最近克隆一个分子,为什么老是突变

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问答题简答题从突变的分子基础看,能否实现定向变异为什么通常从一个野生型基因变成突变型的频率总是显著地高于回复突变率,如何解释 从突变的分子基础看,能实现定向变异。因为从细胞水平上理解,基因相当于染色体上的一点,称为基因座(locus)。从分子水平上看......
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最新相关试卷这是个机器人猖狂的时代,请输一下验证码,证明咱是正常人~如何理解基因突变发生的时期不一定是分裂间期
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疑难问题:学生很难理解基因突变发生的时期不一定是分裂间期,其实根据突变的机理来看,可以不是发生在间期,而是发生在复制前,但往往要通过分裂间期复制来实现传递来子代细胞。
基因突变可以是DNA序列中单个碱基或核苷酸的变化,也可能是一段核酸序列的改变,这种在基因分子水平上发生的改变可以通过DNA复制经细胞分裂永远传递给子代细胞。
根据突变发生情况分有自发突变和诱发突变,自发突变是指在自然状态下未经诱变剂处理而出现的突变。自发突变可能是由于DNA复制错误、碱基的异构互变效应、自发的化学变化和转座因子等多种原因引起的。
一、复制时引起的基因突变
在DNA复制过程中,可能产生碱基的错配,带有错配碱基的DNA在下一次复制时,则会引起碱基的替代,从而引起DNA分子的错误,由于DNA分子中的碱基本身存在着交替的化学结构,称为互变异构体,当碱基以它稀有的形式出现时就可能与错误的碱基配对,这种碱基化学结构的改变过程称为互变异构移位。
碱基的互变异构可以在DNA复制过程中自发发生。它导致的碱基替代如果是发生在同类碱基之间,即一种嘌呤被另一种嘌呤替代,或一种嘧啶被另一种嘧啶替代,这称为转换;若碱基的替代发生异类碱基之间,即一种嘌呤被一种嘧啶替代,或反之,则称为颠换。
二、复制前引起的基因突变
1.自发的化学变化
(1)脱嘌呤
由于碱基和脱氧核糖间的糖苷键断裂,从而引起一个鸟嘌呤或一个腺嘌呤从DNA分子上脱落下来,研究发现,在37&#8451;条件下培养一个哺乳动物细胞20小时,会有数以千计的嘌呤通过脱嘌呤作用自发地脱落。如果这种损伤得不到修复,就会引起很大的遗传损伤,因为在DNA复制的过程中,无嘌呤位点将没有特异碱基与之互补,而可能随机地选择一个碱基插进去,结果导致突变。
(2)脱氨基作用
在一个碱基上去掉氨基,常见的胞嘧啶(C)和5-甲基胞嘧喧(m5C),它们脱氨基后分别变成尿嘧啶(U)和胸腺嘧啶(T),从而使DNA分子受到损伤。由于在DNA中U不是一个正常碱基,因此如果它不被除去在DNA复制中它将与腺嘌呤(A)配对,导致原来的GC碱基对转变为AT碱基对。5-甲基胞嘧啶是基因组中常见的一种经甲基化修饰的碱基,由于它脱氨基后变成胸腺嘧啶(T),因此它可将DNA中的m5CG碱基对转变为AT碱基对。并且,由于T是DNA分子中的正常碱基,修复系统不能将其作为非正常碱基识别,结果错误碱基通常不能被修复,从而导致m5C位点常常成为突变热点,在该位点发生突变的频率要比其他位点高得多。
脱氨基造成的碱基转换
2.转座因子或插入序列引起
在生物基因组内存在的可移动DNA序列转座因子或插入序列,通过在基因组内的移动也经常引起基因功能的失活或改变。现已知道,在玉米、果蝇等生物中发生的一些典型突变就是由于这类可移动DNA序列的插入所引起的。
转座子或插入序列引起基因突变的机制
3.化学诱变
(1)碱基修饰剂
有的化学诱变剂并不是掺入到DNA中,而是通过对碱基的化学结构进行修饰使其性质发生改变,从而引起特异性错配,如亚硝酸、羟胺、烷化剂等。
例如,亚硝酸(HNO2)是一种有效的诱变剂,它能作用于腺嘌呤(A)使其脱去分子中的氨基而转化为次黄嘌呤(H)。由于次黄嘌呤的分子结构特点,它能暂时与胞嘧啶(C)配对。在以后的复制过程中,次黄嘌呤又被鸟嘌呤(G)所代替,从而形成了CG碱基对,结果使AT改变为CG。
(2)插入突变剂
这类化合物主要包括吖啶橙、原黄素、黄素等吖啶类染料,它们均含有吖啶环,是一种平面分子,其分子大小与碱基对大小差不多,可以插入到DNA双螺旋双链或单链的两相邻碱基之间。如果它们插在DNA模板链中,合成新链时必须要有一个碱基因插入相应位置以填补空缺,这个碱基并不存在配对问题,是随机选择的。合成的新链上一旦插入了一个咸基,在下一轮复制时必然会增加一个碱基。若这类插入突变剂在插入新合成DNA链时取代了一个碱基,并且在下一轮DNA复制前该插入剂又被丢失,那么就会导致下一轮DNA复制时减少一个碱基。因此,插入突变剂通过在其插入位置上引起碱基对的插入或缺失突变,结果会导致可读框的改变,造成移码突变。
3.物理因素引起的突变
当用紫外线诱变处理时,紫外线的照射能使物质的分子因激发而变成活化分子。被照射物质分子的电子吸收了紫外线的能量后从低能轨道跃迁到高能轨道,从而使物质的分子处于活化状态。
紫外线的生物学效应主要是引起DNA分子的变化造成的。DNA能强烈地吸收紫外线,尤其是DNA分子链中的碱基对,它们对紫外线具有特殊的吸收能力。紫外线引起DNA结构改变的形式很多,例如DNA链的断裂、DNA分子内和分子间的交联、DNA与蛋白质的交联、嘧啶的水合作用和二聚体的形成等,其中主要的是水合物和二聚体的形成。
紫外线照射形成二聚体引起突变
同时可参考:2014年第11期《生物学教学》第80页,《基因突变只发生在分裂间期吗?》
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【求助】最近克隆一个分子,为什么老是突变呢?
