2005年Tettelin等人提出了微生物什么是泛基因组组概念（，pan源自希腊语‘παν’全部的意思），什么是泛基因组组即某一物种全部基因的总称包括核心基因组（core ），在所有菌株中都存在的基因；以及非必须基因组(dispensable genome) 在部分菌株中存在的基因。在实际研究中有时候，什么是泛基因组组也可以分成核心基因组（茬所有菌株中都存在的基因）、非必须基因组（在2个以及2个以上的菌株中存在的基因）以及菌株特有基因（strains-specific  gene，仅在某一个菌株中存在的基因）

根据物种的什么是泛基因组组大小与菌株数目的关系，将物种的什么是泛基因组组分为开放型什么是泛基因组组（open）和闭合型什麼是泛基因组组（close）开放型的什么是泛基因组组是指，随着测序的基因组数目的增加物种的什么是泛基因组组大小也不断增加。闭合性的什么是泛基因组组是指随着测序的基因组数目增加，物种的什么是泛基因组组大小增加到一定的程度后收敛于某一值