小问题 如何快速查找特定引物
发信站: 水木社区 (Wed Mar 16 08:20:19 2016), 站内 && blast一下手工看看　　不就完事了？　 && 【 在 bigben446 的大作中提到: 】
: 有大概200个通用引物，各种各样的，序列已知
: 我有一段1000bp的核酸序列，如何快速知道200个引物中和这1000bp的序列绝对匹配的引物有哪些？
: bioedit或者invitrogen的alignx通过设置参数可以达到目的嘛？或者有什么小程序？
&& -- && ※ 来源:·水木社区 ·[FROM: 180.166.21.*]
瑊玏琅玕发信人: Abdullah (瑊玏琅玕), 信区: Bioinformatics
标&&题: Re: 一个简单的小问题 如何快速查找特定引物
发信站: 水木社区 (Wed Mar 16 09:04:16 2016), 站内 && ncbi primer blast似乎能搞定
【 在 bigben446 (CCTV) 的大作中提到: 】
: 有大概200个通用引物，各种各样的，序列已知
: 我有一段1000bp的核酸序列，如何快速知道200个引物中和这1000bp的序列绝对匹配的引物有哪些？
: bioedit或者invitrogen的alignx通过设置参数可以达到目的嘛？或者有什么小程序？
: ...................
&& -- && 我的nick四个字，不查字典你认识几个？ &&&& ※ 来源:·水木社区 newsmth.net·[FROM: 183.64.203.*]
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/etc/nginx/nginx.conf.七款分子生物学常用软件
我的图书馆
七款分子生物学常用软件
俗话说，兵欲善其事，必先利其器。掌握一些好的软件，可以让你的科研工作达到事半功倍的效果。今天随我一起来看看分子生物学常用的一些软件，主要包括分子克隆、实验记录、文献管理。Primer Premier 5Premier 是由加拿大的 Premier 公司开发的专业用于 PCR 或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件。主要界面有序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和 Motif 分析窗口。基本上目前引物设计都是基于 Primer 系列，在所有版本里，最好的是 Primer 5，Primer 6 太过智能了。Vector NTI Advance 11.5Vector NTI Advance 是目前整合度最高的多功能桌面序列分析软件包，包含了一整套数据分析和管理的工具 。里面的东西很多，可以查看质粒图谱查看和编辑、序列比对等。和 Primer Premier 5 一样，是分子生物学实验室的标配。Vector NTI 最新的版本 11.5 是 2010 年发布，此外就再也没更新过。SnapGene这个软件很强大，可以进行多序列比对、自动引物设计、支持 Gibson Assembly、直接导入Genbank 序列号等。当然价格也很强大，单一授权 $350/年，或 $750/永久。相比而言，Primer Premier 这个软件上市的时候，PCR 酶还很弱小，引物质量会对结果产生比较大的影响，而现在则不会。所以 SnapGene 更适应现在的引物设计。EndNote这是一个专门用于管理参考文献数据库的软件，有了他，再也不用手动给参考文献编号。通过插件可以很方便地在 word 中插入文献，软件自动根据文献的先后顺序编号，并根据指定的格式将文献附在文章的最后。如果在文章中间插入了引用的新文献，软件会自动更新编号，并将引用的文献插入到文章最后参考文献中合适的位置。Mendeley科研生涯中，往往要看的不是一篇文献，而是上百篇，有些文章的主题比较接近，想放到一起，方便查找。针对具体的文章希望可以做些标记。那么 Mendeley 很适合。如下图所示，可以根据主题建立文件，一个主题下还可以有下一级文件。当点击某个主题时，所有文章的标题均会出现在中间部分，这些文章也会包含全部相关信息。当你点击某篇文章时，右侧会自动列出你曾经做的笔记。还可以根据你的笔记定位到文献的位置。ReadCubeReadCube 是以文献阅读为中心的文献管理软件，可以自动识别 PDF 文档中的信息，比如题目、作者、摘要、引文。它可以根据你的文献数据库，推荐和你研究兴趣最相关的文献。在 Word 里双击 Ctrl 可以插入参考文献，和 EndNote相比巨难用。OneNote做实验记录的时候，我们常常需要计算，比对以前的数据，贴图等，纸质版本无法在论文中使用，要是有一个电子同步版就好了。那么 OneNote 正好满足，记录、贴图、同步、计算、查找都很方便。最重要的是自动保存，再也不担心实验记录不翼而飞了。你会用这些软件吗？想学吗？别急，我们会慢慢推出学习教程。作者：霸霸
TA的最新馆藏advice for a free vector/plasmid software
| Biocompare: The Buyer's Guide for Life Scientists
advice for a free vector/plasmid software
Discussion
A mixed bag of economic news was published by the Commerce Department Monday. On one side, customer spending rose in Sept, suggesting a greater consumer confidence. Concurrently, the average customer also saved less for the 3rd consecutive month. Pay for your expenses until you get a job with a [url=/payday-loans/]payday loanrl].
Post ID : 4822
Try VectorFriends . It's free for academic researchers. It combines various types of cloning simulations, sequence analysis and data management into one user-friendly application.
Post ID : 4588
Fine Care Biosystems
Posts : 36
Please you can find more about advise for a free vector/plasmid software is here>>>/articles/cloning-tips-vector-prep/
Post ID : 4367
Posts : 1212
Try SnapGene Viewer at . It's the free companion to SnapGene, and it allows you to make nice annotated maps, design primers, and view sequence trace files.I just downloaded it and watched the introductory tutorial. It's an excellent program with tons of very useful features. Thanks for posting the link.
Post ID : 4044
Try SnapGene Viewer at . It's the free companion to SnapGene, and it allows you to make nice annotated maps, design primers, and view sequence trace files.
Post ID : 4043
Posts : 565
I know some people who use the Vector NTI software and say it is really good, however, I have not used it myself.I usually do everything using free web-based software and just make the vector sequences in microsoft word. Doesn't have all the neat features but it works pretty well.For restriction mapping and finding enzyme sites I use the NEB cutter at
(/NEBcutter2/index.php).The software will also find ORFs and give you a protein sequence. Most of the time it works pretty well.For primer design, I just use the free tools at
to determine whether or not the sequence I selected has a good melthing temperature. Another really good site that is free (at least for people in academia) is the workbench at the SDSC (http://workbench.sdsc.edu/). This site has some really nice protein and nucleic acid tools. You might want to play around a little to get used to the interface.Hope this helps.
Post ID : 3654
The goal of this research study was to determine if B cell depletion altered effector T cell formation during LCMV infection.
Our lab is concerned with studying transcriptome and signaling changes that occur during transitional B-cell development.
This is a major checkpoint ...
Used in staining of wild type trophoblast stem cells. It was a good control to compare to our mutant stem cells. We picked this product because it ...
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