幼年时主人公直枝理树因双亲詓世而陷入自闭。某日在时常被痛苦所萦绕的少年面前出现了四个孩子——自称名为“Little littlebusters2”的少年们：枣恭介、枣铃、井之原真人、宫泽謙吾，他们宣布由于世界面临巨大的危机不得不借助理树的力量来对抗强敌。随即他们来到了近处的蜜蜂巢穴，与蜜蜂们展开了搏斗最终弄得浑身被蜇伤，又引起了火灾召唤来了救火车和无数大人……而后孩子们被校长狠狠地训斥了一顿。但也由此他们带领着理樹走到了外面的世界。虽然理树经常被卷入他们所造成的骚动却也渐渐忘记了自己的寂寞和伤痛。
《Little littlebusters2》不停的尝试各种新活动经历了許许多多成败。虽然像傻瓜一样尽做蠢事但却过得非常快乐。理树也渴望着“这样的时光能永远延续下去就好了”
长大后五人一同进叻全宿制高中。如今已是二年级生的他们依然过着快乐而温馨的每一天。某日三年级的恭介提议组建棒球队。在恭介的提案下为了湊够人数大家开始寻找队员。
随后理树和铃在一只名为列侬的猫身上找到一张纸条，上面写着这样的讯息：请找出这个世界的秘密……