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副参谋长（一至二位，上校）
政治作战部（主任少将；副主任，上校）
督察室（督察长上校；副督察长，上校）
人事军务处（处长上校）
共计5502人，其中配属陆海空军三军约3000人
宪兵训练中心（校区：五股校本部、林口分校）（校长，上校）
宪兵指挥部刑事鉴识中心
宪兵特勤队（MPSSC五股山区）
宪兵二0二指挥部（指挥官，少将）
宪兵二0三指挥部（指挥官上校）
宪兵二0四指挥部（指挥官，上校）
宪兵二0五指挥部（指挥官上校）
第6、8、10军团宪兵连
金门、马祖、澎湖、花东防卫部宪兵排
海军陆戰队基地警卫一营
海军陆战队基地警卫二营
空军宪兵第1～12中队
“国防部”军法司台南监狱（军事监狱）
台南军事监狱宪兵连（由宪兵队轮調）
“国防部军法司”新店监狱（军事监狱）
新店军事监狱宪兵连（由宪兵队轮调）
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第五任 1954年9月1日－1955年9月1日 罗友伦中将
第十一任 1972年7月1日－1974年1月26日 罗扬鞭中将
第十四任 1978年9月－1984年6月30日 刘罄敌中将
第十五任 1984年7月1日－1985年4月30日 柏隆鑎中将
第十六任 1985年5月1日－1989年12月4日 周仲南中将
第十八任 1992年8月1日─1996年6月30日 曹文生中将
第十九任 1996年7月1日─1998年3月31日 王诣典中将
第二十任 1998年4月1日─2001年8月31日 杨雨村中将
代理职 2001年9月1日－2002年2月16日 邱忠男中将 代理司令
第廿三任 2006年4月1日－2007年5月31日 卢台生中将
第廿四任 2007年6月1日－2009年5月31日 何雍坚中将
第廿五任 2009年6月1日－2011年5月16日 李翔宙中将
代理职 2011年5月17日－2011年6月30日 高耀斌中将 代理司令
第廿六任 2011年7月1日－2012年3月31日 张庆翔中将
2、宪兵指挥官宪兵总主官军阶（二星中将）不变，但军职位名称改变为指挥官：
第一任 2013年1月1日－2015年9月30日 吴应平中将 原宪兵司令张镇改称为指挥官。
第二任 2015年9月30日至今 许昌中将
宪兵202指挥部（台北宪兵队）（指挥官少将）
地址：台北市中正区中华路一段六十二号
勤支连（指挥部直属單位）
特种车辆连（指挥部直属单位）
宪兵211营（勤务排，4个宪兵连）成立于1956年12月1日，担任“总统府”警卫任务由于211营的勤务范围包括“总统府”前、府内、府后以及“国防部”博爱大楼，又要维持一个连下基地整训所以第五个连固定由229营第四连支援。
宪兵229营（勤务排4个宪兵连），营部在台北市士林区东吴大学旁边担任“国防部”和其它高参单位警卫。其中担任第4连为“总统府”警卫支援任务
宪兵332营（勤务排，4个宪兵连）担任“总统”、“副总统”官邸警卫任务。
宪兵装步239营（勤务排4个装甲宪兵连），
宪兵炮兵228营（勤务排3個120迫击炮连）
台北宪兵队（台北市中正区中华路一段）
士林宪兵队（台北市士林区文林路）
新北市宪兵队（新北市板桥区民生路一段）
苗栗宪兵队（苗栗县苗栗市为公路）
宪兵203指挥部（台中宪兵队）（指挥官，上校）
地址：台中市东区南京路一二一号
勤支连（指挥部直属单位）
特种车辆连（指挥部直属单位）
台中宪兵队（台中市南区爱国街）
彰化宪兵队（彰化县彰化市卦山路）
南投宪兵队（南投县南投市南崗一路）
云林宪兵队（云林县斗六市公正街）
嘉义宪兵队（嘉义市西区垂阳路）
宪兵204指挥部（高雄宪兵队）（指挥官上校）
地址：高雄市前金区六合二路217号
勤支连（指挥部直属单位）
特种车辆连（指挥部直属单位）
台南宪兵队（台南市东区小东路）
高雄宪兵队（高雄市前金区六合二路）
屏东宪兵队（屏东县屏东市信义路）
澎湖宪兵队（澎湖县马公市明远路）
金门宪兵队（金门县金城镇民生路）
宪兵205指挥部（指挥官，上校）
地址：宪兵205指挥部（板桥宪兵队）板桥市民生路一段三十二号
勤支连（指挥部直属单位）
特种车辆连（指挥部直属单位）
基隆宪兵队（基隆市中正区义一路）
桃园宪兵队（桃园市八德区兴丰路）
新竹宪兵队（新竹市建功一路）
宜兰宪兵队（宜兰县员山乡复興路)
马祖宪兵队（连江县南竿乡马祖村）
花莲宪兵队（花莲县花莲市中正路）
台东宪兵队（台东县台东市博爱路）
