如何在canoco中绘出CCA物种形成变量与环境变量的排序图

  本文是关于多样性软件CANOCO的中文说奣,详细对CCA排序进行说明和补充~


VIP专享文档是百度文库认证用户/机构上传的专业性文档文库VIP用户或购买VIP专享文档下载特权礼包的其他会员用戶可用VIP专享文档下载特权免费下载VIP专享文档。只要带有以下“VIP专享文档”标识的文档便是该类文档

VIP免费文档是特定的一类共享文档,会員用户可以免费随意获取非会员用户需要消耗下载券/积分获取。只要带有以下“VIP免费文档”标识的文档便是该类文档

VIP专享8折文档是特萣的一类付费文档,会员用户可以通过设定价的8折获取非会员用户需要原价获取。只要带有以下“VIP专享8折优惠”标识的文档便是该类文檔

付费文档是百度文库认证用户/机构上传的专业性文档,需要文库用户支付人民币获取具体价格由上传人自由设定。只要带有以下“付费文档”标识的文档便是该类文档

共享文档是百度文库用户免费上传的可与其他用户免费共享的文档,具体共享方式由上传人自由设萣只要带有以下“共享文档”标识的文档便是该类文档。

作者:中国科学院天津工业生物技术研究所  王敬敬

Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包Canoco常用的版本1998和和4.5)的文章在过去20年引用高達11,469次,历史上主要版本(前10篇文章)引用达21,700次

Canoco 5是一套全新的,几乎完全重构的Canoco软件版本在2012年10月发布。Canoco 5在Canoco 4.5基础上做了很多改进并增加一些噺的分析方法(比如PCNM)和完善了绘图功能。

本文以土壤理化因子和微生物物种形成数据为例简要示范DCA的绘制流程。由于认识不深不足、错误之处还望大家多提宝贵意见。

软件测试版安装包、安装说明和测试数据后台回复”canoco5”获取。

物种形成数据(Phylum.xlsx)门水平(任何层面读者任选,自行准备)MT处理组3个重复,HY处理组3个重复

环境数据(SP.xlsx)理化因子,MT处理3个重复HY处理3个重复

点击“Next”,出现新的对话框默认选项。

點击“Next”出现新的对话框,默认选项

点击“Yes”,出现新的对话框默认选项

点击“Next”,出现新的对话框默认选项

点击“Next”,出现新嘚对话框默认选项

点击“Next”,出现新的对话框默认选项

点击“Yes”,出现新的对话框

点击“OK”出现新的对话框,默认选项

点击“Next”絀现新的对话框,默认选项

点击“Next”出现新的对话框,默认选项

点击“Next”出现新的对话框,默认选项

点击“Finish”等待几分钟后,出现結果如下,方法为PCA调整后的解释度为0.0%

可以点击窗口中央的“Details”查看详细信息,可以点击左侧“Copy”复制结果

即Forward Selection Results下面窗口中显示的结果,复制内容如下如粘贴到其它文本编辑器内

根据前向选择的结果重分析

点击左下角的“New…”,出现对话框默认选项

点击“Next”,出现新嘚对话框默认选项

点击“Finish”,出现新的对话框默认选项(此页可能没有,不用在意)

点击“Next”出现新的对话框,默认选项(此页可能没有不用在意)

点击“Next”,出现新的对话框根据前向选择的结果,去除环境因子这里我们去除SN和SP,即之前分析结果中没有显示在表格中的環境因子

点击“Next”,出现新的对话框默认选项

点击“Next”,出现新的对话框默认选项

点击“Next”,出现新的对话框默认选项

点击“Yes”,出现新的对话框默认选项


点击“Next”,出现新的对话框默认选项

点击“Next”,出现新的对话框默认选项

点击“Next”,出现新的对话框默认选项

点击“Finish”,等待几分钟后出现结果,方法为PCA调整解释方差为0.0%

根据“Term Effects”,选择“TN TOC PH SALT”重新进行分析方法如上,点击New…等结果洳下所示,方法为RDA调整后的方差解释度为90.2%

TN对物种形成的影响具有显著性。TN对群落变异的解释度为55.7%可以认为是驱动群落变异的主要因子。

点击“Graph1”“Graph2”,会出现环境因子和物种形成环境因子和样方的RDA图。

进行颜色、形状、字体等的调整;可以点击 调整位置;可以点击 添加箭头;可以点击 添加标题;可以点击  添加直线

基于 CANOCO 的生态学数据的多元统计分析, 2009,赖江山

为鼓励读者交流、快速解决科研困难我們建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外2600+ 一线科研人员加入参与讨论,获得专业解答欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主編好友带你入群务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助首先阅读学习解决问题思路,仍末解决群内讨论问题鈈私聊,帮助同行

学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”

点击阅读原文跳转最新文章目录阅读

VIP专享文档是百度文库认证用户/机構上传的专业性文档文库VIP用户或购买VIP专享文档下载特权礼包的其他会员用户可用VIP专享文档下载特权免费下载VIP专享文档。只要带有以下“VIP專享文档”标识的文档便是该类文档

VIP免费文档是特定的一类共享文档,会员用户可以免费随意获取非会员用户需要消耗下载券/积分获取。只要带有以下“VIP免费文档”标识的文档便是该类文档

VIP专享8折文档是特定的一类付费文档,会员用户可以通过设定价的8折获取非会員用户需要原价获取。只要带有以下“VIP专享8折优惠”标识的文档便是该类文档

付费文档是百度文库认证用户/机构上传的专业性文档,需偠文库用户支付人民币获取具体价格由上传人自由设定。只要带有以下“付费文档”标识的文档便是该类文档

共享文档是百度文库用戶免费上传的可与其他用户免费共享的文档,具体共享方式由上传人自由设定只要带有以下“共享文档”标识的文档便是该类文档。

我要回帖

更多关于 什么是物种 的文章

 

随机推荐