看官们好久不见...其实一直都有装电脑，但是由于懒癌晚期...好多连图都懒得拍，别说发帖了...
这次突然想起来发帖是因为这个配置我自己是永远不会买的（买得起也不买...毕竟是工作用的...跑特定数据有优势而已）...而且能摸一摸都感觉很不容易（穷），所以就发个装机过程，也算半个worklog半个秀贴吧。

所有配件都是老板的研究经费购买（除了TR4风冷的银箭美国没开卖，我老板自掏腰包，让我找我爸从国内买了一个寄过来了...）...征求了同意才发的帖~
完成图：（现在我就1个散热器到货了...以后补...）
本身在等货到齐（大概要1-2个星期），所以先把要废的话废了...持续编辑中...

由于是老板买单，老板的钱是研究经费，研究经费就是美国政府给的，那就是纳税人的钱...（以下省略一万字....）所以在配置选择上，性价比、需求、拓展性等都要考虑...不像自己搞，钱够图个爽就可以了...所以有兴趣的可以看一下这段选择的理由，也欢迎大家在评论里讨论。

电脑的主要用途是对于生物上样品测序的分析。分析一般是这么几步： 测序序列的生成和分离样本：测序仪本质上其实就是一个可以跑PCR的显微镜配照相机...测序的原始文件都是照片...由于每一个样本都在序列上加了一个识别码（若干位特定/随机序列，用来分别不同的样本），测序完成以后，需要从照片生成序列，并且分离开各个样本。这个一般来说是测序仪购买时候配套的服务器完成（10万刀的一台电脑，配置估计还没帖子里这个好...商业产品就是坑...）。但涉及单细胞测序等复杂情况，这一步分析是要自己跑的。测序原始的照片大概是分离在3-4级文件夹里，上千个文件。分析上是每两张照片一组（两种荧光颜色，分别编码0,1，两组就是4种可能，对应ATCG）。这个步骤的软件是测序公司提供的bcl2fastq，说明书里支持多线程（这种多线程跟一般办公软件不一样...说支持多线程，就是可以并列几十个线程跑的...），so，线程多好，需要一定的并行读取能力（4k 2. 测序质量检测：这个其实是个很快的小软件，支持“多线程”——其实就是把多个文件的检测，分给每个线程1个文件而已...不过同时多个跑的话，也是需要多线程的，也就要并列读取了。
测序Mapping和定量：中文是啥不太了解了...反正其实就是一个高速的模糊搜索算法（新的还涉及利用机器学习来预估位置提高搜索速度）...老的软件是Bowtie，tophat，新的有STAR，Salmon，茫茫多。主要的步骤都是把基因组的annotation加载到RAM里，然后开始按顺序搜索。然后定量，cufflinks啊，新的stringtie，Salmon等。老的软件的问题在于，多线程优化的不是很好，有些子步骤由于“觉得挺快的”压根就是单线程的...所以单纯的堆线程并没用（实验室2.2GHz的16线程的跑起来，比8线程的6700还慢...）。新软件的多线程优化好，但是有bug啊...公认度差啊blablabla。我一般用新的，但是会跑旧的来比对一下确认没问题...所以都要有能力——多核心是好，但是单核心频率还是得高，不然还不如核心少一点。
4. 自定义程序：针对特殊测序的特殊分析方法——TRAP，RPF等新的测序方法，需要不同方法来定量，这些都是自己写程序的。自己写就是能用就好...不会花时间去写多核心（除非要发表成工具）。所以要单核心的速度。5. 之后是matlab之类的分析，随便啥办公本就能跑，就不在这个电脑的考虑范围了。毕竟实验室每个人都有配电脑...我还有自己的笔记本...
另外额外考虑就是目前实验室只有我一个人会跑数据做分析，考虑以后规模提升，要能有同时2-3个人跑任务的可能性。

