水芙蓉的花原基着生于藕带处芽內、幼叶基部的背面;水芙蓉的花单生、两性;萼片4-5片呈绿色,花开后极易脱落花多为桃形或圆桃形,暗紫或灰绿色花有单瓣、复瓣、重台、千瓣之分,水芙蓉花的颜色也多种多样有深红色、粉红色、白色、淡绿色及间色等变化。花期大约6-9个月单朵花期只3-4天,千瓣類能开10天以上水芙蓉的花径最大可达30厘米,最小的不足10厘米雄蕊60-450枚,花药上有一些屑物屑物一般为黄色,花丝白色;校头顶生子房位于上位,心皮多数分离,散生于碗形、喇机形的绿色花托内花谢后膨大的花托称莲蓬,莲蓬上有3-30个莲室莲蓬发育正常时,每个心皮形荿一个椭圆形小坚果有时心皮会“泡化”或瓣化,不能形成果实全部