求助，关于shRNA连接服务器时出现问题的问题

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-12-29 20:51 标签： 连接到服务器出现问题
关注今日：2 | 主题：317782
微信扫一扫
【求助】求助shRNA瞬时转染 急急急
页码直达：
这个帖子发布于5年零282天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
今天刚刚收到shRNA的质粒，却被告知siRNA的瞬时转染效率高于shRNA的，现在很郁闷，转染效率不高就不能不正干扰效率，想请问大家差别有那么大吗？如何提高shRNA的瞬时转染效率呢？
不知道邀请谁？试试他们
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
a艾玛 编辑于
不能保证干扰效率
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
你的细胞好转的话，两者差不多。不好转的话，siRNA多那么一点，也没什么大用。所以呢，其实区别不大。如果用shRNA，验证有效的话，还可以包腺病毒或慢病毒，所以还是shRNA好用啦。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
谢谢，终于有人回复我了
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
关于丁香园细胞库/细胞培养
ELISA试剂盒
实验室仪器/设备
原辅料包材
体外检测试剂
【求助】如何利用blast对得到的shRNA进行同源性分析
【求助】如何利用blast对得到的shRNA进行同源性分析
来源：丁香园论坛
点击次数：414
lily1314lk
本人需要自己构建质粒，遇到一个很头痛的问题，不知道如何利用blast对得到的shRNA进行同源性分析，有谁能指点一下，我做的基因是IKKα，有没有哪位同仁做过，可否提供shRNA靶点，谢谢
zhaohu552211
进入到ncbi ，就可以了
进入blast，选择你要核苷酸比对 还是蛋白比对， 然后将你基因的编码区序列输入后，点击比对 就可以了啊
本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴 师兄微信号：shixiongcoming
wudihero007
相关实验方法
本网站所有注明“来源：丁香园”的文字、图片和音视频资料，版权均属于丁香园所有，非经授权，任何媒体、网站或个人不得转载，授权转载时须注明“来源：丁香园”。本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的，且明确注明来源和作者，不希望被转载的媒体或个人可与我们联系，我们将立即进行删除处理。
难度系数：
共455人点评打分
难度系数：
共194人点评打分
难度系数：
共159人点评打分
难度系数：
共151人点评打分
难度系数：
共131人点评打分
丁香通采购热线：400-
Copyright (C)
DXY All Rights Reserved.关注今日：0 | 主题：66087
微信扫一扫
【求助】shRNA设计疑问，急～在线等～～谢谢
页码直达：
这个帖子发布于8年零23天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
园里各位大侠：我最近找公司个我设计了一个shRNA，但是始终觉得他们设计的序列和自己了解的设计原则不相符合，特发帖求助，请各位指教！谢谢了～比较急～在线等啊～～～我的干扰靶点AACTCTGAGTCTTAGTGAGGA他们设计的shRNA：（EcoR I＋sense＋loop＋antisense＋终止信号＋AgeI）1. 5`-Ccgg AA CTCTGAGTCTTAGTGAGGA TTCAAGAGA TCCTCACTAAGACTCAGAG TT TTTTT g-3`2. 5`-aattc aaaaa AA CTCTGAGTCTTAGTGAGGA TCTCTTGAA TCCTCACTAAGACTCAGAG TT-3`与我自己查找的shRNA设计原则不一致。（原则附后）我就是想知道我是否应该把他设计的shRNA的sense序列开头两个“AA”去掉，改为一个“C”加上一个“G”构建为：1. 5`-Ccgg C G CTCTGAGTCTTAGTGAGGA TTCAAGAGA TCCTCACTAAGACTCAGAG C G
TTTTT g-3`
这样就是21个寡核苷酸的sense。或者说他的酶切位点已经有“C”,我就只加上一个“G”，构建为：1. 5`-Ccgg G CTCTGAGTCTTAGTGAGGA TTCAAGAGA TCCTCACTAAGACTCAGAG C TTTTT g-3
这样就是20个寡核苷酸的sense。
求高人解答，万分感激～～～自己查找的设计原则：1.克隆到shRNA表达载体中的shRNA包括两个短反向重复序列，中间由一茎环（loop）序列分隔的，组成发夹结构，由polⅢ启动子控制。随后在连上5-6个T作为RNA聚合酶Ⅲ的转录终止子。 2.两个互补的寡核苷酸两端须带有限制性酶切位点。 3.Stratagene发现29个寡核苷酸较之原先推荐的23个寡核苷酸可以更有效的抑制目的基因。 4.在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C，使插入片段和启动子有一定空间间隔以确保转录的发生。 5.ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。如果选择的目的序列不以G开头，必须在紧连正义链的上游加一个G。 6.ShRNA插入片段中的茎环应当靠近寡核苷酸的中央。不同大小和核苷酸序列的茎环都被成功的运用过。其中包含一个独特的限制性酶切位点的茎环利于检测带有shRNA插入片段的克隆。在比较了众多不同长度和序列的茎环，5'TCAAGAG3'序列最为有效。 7.5-6个T必须放置在shRNA插入片段尾部以确保RNA聚合酶III终止转录。 8.在正义链和反义链序列上不能出现连续3个或以上的T。这可能导致shRNA转录的提前终止另一原则：1．从转录本（mRNA）的AUG起始密码开始，寻找“AA或者NA”二连序列，并记下其3'端的19个碱基序列，作为潜在的siRNA靶位点。正义链和反义链都采用这19个碱基(不包括AA或者NA重复)来设计。
不知道邀请谁？试试他们
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
楼主shRNA做出来了吗？效果怎么样？分享一下经验吧
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
最近我也在设计shRNA,也遇到这样的问题，设计原则和楼主提供的是一样的，发现公司设计的和设计原则（同楼主提供的）不一样，请问这个问题你是如何解答的。
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
关于丁香园关注今日：2 | 主题：317782
微信扫一扫
【求助】shRNA的loop如何选择？
页码直达：
这个帖子发布于12年零110天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请问shRNA的loop序列应如何选择才能使rnai效率更高
不知道邀请谁？试试他们
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
TTCAAGCAA最常用
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
我做过两年RNAi，用于封闭肿瘤细胞的某个基因的表达，当时，选用的shRNA（short hair RNA) template如下：
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
里程碑 编辑于
我做过两年RNAi，用于封闭肿瘤细胞的某个基因的表达，当时，选用的shRNA（short hair RNA) template如下：（第二幅图）
微信扫一扫
广告宣传推广
政治敏感、违法虚假信息
恶意灌水、重复发帖
违规侵权、站友争执
附件异常、链接失效
里程碑 编辑于
关于丁香园什么叫做scramble shRNA?_百度知道
什么叫做scramble shRNA?
我有更好的答案
作为干扰的阴性对照组，可以是干扰GFP等细胞当中没有的基因作为scramble shRNA
为您推荐：
其他类似问题
shrna的相关知识
换一换
回答问题，赢新手礼包
个人、企业类
违法有害信息,请在下方选择后提交
色情、暴力
我们会通过消息、邮箱等方式尽快将举报结果通知您。

我要回帖

更多关于 连接到服务器出现问题 的文章

 

随机推荐