s-layer protein有跨膜螺旋与保守结构域吗

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基于小波变的膜蛋白跨膜螺旋区段预测研究.pdf76页
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基于小波变的膜蛋白跨膜螺旋区段预测研究
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2005年上海大学硕士学位论文 基于小波变换的膜蛋白跨膜螺旋区段预测研究 摘
要 膜蛋白,尤其是跨膜蛋白在细胞的生命活动中扮演着极其重要的角色,因而
跨膜蛋白的结构和功能的研究受到了广泛的重视。但是,蛋白质结构测定需要相
当数量的纯化蛋白,而跨膜蛋白的肽链贯穿整个磷脂双层,有的还多次折返穿膜,
跨膜螺旋则与膜紧密结合,因此首先要用去垢剂使膜崩解才能将跨膜蛋白分离出
来,然后才能纯化及结晶。这不仅在技术上有相当大的困难,而且是高消耗的。
正是由于分离和纯化的困难,使得跨膜蛋白的高分辨率三维结构测定和解析远远
不能满足对跨膜蛋白功能研究的需要。而计算机预测和分析膜蛋白的跨膜螺旋区 helical
段 transmembranesegments,TMI-Is 则可为揭示跨膜蛋白的结构与功能
关系提供重要信息。 享有“数学显微镜”美誉的小波变换是近20多年来迅速发展起来的崭新的
数学技术,是当前数学科学中的一个迅猛发展的新方向。它既有丰富的数学理论
意义,又具有广泛的应用价值,给许多相关学科的研究领域带来了新的思想,为
众多应用领域提供了一种新的更有效的分析工具。迄今虽已有文献报道了多种预
测膜蛋白跨膜螺旋的方法,但在预测准确度和适应性方面都有不足之处。本文系 统地总结了目前膜蛋白跨膜螺旋预测的研究现状及进展,着重探讨小波变换的基 本原理及其在生物信息学研究中的应用,提出了基于离散小波变换 Discrete Wavelet Transform,DWT 的膜蛋白跨膜螺旋区段预测的新方法,并把此方法称 之为WavePrd。 首先,选用欧洲生物信息中心建立的跨膜蛋白数据集中的两类总共60条蛋 白质序列构建独立的测试集,主要从三个不同层次对膜
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