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这个帖子发布于4年零350天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请教各位大师们:
最近小弟在从cDNA文库中克隆一个分子,大概2.2kb,用的是TAKARA 的Prime star GXL,刚开始p时,连t载涂板后,长的还正常,就是拿到的阳性比较少,送了测序发现上游有216bp缺失了,后来老板让重新克隆,连t载转化涂板后白斑和篮板数量还算可以,可死活拿不到阳性克隆。后来想办法进行了分段克隆,下游片段还好,就是p上游744bp片段连t载转化涂板后,长得就不太正常了,白斑和篮板都很少。做了两回,第一回有两个阳性克隆,送测序后发现在353bp处发生碱基突变,C突变成了T,最郁闷的是氨基酸由Ser突变成了Leu,让我很难受,因为这个分子在后面还要做一些功能性的研究,这个氨基酸突变有点敏感。第二回克隆时连t载后长的也很少,有一个阳性克隆,悲催的是送测序后发现又突变了,只是位置不同,这次是在317bp处同样地由C突变为T,氨基酸也由Ser突变为Leu。
让我疑惑的是这些突变并没有发生在之前发生216bp缺失的那个克隆里。我目前猜测会不会是cDNA文库里面上面这三种情况都存在?而小弟我点儿太背正好把这三种都搞出来了,就是没搞出来NCBI里正常的序列?在此求教各位大师们指点迷津,小弟在此多谢了~~~
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我要是你,就做个mutation,把错的序列修回去
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哎,其实第一次突变后我就想做mutation了,只是老板觉得mutation费时间,还得合成引物,就让我继续p。敢问楼下,还有没有什么更快的方法?
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mutation其实挺快的,引物合成回来,2天搞定你现在这样子,恐怕需要order个pfu turbo试一下,时间更长我感觉还是你的takara酶的问题,号称高保真,还是不行。你先用pfu扩增,再用taq加A
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primer star 一般p 8k以内没有什么突变的我们跟身边的人用此酶有几年了克隆基因上千
也没见谁说此酶有突变的另外 你的cDNA文库 是自己构的还是现成的目的基因呢?如果本身就有突变 或者snp 你再怎么p 出来也不会是标准序列每个基因都存在snp现象 如果你的突变是同义 或者不在功能区而且ncbi上有一致的序列那也没什么问题基因标准序列不是唯一我以前做一个基因 跟老外要了一个 nature上的文章结果测序下来 突变很多很多 多得不敢用了 人家还是用了
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shylook primer star 一般p 8k以内没有什么突变的我们跟身边的人用此酶有几年了克隆基因上千
也没见谁说此酶有突变的另外 你的cDNA文库 是自己构的还是现成的目的基因呢?如果本身就有突变 或者snp 你再怎么p 出来也不会是标准序列每个基因都存在snp现象 如果你的突变是同义 或者不在功能区而且ncbi上有一致的序列那也没什么问题基因标准序列不是唯一我以前做一个基因 跟老外要了一个 nature上的文章结果测序下来 突变很多很多 多得不敢用了 人家还是用了cDNA文库是购买的,之前从这个库里p其他分子时也有过突变,只不过那些突变是同义的。但这次这个不同,跟ncbi上比过的,确实是突变了。敢问这位前辈,如果做mutation的话成功率高否?
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mutation不算难
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吾宁成魔 cDNA文库是购买的,之前从这个库里p其他分子时也有过突变,只不过那些突变是同义的。但这次这个不同,跟ncbi上比过的,确实是突变了。敢问这位前辈,如果做mutation的话成功率高否?mutation的话 一般用试剂盒也不难了primer star保真性很高的呀 我是觉得奇怪了
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做点突变的话,建议使用NEB的phusion,我一直都是用这个聚合酶做点突变的。只要体系摸索好了,成功率100%。
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P的是什么基因,什么物种的
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qjy_134 P的是什么基因,什么物种的是从人的cDNA文库里p的。
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现在很多基因都现成有的,直接买就可以了500-600元一个。。你把你的基因说一下
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保真性是相对的,与PCR体系中游离Mg2+浓度有关,游离Mg2+浓度升高则保真性降低。PCR体系中dNTP能螯合等摩尔Mg2+,随着PCR产物的增加,dNTP被大量消耗,导致游离Mg2+浓度增高。另外一个原因是dCTP水解,水解产物为dUTP,高温能加速这种水解;这可能是你两次由C突变为T的主要原因。总而言之,减少循环数,不要一味追求PCR产物的量即可。
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钢铁苍穹 做点突变的话,建议使用NEB的phusion,我一直都是用这个聚合酶做点突变的。只要体系摸索好了,成功率100%。其实可以直接用phusion 超保真DNA聚合酶直接扩增,该聚合酶的保真度是普通的Taq DNA聚合酶的50倍,扩增效率高,可以直接扩增,无需再设计引物,无需做点突变,直接用该聚合酶扩增即可。
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请问你的克隆上游缺失216bp是怎么回事呢?我的克隆出现了中段缺失162bp,而且比对序列后是目的基因的另外一个形式,而不是我找到的正常序列。你后面有克隆出来吗?
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