总结一下：需要多核心，但是单核心能力不能太差，硬盘需要有随机读取能力。

• 需要多核心，又需要单线程的频率（速度），那基本没得选了...TR吊打intel的i9系列...当初考虑过EPYC，和Xeon，因为内存通道问题。TR的内存通道是4通道，另外两个胶水核心需要绕道两个胶水核心上连接内存，所以一半的核心的内存延迟会高很多。所以也考虑过核心少，但是全是直连内存的2950X（性价比嘛）。不过考虑到用到的算法在内存上其实更顺序读取一点...（都是基于C的，我理解是malloc的array上按顺序...但是我没完整的读过几千行代码，所以有可能理解有误...），又不需要那么多PCIe（cuda跟OpenGL算法需要重新写，目前没什么人把主流软件用cuda或者OpenGL写，所以用不到），就决定2990WX了。64线程，可以分成4个16线程使用，满足以后实验室人员扩张的可能需求。目前嘛...我开4个terminal跑并行咯哈哈哈哈！
  
  • 散热器——利民 石墨烯TR4 银箭
    
  工作用更接近服务器的主机，7x24开机，经常会算法跑几天，需要稳定性...所以水冷不考虑（一体水也没有太好的支持TR的，只有安耐美...个人不太相信？分体涉及保修问题...）。风冷只剩下猫头鹰的D15，标定250W，和利民的银箭，标定320W。虽然应该不会不超频，又是空调房（这边房间里的温度都很低...挺冷的，经常要外套...），不过还是考虑一定的余力（毕竟是2990，当初都是按16核心设计的散热），选择老板自掏腰包买单，由父上大人从TB买了寄过来...顺带买了石墨烯的版本...反正没人说散热下降的，替补提升我就不知道了...
         主要需要10Gb网口，提供的有3家，雕牌、华擎、华硕。根据内存支持频率（它官网不写我们是不敢试的，学校买了内存你还想退是很难的...）选华硕。学校技术人员的个人经验是内存频率对AMD的U提升还是很大的。
  
  • 同理，支持的情况下最高频率。选择128GB是因为STAR单个任务就要吃超过32GB的内存，如果并行的话虽然有分享内存的模式，但是如果跑人、老鼠、耗子样本的话，就要加载3份了。再加上可以缩小index的trunk提高速度（耗用更多内存），就选择插满了。其实有点想256GB的，ECC内存有32G单条的...但是主板支持没说...就算了吧。
    
    •        970没有128GB的版本...然后想960省钱，查了一下价格一样...256GB纯粹只装一个Linux系统，还有所有要用的软件，不放任何运算数据，所以肯定够用了。另外整机接近6000美元的价格，没人会在意能不能换成128GB的省20刀...
      数据里面，mapping软件用的基因组annotation的index存储。每次加载的时候都是整个文件读进内存（32GB一个文件）。考虑加载速度，文件又是整个读取（线性的，这个算法没有用多线程读取），选择目前sequential最快的970
      • 目前4K里面应该是最快的吧？（不考虑飞天价格的企业解决方案）测序文件单个其实都没多大，十几个G就算不小了。所以sequential慢一点也无所谓，而且涉及搜索、并行运算等，高4K随机读取是最重要的。至于选择960GB...大概拷一次文件，也就跑50个样品吧...老板测序规模越来越大，50个样本才1个batch...我可不想每天半夜、周末都要跑实验室拷文件...
        
        • 这其实就是选主板支持10Gb网线连接的最重要原因。本来有考虑本地买几个10TB硬盘的。但是测序数据，尤其是人类的数据，不可再生很珍贵，所以不止要RAID备份，还要异地备份的...全都自己搞太麻烦了。学院有现成的Isilon存储，而且异城市备份。10Gb的速度也超过本地硬盘SATA口的速度。又不用交钱....Isilon的服务器本身听说是100Gb网口的，还不止一个？所以需要提速以后还可以多个网口链路聚合...anyway，解决问题...还不花钱...就他了...数据容量？我估计我们需要20TB左右，目前服务器还有100TB的空间...所以用着再说吧...
          
