如何计算副密码子子中第一位,第二位的GC含量.在线等

副密码子子偏向性分析的论文中通常会计算每个蛋白编码基因的总的GC含量和GC1/GC2/GC3的含量找到一个现成的工具是emboss工具集中的cusp命令,在线版链接是

但是这个工具好像只能一次计算一条序列的GC含量如果一次性上传多条蛋白编码基因序列,计算结果是所有序列加到一起的值而不是每条序列一个值。

试着自己写了┅个python脚本

第一个输入文件是自己的cds序列fasta格式。第二个是输出文件自己指定名字。

另外使用codonW时遇到的一个问题 使用如下命令运行codonw

得到一個结果文件cds.out

比如T3s C3s GC3s是什么意思我最开始以为是副密码子子第三位的T含量和C含量和GC含量,但是这个数值和 cusp计算的结果不一样

大家有人知道這个指标是什么意思吗?

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