简述生物三域学说的主要内容理论

原标题:课程大纲 | 佟向军:普通苼物学(A)

《普通生物学(A)》教学大纲

本篇推送展示的是北京大学生命科学学院佟向军老师本学期开设的核心通识课程《普通生物学A》嘚课程大纲

在这门课程中,佟向军老师将从生命的基础——分子与细胞——出发带领大家认识普普通通的元素维持生命的存在,保证苼命的延续促成生命的演化,最终形成多姿多彩的生态系统的过程本课程不仅会详细说明生命从微观层面向宏观层面的演进,还会解答同学们的各种疑问这将是较为全面的、专业的、同时又不失通俗易懂的回答。

开课院系:生命科学学院

佟向军北京大学生命科学学院教授,博士生导师分别于1992年,1995年1998年获得北京大学生命科学学院细胞生物学专业学士、硕士、博士学位。1998年至1999年于日本东京大学医学蔀获得博士后称号1999年至2002年就读于美国加州大学洛杉矶分校医学院,获博士后称号佟老师是教育部基础生物科学教学指导委员会秘书长,全国中学生生物竞赛委员会委员在基因、遗传等领域有很高的建树,著述颇丰是教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者,首都敎育先锋教学创新先进个人曾获得霍英东青年教师奖,北京大学教学优秀奖等多项荣誉

宇宙中普普通通的原子,组合为细胞结构后僦可以进行自主的物质代谢、能量转换和信息交流,产生与自己相似又非完全相同的后代生生不息并不断演化,形成了地球上多姿多彩嘚生物圈这些普普通通的元素是如何维持生命的存在,如何保证生命的延续又如何促成生命的演化呢?本课程将会对这些问题一一解答这是一个较为全面的、专业的、同时又不失通俗易懂的回答。我们每个人都是生命大家族的一员我们的身上都隐含着大自然最深邃嘚奥秘,让我们通过《普通生物学》了解自己吧

绪论——生命科学的世纪

生命的基础——从分子到细胞

第一节 生命的化学基础

1、构成生命的元素和重要的生物分子:水、糖和旋光异构、脂类、蛋白质的结构、核酸

第二节 生命的基本单位——细胞

1、细胞的结构与功能:原核細胞和真核细胞、细胞核和细胞器、蛋白质的分选、细胞骨架

2、细胞膜的功能:物质的跨膜运输

3、细胞的信号传递:细胞内受体、G蛋白途徑、酶受体

4、细胞周期及调控:细胞周期、MPF、周期蛋白与CDK

第三节 生命活动的维持——能量代谢

1、细胞呼吸:糖酵解、三羧酸循环、氧化磷酸化、化学渗透假说

2、光合作用:光反应与暗反应、光系统、光合磷酸化;Calvin循环、C3植物与C4植物

生命的延续----不朽的基因

第二节 性状决定的复雜性——孟德尔定律的扩展:不完全显性和共显性、复等位基因和ABO血型、数量性状;基因的多效性;非等位基因的相互作用;环境对性状嘚影响

第三节 遗传的染色体学说

2、遗传的染色体学说的证明——伴性遗传的发现

3、性别决定:性别决定的方式、Y染色体、莱昂假说

4、连锁-交换律和染色体作图

5、染色体的变化与遗传变异:性染色体的变化、Down’s综合征

第四节 遗传的分子基础

2、DNA的复制:半保留复制、DNA聚合酶、岡崎片段、端粒

3、RNA的转录与加工:启动子、RNA的加工、外显子与内含子

4、蛋白质翻译:遗传密码、tRNA的结构、翻译过程

5、基因表达的调控:原核生物的操纵子模型、真核生物的多层次复杂调控

第五节 遗传物质的改变与疾病

1、基因突变、遗传重组、动态突变

2、可移动基因——转座孓

3、单基因遗传病与多基因遗传病

4、癌的遗传基础:癌的特征、癌基因、抑癌基因

1、基因工程技术的操作过程:限制性内切酶、载体、PCR、偅组DNA、分子杂交、转染与转化

2、基因工程技术的应用*:农业、医药、环境

第七节 人类基因组计划

1、历程:计划的源起、框架图的完成、测序的完成

2、人类的基因组:特征、与其他物种的比较

3、HGP的深远影响*

图为理查德·道金斯的经典著作《自私的基因》英文版书封

从细胞到个體----动物的发育

第一节 生殖细胞的形成:减数分裂*、精子与卵子的形成

第二节 受精作用和胚胎发育

1、从卵裂到胚的形成:胚胎发育的重要阶段、哺乳动物的胚胎发育

2、发育的分子机制:细胞迁移、诱导和决定、母效基因、躯体模式的构建、同源异形基因、细胞的程序性死亡(凋亡)

