基因组可以用于clustal w序列比对比对吗

【图文】2015-4 多重序列比对及Clustal应用_百度文库
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2015-4 多重序列比对及Clustal应用
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DNA Star多序列对比的方法选择!
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丁香园中级站友
这个帖子发布于14年零60天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我最近在用DNA Star进行多序列对比,其中有Jotun Hein、ClustalV和ClustalW三种方法,请问有什么区别,应该根据什么进行选择?
急盼回复!
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丁香园中级站友
有没有帮忙的?
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丁香园荣誉版主
你在这呢,我找一阵子没找到,就发到专业技术板去了
好像关键在于矩阵的选择。
在我比较过的试验中,两者结果好像差别不大。
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丁香园荣誉超版
我一般用editseq和seqmanII,很少用multi alignment
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我最近在用DNA Star进行多序列对比,其中有Jotun Hein、和三种方法,请问有什么区别,应该根据什么进行选择?
急盼回复!
比较序列的同源性一般用ClustalV,
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丁香园荣誉版主
一般还是用CLUSTAL X 1.81 这个软件本身的算法Nuclear acid research也承认,
出来的结果也漂亮。我们同源比较很少用Laser Gene 中的Multi Aligment 。
不过该程序的进化树和分子距离画得还可以,但不如菲利普。
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丁香园中级站友
感谢eeflying 等各位的回复,希望大家继续讨论,我找到了一篇相关的文章:
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丁香园中级站友
如果已知序列有一定的同源性,推荐使用Jotun Hein,
如果有关序列相关性的背景未知,可以选择Clustal。
-------------Lasergene操作手册(中文版)
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