page测序大板桌制作胶怎么制作

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-12-01 09:13 标签： 原木大板生产制作流程
北京大学生物动态光学成像中心测序平台-FAQ
Q1：建库所需的样品总量和浓度有什么要求？ A1：不同文库所用的试剂盒对样品总量和浓度有不同的要求，具体要求见《高通量测序样品要求及注意事项》，为了保证文库质量，在条件允许的情况下请尽可能多提供一些样品。 Q2：对建库所用样品的保存和运输有什么要求？ A2：一般情况下，DNA样品应保存于-20℃，RNA样品应保存于-80℃，若长期保存最好都置于-80℃；DNA样品运输可选用冰、干冰或液氮，RNA样品应保存于干冰或液氮中运输。 Q3：构建的RNA文库是不是也包含了small RNA？ A3：不是的，在RNA文库构建中会先进行mRNA的纯化，只有带有poly A尾的mRNA会被保留下来，small RNA没有poly A尾，所以在纯化的过程中已丢失。若要做small RNA分析，需要专门构建small RNA文库。 Q4：你们是否提供链特异性RNA文库构建服务？ A4：提供，若要构建链特异性RNA文库请在样品信息单中选择建库类型&Directional RNA-Seq&。Q5：我们提交样品后多久能够得到测序结果？ A5：样品提交后要经过样品质检&文库构建&文库质检&上机测序&数据初步分析等几个阶段，一般情况下，一个月左右就能获得结果。 Q6：如何选择所构建DNA文库片段的大小？ A6：单端测序（single end）最优的片段大小是150-300bp，双端测序（paired end）最优的片段大小为250-500bp。目前，我们提供180bp、300bp和500bp三种大小的DNA文库构建服务，180bp大小文库采用双端测序能够测通，而300bp和500bp大小的文库则无法测通。文库大小的选择还与基因组的复杂度和重复序列多少有关，大文库有利于高重复序列基因组DNA序列的拼接。 Q7：你们是否提供rRNA Removal的RNA建库服务？ A7：提供，若要构建rRNA Removal的RNA文库请在样品信息单中选择建库类型&rRNA Removal RNA-Seq&。,并自行提供去除rRNA的试剂盒。Q8：如何确定测序所需的数据量？ A8：测序所需的数据量与研究类型、基因表达丰度、基因组大小有关，同时还与已发表文献中已使用的数据覆盖度有关。一般而言，对全基因组重测序SNP分析，可以采用30-50X的覆盖深度。对RNA测序，一般要求4G的数据量，若要获得低丰度的转录本，还要进一步增加数据量。 Q9：small RNA建库提交样品前是否要先分离纯化small RNA？ A9：不需要，small RNA文库构建直接以total RNA起始。利用small RNA在5&端带有磷酸基，3&端带有羟基的特性，直接在两端连上接头，再通过反转录、PCR扩增和PAGE胶电泳回收最终获得small RNA文库。 Q10：以total RNA起始所构建的small RNA文库中会有mRNA或rRNA污染吗？ A10：一般不会，因为在small RNA建库过程中需要进行PAGE胶电泳纯化，只有符合small RNA大小的片段才回收。因此，只有降解或断裂到与small RNA片段大小相同且两端连接上正确接头的mRNA或rRNA才有可能被引入small RNA文库，而样品建库前都要经过严格的质检，降解的样品是不建议建库的，所以mRNA或rRNA污染的概率是很小的。 Q11：单端测序与双端测序有什么不同，该如何选择？ A11：单端测序指在测序过程中只从构建的文库一段读取100bp长度，而双端测序则分别从文库两端各读取100bp长度。一般而言，small RNA文库和ChIP文库按不同需求可以选择单端测序（也可用双端测序），而其它文库基本采用双端测序。 Q12：与microarray技术相比较，NGS技术有什么优点？ A12：相对与microarray技术，NGS技术有如下一些优势： a． NGS技术可以在基因组序列未知的情况下进行测序，而microarray技术则要求已知的基因组信息来设计芯片上的探针序列 b． NGS技术的结果中可包含一些未知的序列信息，而microarray技术只能检测到芯片上已有的序列信息，而无法检测未知序列 c． 基于杂交原理的microarray技术在检测相似序列时分辨率较低，通常会存在cross-hybridization的问题；而NGS技术的分辨率可以达到一个碱基，能够轻易区分单个碱基的不同 d． NGS技术样品要求量低，microarray技术样品要求量高；NGS技术信噪比较高，，microarray技术信噪比较低。

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