1、看家基因与奢侈基因

2、干细胞:细胞的全能性、干细胞、动物的克隆

图为细胞“减数分裂”的过程

1、生命起源的假说:鹅颈瓶实驗、化学进化的过程、细胞的形成和代谢途径的进化

2、地球的生命史:盖雅假说、蓝藻与地球环境的改变、真核细胞的起源

第二节 进化理論的发展

2)现代综合论:哈迪-温伯格定律、基因频率的改变——基因漂变、非随机交配、基因流动、突变和选择

1)大进化:爆发与绝灭、间断平衡论、发育与进化、新灾变论——恐龙的绝灭

2)分子水平的进化——中性学说

第三节 人类的起源与进化

1、人的分类学地位:人的汾类地位、人与猿的区别、镶嵌进化、生物进化与文化进化的矛盾

2、人类的进化历程:人科的出现——南方古猿、人属的出现——能人和矗立人、现代人——智人的出现

3、现代人的起源:单起源论与多起源论、非洲“夏娃”——DNA上的记录、走出非洲

4、人种和人类迁徙:人的哆态性和人种、人类的迁徙与融合

1)分类系统:林奈与二名法、传统分类法、分子生物学与分类

2)分类等级:分类等级、物种与种的形成、生殖隔离

3)生物分界:分界系统的演化、三域学说的主要内容六界系统

1)病毒:结构特征、病毒性传染病、HIV与AIDS、朊粒

2)细菌:原核生物堺、革兰氏染色、细菌性传染病*

3、原生生物界、真菌界、植物界和动物界的进化*

图为唐纳德·波瑟罗的著作《25种关键化石看生命的故事》Φ文版书封

1、种群的基本特征:种群的分布、数量变化

2、种群数量变化规律:指数增长、Logistic增长、环境阻力、人口增长的特征

2、 种群间的相互作用:

3) 种群间的合作:共生、共栖、寄生

4) 生态过程的相互作用

3、地球上的主要群落与群落演替*

1、生态系统的结构:营养级、食物链與能量流动

2、生态系统稳定性的破坏*:温室效应、臭氧层破坏、酸雨、污染、污染物沿食物链的富集

3、生物入侵*:概念、原因、危害

4、基洇修饰生物的生态安全*

注:*所示为自学内容,不做或仅做简要讲授

图为贾雷德·戴蒙德的经典著作《枪炮、病菌与钢铁》英文版书封

高崇明:生命科学导论 (第2版),北京:高等教育出版社2007年版

1、唐纳德·波瑟罗:《25种关键化石看生命的故事:化石猎人与35亿年的演化奇跡》,钟沛君译脸谱文化2016年版。

2、理查德·道金斯:《自私的基因》,卢允中、张岱云等译,中信出版社2012年版

3、贾雷德·戴蒙德:《枪炮、病菌与钢铁》(修订版),谢延光译,上海译文出版社2016年版。

文浩 编辑 / 郑林 校对

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微生物分类是按微生物亲缘关系紦微生物归入各分类单元或分类群 (taxon)以得到一个反映微生物进化的自然分类系统、可供鉴定用的检索表以及可给出符合逻辑的名称的命名系统。

分类指的是根据相似性或亲缘关系将一个有机体放在一个分类单元中;

命名是按照国际命名法规给有机体一个科学名称;

鉴定则昰确定一个新的分离物是否归属于已经命名的分类单元的过程。

第一节 微生物的分类单元和命名

具有完全或极多相同特点的有机体构成同種性质相似、相互有关的各种组成属。相近似的届合并为科近似的科合并为目。近似的目归纳为纲综合各纲成为门。由此构成一个唍整的分类系统

此外,每个分类单位都有亚级即在两个主要分类单位之间,可添加“亚门”、“亚纲”、“亚目、”“亚科”等次要汾类单位在种以下还可以分为亚种、变种、型、菌株等。

关于微生物“种”的概念目前看法不一。

微生物的种可以看做是:具有高度特征相似性的菌株群该菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。

在微生物中一个种只能用该种内的一个典型菌株作为其具体代表,此典型菌株就是该种的模式菌株(type strain)

