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ZDOCK和M-ZDOCK都是基于快速傅立叶变换的蛋皛球蛋白复合粉质相互作用对接程序该程序由马萨诸塞大学医学院的Zhiping Weng的实验室(ZLAB)提供并维护。程序主要用来搜索两种蛋白球蛋白复合粉质之间通过平移和旋转而得到的空间中所有可能的相互结合模式并使用基于能量的评分函数评估每个结合模型。目前主要有两个版本嘚ZDOCK程序分别为ZDOCK 3.0.2版本,使用IFACE统计势能结构互补和静电等构成的打分函数;ZDOCK 2.3.2版本,使用ACE统计势能结构互补和静电构成的打分函数。通过使用176个测试用例未结合蛋白球蛋白复合粉质对接为基准表明ZDOCK 3.0.2的打分函数与ZDOCK 2.3.2相比具有优异的预测性能。其提供较慢的运行时间但预测性能没有变化。
ZDOCK程序对于学术用户是免费使用的同时其也集成到了很多的商业化软件中。作为学术用户可以通过其官方网站填写邮箱地址獲取学术版的下载地址
在ZDOCK的下载页面不仅提供有ZDOCK软件各个版本和平台的下载。ZDOCK 3.0.2版本使用IFACE统计势能,结构互补和静电等构成的打分函数;ZDOCK 2.3.2版本使用ACE统计势能,结构互补和静电构成的打分函数
zdock3.0.2_linux_x64.tar.gz通过该命令解压3.0.2版本的安装包,通过输出可以看到该安装包只包含了有限的七個文件可以将文件mark_sur、zdock、create_lig添加到环境变量中方便使用。
通过以上方式就成功的安装了3.0.2版本的ZDOCK程序其实该软件本身并不需要安装,只需要解压即可使用
ZDOCK软件的使用也非常方便:
使用命令mark_sur处理受体的pdb文件,并生成ZDOCK使用的pdb文件
使用命令mark_sur处理配体的pdb文件,并生成ZDOCK使用的pdb文件
使用ZDOCK程序的可执行文件zdock执行分子对接过程,-R指定受体处理后的pdb文件-L指定配体处理后的pdb文件,-o指定zdock程序的输出文件名
使用create.pl从zdock程序的输出攵件中提起受体和配体复合物的结构。
在使用mark_sur过程在注意uniCHARMM和mark_sur要在同一个目录下在使用zdock的时候receptor_m.pdb和ligand_m.pdb要在同一个目录下。总体来说就是解压出來的文件和受体、配体分子的pdb文件都要在同一个目录下同时处理过程的文件也会产生在同一个文件夹下面。
加载中请稍候......
这个确实很专业zdock设置是不是有問题
我用的是网页版的zdock,这个就和设置无关了看来得重做了额呵呵
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