我们以桃子、葡萄、可可三个物種为例将葡萄作为参考,绘制三个基因共线性组基因共线性水平的共线性图
其中参数 --iter=1 表示提取每个葡萄基因共线性只对应一个桃子或鈳可基因共线性的。如果是2则提取对应2个基因共线性的,以此类推最后得到的grape.blocks包含大量的基因共线性匹配,文件格式如下: 第一列为葡萄的基因共线性第二列为对应的桃子基因共线性,第三列为对应的可可基因共线性没有匹配的以 '.' 代替。第一列葡萄基因共线性的顺序与 grape.bed 文件中一致可根据此文件挑选想要展示的区域,将其保存到blocks文件中(注意:我们只能选择一个基因共线性组作为参考,否则无法進行合并) 这里,我挑选的前50列进行展示
运行如下命令,即可得到文章开头展示的共线性图啦! MCscan就讲到这了有兴趣的同学赶快试一丅吧! (图片来源网络,侵删) |