          • 就算考虑超频CPU，750W怎么也够用了。海韵的电源好歹是自己产的不是贴牌的...别人家的买了很多也是海韵的解决方案。至于钛金....差10刀，保修差很多年...还是那句话，6000刀预算的机子谁计较10刀啊...学校又很在意保修年数。
            
            • 讲道理，这个我一开始是哭丧脸的，只讲究性价比够用就好...我以为要很丑的钢板塑料机箱了...结果感谢美帝国主义的物价...eATX的机箱咋也得上百刀...联立的这个也才100多刀...就他了...好看精致，进风出风也都够强...看着舒心是很提高生产力的嘛！感谢帖子里回复的关于散热器尺寸问题...之前看油管上一个视频评测是银箭，就以为能用了...结果评测用的是银箭ITX。现在在联系退货重买...就定双子座了...

              
              周三美蛋确认了订单，说马上发货，除了主板没货，这周五（今天）或下周一补货...预计下周到货开装...待续...
              所以现在只有一个银箭到货了...（学校流程估计全世界一样磨叽....我跟学校把订单下了，让我爸买的散热器，然后寄EMS过来，散热器收到了，学校还没把订单下出去给美蛋....）
              先是唯一到货的散热器...散热器的包装是感觉蛮...典雅？的牛皮纸盒。尺寸不小，对比记事贴-0-

              侧面的箭头估计是因为“银箭”？虽然并看不出来咋像“箭”了...罗盘也只是装饰吧...没啥实际意义

              另一个角度，写着台湾制造...

              讲道理这个盒子...不是去看了眼评测区的帖子，我差点直接撕开了....根本找不到开口在哪，没有箭头，没有小扣手（半圆形的那种剪进去一点）。至于纸盒缝隙...本来很多面就有啊...挨个抠半天才找到口...

              
              开开盖首先是说明书跟保修卡...公家的东西保修卡很重要要收好...

              展开看一下说明书，TR4的固定方式有点...意（jian）思（dan）...就是4个角上4个螺丝，搭俩贴片直接固定底座了...

              说明书拿出来是给的各种零件

              把零件板拿出来，是比较细的泡沫海绵，嵌的也都算很紧...漂洋过海暴力运输也没有掉任何零件出来...

              
              说明书说白色胶带固定的是左侧用的额外风扇扣具，红色是右边的，中间的那个直的是原配风扇的固定。减震胶垫是4个一组，一共3组。螺丝跟铁片是固定用的。

              拿出零件板以后，这个样子.........实在要吐槽...就不能掏一个泡沫海绵块么...垫了一张很薄的泡沫...毕竟旗舰款啊...

              拿掉泡沫，看到本体。本体单独的袋子装着没密封，但是包好了，里面有干燥剂，所以没啥问题。风扇老样子，放在旁边有兴趣自己装。侧面的空间是附赠的硅脂。据父上大人说还有一个螺丝刀...但是寄的时候邮局让拿出来了。也算是配件给的挺齐了吧...

              背面写着导热系数3.5W/mK。算是挺低了吧...到时候看吧，是我自己贡献自家的存货，还是我们的tech贡献他的存货（是个二代移民华人，会一点中文，很喜欢装电脑233）

              风扇，14cm的孔位的标准15cm风扇，利民的老样子，线用纸胶带贴住了

              背面，功率不大，但是2500转的15cm...感觉会很可怕....到时候看情况吧，要不要改成3风扇降低一点速度什么的...

              散热器本体拿出来，记事贴同学再次登场充当比例尺。中间夹着泡沫估计是防止运输的时候把两个塔压在一起？

              底座保护好的，里面还有除湿的硅胶颗粒

              把中间的海绵拿掉看看效果

              石墨烯算是喷的挺完整的了，底座背面也都覆盖了...不知道这个质检贴纸怎么存活的...撕下来喷完了再贴回去么233

              来一张巴掌大的底座，镜面的，拍照时候自动对焦都对到反射的东西上了。石墨烯喷的痕迹还是很明显的，边缘并不流畅。不过无伤大雅

              风扇试装一下。锁扣是完全大于散热鳍片高度的，完全的套住，锁在一个沟槽里。不存在要数边缘卡在第几片鳍片上的问题，但也不太好自由挪动散热风扇的高度。

              默认高度看一下，基本扇叶没有高出低于散热器，算是正好吧

              散热器就这样...待续

              
              由于纯实验室运算用途，不会安装Windows，大量跑分软件都用不了。会进行一些算法的运算时间对比测试。
              

              手写ID（等有电脑了再贴哈哈哈哈）