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miRNA靶基因预测
我用psRNATarget在线软件预测miRNA的靶基因，出来很多，有的写的相似，有的写同源，选的时候应该首选什么样的啊？还是只按照后面的互补性判断呢？谢谢啦~~还有，它的功能也没标注着啊。。。怎么找呢？求助orz
这几个都是动物的啊，没有植物能用的。。。。
RNAhybrid程序是基于RNA二级结构的预测算法的热力学稳定性原理，应该适用于不同物种，你可以试一下，网站界面&&：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid&&。miRNA用Fasta格式。
还是不行，就从miRNA数据库中查同源miRNA的有关靶位点信息以预测靶位点。比如：miRBase，http://microrna.singer.ac.uk/，该数据库不仅提供miRNA序列，也提供miRNA靶位点的信息。
你好，你能不能留个qq？有的问题还是不明白，想具体问一下，谢谢！
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随时随地聊科研做miRNA的预测怎么从数据库选取已知的miRNA及其靶基因,新手求教,最好详细的说下操作步骤,
targetscan这个网站 不过上面都是预测的靶基因 mirbase上有已经报道证实的靶基因
为您推荐：
如果是要初步的筛选，最好用至少3个数据库进行预测，然后取共有的target gene进行下一步的验证，常用的数据库有targetscan，RNA22，mirbase，PITA，microcosom等等
我来晚了一点。如果着重于已知miRNA-靶基因对，targetscan并不适用。推荐两个网站提供此类信息：http://diana.cslab.ece.ntua.gr/DianaToolsNew/index.php?r=tarbase/indexhttp://www.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/index.html
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求教将miRNA测序数据比对到miRBase时数据库的选择
请问将二代测序得到的序列比对到miRBase鉴定已知miRNA时，应选择miRBase中的mature序列还是hairpin序列啊？
看到miRBase中同时有hairpin.fa和mature.fa两个数据文件，迷惑了，求解答？
为什么呀，能给解释下不？？
谢谢！第一条好理解。
关于第二条，如果我把序列map到基因组上预测了miRNA基因，然后为什么要去比对hairpin呢，是拿预测得到的precursor去比对吗？如果还是拿短序列去比对，那和比对mature有什么区别呢？
（Ps：个人理解认为hairpin数据是mature的前体序列集，不知对不对）
你可以任意找一个miRNA看下它的详细内容，如图。hairpin序列是Stem-loop结构的序列，mature miRNA是stem-loop上的一段。你可以看到在Deep sequencing 测序得到的miRNA并不是都是完全的和miRBase上提供的mature起始位置一样的，实际上也是这样的。所以建议你比对的时候和hairpin比对，这样你能拿到你真实的mature miRNA。
嗯，明白了！
还有个疑问就是，miRBase中的每个mature miRNA在hairpin中都有它对应的茎环结构吗？会不会有mature中有的在hairpin中却没有的？:D
:D，不会的，都有的，hairpin其实是mature miRNA的pre-miRNA,经过加工就变成了mature miRNA。给你看下miRNA的biogenesis。
谢谢，这张图的文献我看过！:hand:
其实到底有没有，我拿mature到hairpin中比对一下应该就知道了:D
今天比对了一下，确实所有的mature都能比对到hairpin上:D
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miRNA的靶基因预测可以做哪些分析？
miRNA的靶基因预测可以做如下分析：
1）已知miRNA和novelmiRNA的靶基因预测（仅限单个样本）；
2）已知miRNA和NovelmiRNA靶基因GO注释和KEGG（仅限单个样本）；
3）差异miRNA靶基因预测（需要提供基因编码序列，2个或2个以上样品）；
4）差异miRNA靶基因GO注释和KEGG通路分析（2个或2个以上样品）
壹基因-科研服务官方微信壹基因OK-1gene
壹基因-基因健康官方微信壹基因商城MALL-1gene
(工作日：8:30-17:30)在microRNA的研究中，生物信息学发挥越来越重要的作用，以下是microRNA相关的数据库与预测、功能分析软件
，绝对值得收藏。1.miRBase: http://www.mirbase.orgmiRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA
序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务，允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。2.miRecords: http://mirecords.biolead.org/动物 miRNA
的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标.
靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget,
NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.3.PMRD: http://bioinformatics./PMRD/PMRD是一个关于植物MicroRNA
数据库，包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等，并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。4.CoGeMiR: http://cogemir.tigem.it/CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中MicroRNA
在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。5.MicroRNAdb: http://bioinfo.au./micrornadb/index.phpMicroRNAdb是一个关于microRNA的综合性数据库。相比其他数据库，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且进行了充分的注释。如今，该数据库有732个microRNA序列的条目和439个详细的注释。6.miRWalk: http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/miRWalkis是一个综合性数据库，提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。7.TarBase: http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因，区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。8.miRGator:http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.htmlmiRGator数据库是一个引导对miRNA进行功能阐释的工具。功能分析和表达谱结合靶基因预测，可以对miRNA的生物学功能进行推测。9.miRGen:http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.htmlmiRGen是一个整合型数据库,包括：(i)动物miRNA和基因组元件之间的位置关系;(ii)通过结合广泛使用的靶基因预测程序得到动物miRNA靶基因。10.miRNAMap:http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/miRNAMap数据库搜集了多个物种的经过试验证明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组。11.Vir-Mir:http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgiVir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。12.ViTa:http://vita.mbc.nctu.edu.tw/ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由 miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释，包括人类miRNA的表达情况，病毒感染的组织等。13.ASRP Database:http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/ASRP网站组织了拟南芥中的小RNA的信息，这些小RNA是通过ASRP或其他实验室分离得到的。14.miRNApath:http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.phpmiRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。15.miRex:http://miracle.igib.res.in/mirex/miRex是一个分析microRNA基因表达的在线资源库，搜集，整理和分析已发表的关于microRNA基因表达的数据，它允许研究者通过数千数据点来分析基因表达和提供microRNA基因表达数据的在线保存。16.PolymiRTS:http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库.17.SeqBuster:http://estivill_lab.crg.es/seqbuster/a bioinformatic web interface able to custom analyze deep
sequencing data to study miRNA variants or isomiRs. From Genetic
Causes of Disease Group, Genes and Disease Program, Centre for
Genomic Regulation (CRG), Pompeu Fabra University, Barcelona,
Catalonia, Spain.18.WMD3: http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgiWMD3 designs artificial microRNAs (amiRNAs). The 21mer
amiRNA21mers can specifically silenceg single or multiple genes of
interest in more than 90 plants. From Max Planck Institute for
Developmental Biology, 72076 Tübingen, Germany.19.TargetScan:http://www.targetscan.org/TargetScan是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。20.microRNA.org:http://www.microrna.org/miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。21.PicTar: http://www.pictar.org/icTar是通过一定计算法则来鉴定microRNA的靶目标的。该可搜索的网站可以提供以下物种的关于microRNA靶目标的预测详细信息，包 括：脊椎动物、七个果蝇种类、三个线虫种类和人类的非保守但共表达的microRNA的靶目标(例如：表达在同一组织的microRNA和mRNA)。22.RNAhybrid:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，是通过一种域码来实现的。例如一条短链序列结合到长链的最佳位置上。该工具主要作为microRNA靶基因预测用.23.microInspector:http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/microInspector提供miRNA结合位点的预测。24.TripletSVM: http://bioinfo.au./mirnasvm/TripletSVM是一个用于预测一个具有发夹结构的被查询序列是否是一个真正的miRNA前体物的程序.25.TransmiR: http://cmbi./transmirTransmiR是关于转录因子的microRNA调节的数据库，对于用于学术研究室免费的。26.miR2Disease:http://mlg.:8080/miR2Disease/search.jspmiR2Disease数据库是一个人工注释的数据库，主要收录的是与人类疾病相关的microRNA信息.27.S-MED: http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.phpS-MED(肉瘤microRNA表达数据库)是一个存储miRNA表达谱的数据库，这些miRNA是在多种人的肉瘤中以及一些选择的正常组织中发现的。28.PMRD：http://bioinformatics./PMRD/植物microRNA数据库26.deepBase： http://deepbase./deepBase从新一代测序技术(深度测序技术，deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA，piRNA，siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。30.starBase： http://starbase./starBase
从高通量的CLIP-Seq实验数据(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解组实验数据中(degradome sequencing)搜寻micorRNA的靶标。提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标31.PITA: http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.htmlPITA基于靶位点的可接性(target-site accessibility)预测microRNA的靶标。32.RNA22：http://cbcsrv./rna22.htmlRNA22基因序列特征预测microRNA的结合位点。33.miRTarBase:http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。34.miRanda： http://www.microrna.org/microrna/home.domiRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛，不受物种限制，同时提供了
windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。碱基互补方面，miRanda算法和Smith-Waterman算
法相似，但它以碱基互补(如A=U,G&C等)代替Smith-Waterman算法中的碱基匹配(如A-A,U-U等)来构建打分矩阵，允许G=U错
配，为了体现miRNA3’端和5’端和靶基因作用过程中的不对称性，软件给出了scale参数(5’端11个碱基得分值乘以该值，然后和3’端11个碱
基得分值相加作为碱基互补得分)。同时强调miRNA第2到4位碱基和靶基因精确互补，第3到12位碱基和靶基因错配不得多于5个，9到L-5(L为 miRNA总长)位碱基至少一个错配，最后5个碱基错配不得多于两个。35.DIANA-microT： http://www.microrna.gr/microTDIANA-microT是KiriakidouM等基于实验和计算生物学方法开发的miRNA靶基因预测软件。和miRanda预测结果中可能出
现一个miRNA对应多个靶位点或多个miRNA对应一个靶位点而丢掉了miRNA调控单个靶位点不同的是，DIANA-microT考虑了miRNA调
控单个靶位点的情况。DIANA-microT预测算法基于以下两点来判别miRNA靶基因：①miRNA和靶基因间的高亲和力，主要通过结合能来衡量。 ②影响miRNA和靶基因所形成二聚体茎环结构环部位置和环大小的miRNA相关蛋白可能指导miRNA和靶基因的相互作用。36.RNAhybrid： http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/RNAhybrid是Behmsmeier
M等[15]基于miRNA和靶基因二聚体二级结构开发的miRNA靶基因预测软件。RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间
形成二聚体，根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点。尽管随着靶基因序列长度增加，运算复杂度也相应增加，但RNAhybrid和其它RNA二
级结构预测软件诸如mfold, RNAfold,
RNAcofold和pairfold相比，仍具有明显的速度优势。此外，RNAhybrid允许用户自定义自由能阈值及p值，也允许用户设置杂交位点的
偏向，如杂交位点必须包含miRNA 5’端2-7nt等。测序猫(seqmall)　
　文章为作者独立观点，不代表大不六文章网立场
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