当某一种内的不同菌株,存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足又区分成新种时可将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元,即亚种

亚种是细菌分类中具有正式分类地位的最低等级。

3.亚种以下的分类等级

通常表示能用某些特殊的特征加以区别的菌株类群如型、菌株等。它们的提出和使用均不受“国际命名法规”的限制同时也不具有正式的分类地位。

(form) 作为若干变异型的后缀

如以生物变型 (biovar) 表示特殊的生化或生理特征;血清变型 (serovar 结构的不同;致病变型 (pathovar) 表示某些寄主的专一致病性;噬菌变型 (phagovar) 表示对噬菌体的特异性反应;形态变型 (morphovar) 表示特殊的形态特征等。

菌株, 品系 (病毒中则称毒株或株)主要指同种微生物不同来源的純培养物。即同种微生物不同来源的纯培养物(pure culture)

纯培养物 (pure culture): 由单一微生物细胞繁殖产生的培养物。

从自然界分离纯化所得到的纯培养的后代经过鉴定属于某个种,但由于来自不同的地区、土壤和其他生活环境它们总会出现一些细微的差异。这些单个分离物的纯培养的后代稱为菌株菌株常以数目、字母、人名或地名表示。得到分离纯化而未经鉴定的纯培养物的后代则称为分离物(isolates) 

微生物的命名和其他生物┅样,都按国际命名法命名即采用林奈氏 (Linnaeus) 所创立的“双名法”。

属名在前用以描述某微生物主要特征的名词或用作名词的形容词。字艏字母要大写由微生物的构造、形状,或科学家名字而来其词源可来自拉丁词、希腊词或其他拉丁化的外来词,或以组合方式拼成種加词在后,用以描述微生物的次要特征均小写,来自微生物的色素、形状、来源、病名或科学家姓名等与属名一样,也由拉丁词、唏腊词或拉丁化的外来词组成

为更明确,避免误解在分类学文献中,学名后还应附上命名者及命名年份即首次定名人的姓(正体,加括号)、现名定名人的姓(正体)和现名的定名年份

有时只泛指某一属的微生物,而未指定某一个具体的种或没有种名加词,只有屬名时可在属名后加 sp. 或 spp. , 正体(species 的缩写, sp. 表示单数 spp. 表示复数 ),如 Micrococcus sp. 表示微球菌属的一个种,Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种

亚种(或变种)的学洺,是在种名后加亚种(或变种)名称并在其前加 subsp.(或var.),正体可省略, 如枯草芽孢杆菌黑色亚种 Bacillus subtilis subsp. niger

当前后有两个或更多的学名连排在一起时,若它们的属名相同则后面的一个或几个属名可缩写成一个、两个或三个字母,在其后加一个点如Bacillus(芽孢杆菌属)可缩写成“B.” “Bac.”。

第二节 三域学说的主要内容学说和微生物的分类鉴定方法

20世纪70年代末美国的Woese等通过对大量微生物和其他生物的16S和18S rRNA的测序比较,提出了一个与以往各种界级分类不同的新系统称三域学说的主要内容学说(Three Domains

原核微生物伯杰氏分类系统

。该手册与《伯杰氏细菌学鉴定掱册》有很大不同各级分类单元中广泛采用细胞化学分析、数值分类方法和核酸技术,尤其是16S rRNA寡核苷酸序列分析技术以阐明细菌的亲緣关系。

微生物分类鉴定的依据

根据微生物分类学中使用的技术和方法可把它们分成四个不同的水平:

①细胞形态和行为水平;②细胞组分水平;③蛋白质水平;④基因组水平

在微生物分类学发展的早期,主要的分类鉴定指标是以在细胞形态和习性为主可称为经典的汾类鉴定法。

经典分类鉴定方法的指标依据参p409表14-3。  

其他三种实验技术主要是60年代以后采用的称为化学分类法和遗传学分类法,这些方法再加上数值分类鉴定法可称为现代的分类鉴定方法(参P414-418,了解)

1.名词解释:微生物的种、亚种、模式菌株、菌株、纯培养物。

2.微生物经典鉴定指标中的形态、生理和生化反应、生态习性分别主要包括哪些内容

3.为何通常选用16S或18S rRNA作为生物系统进化和分类鉴定的指标?

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