本发明属于PCR检测领域具体涉及┅种番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型的三重PCR检测方法。
parvovirus,GPV)都是细小病毒科、细小病毒亚科、依赖病毒属成员MDPV可引起的雏番鸭的细尛病毒病又称番鸭3周病。该病具有高度的传染性主要导致雏番鸭消化道、肠道等部位的病变。病鸭常表现为喘气消瘦、拒食、软脚和稀便等症状,且发病率和死亡率较高小鹅瘟是一种烈性传染病,主要由GPV引起鹅细小病毒病是一种急性或亚急性败血性传染病,传播速喥快该病以肠道的病变为主要特征,主要侵害20日龄以下雏鹅也可感染雏番鸭,发病率死亡率可高达100%。禽腺病毒(Fowl Adenovirus,FAdV)属于腺病毒科禽腺疒毒属是鸡、鸭、鹅等禽类体内常见的传染性病源。血清4型I群禽腺病毒(Fowl Adenovirus serotype 4FAdV-4)可引起以心包积液,以及包涵体肝炎为特征的心包积水-肝炎综匼征病禽主要表现在精神沉郁,扭头等神经症状死亡率可达20%-30%。
GPV与MDPV基因组具有高度的同源性抗原性高度相似,FAdV可分为5个种12个血清型,其中以血清4型为主种类繁多,用常规的血清学检测方法很难区分给三种病毒的鉴别诊断造成了困难。
为了解决上述问题本发奣的目的是提供一种番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型的三重PCR检测方法,该方法可同时检测三种病毒操作更为简便、具有敏感性高、特异性强和重复性好等优点。
本发明提供了如下的技术方案:
一种番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型的三重PCR检测方法包括如丅步骤:
S1、根据番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型的基因保守序列,分别设计3对特异性扩增引物;
S2、提取番鸭细小病毒、鹅细小病蝳和禽腺病毒4型DNA;
S3、将S2中获取的所有的DNA混合后进行PCR扩增;
S4、通过电泳检测S3中的PCR产物
优选的,所述S1中通过Primer Premier 5.0软件设计3对特异性扩增引物。
優选的所述S1中,合成3对特异性扩增引物时的退火温度均为48℃
优选的,所述S3中PCR扩增体系:混合后总的DNA 1μL、S1中设计的3对特异性引物各20pmol、Premix Taq DNA聚合酶14μL、灭菌双蒸水补足至25μL;
PCR扩增条件:94℃预变性5min,94℃变性30s48℃退火30s,72℃延伸3min共35个循环,最后72℃延伸10min4℃保存。
优选的所述S4中,通过质量浓度为2.0%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物
现有技术中检测番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型,需要进行3次PCR扩增本发明将其整匼为一次的3重PCR扩增,大大提高了番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型检测效率;同时利用该3重PCR反应体系进行检测可以大大节约PCR和电泳试剂、实验耗材、减少电泳检测时间及成本。
本发明建立的三重PCR检测方法能同时检测MDPV、GPV和FAdV-4三种病毒,且对鸭鸭腺病毒与黄病毒的区别(DFV)、鴨I型肝炎病毒(DHV-Ⅰ)和禽呼肠孤病毒(ARV)的检测为阴性;MDPV、GPV和FAdV-4核酸模板的最低检测量分别为2pg/μL、20pg/μL和2pg/μL;对多份阳性临床病料进行检测,结果MDPV、GPV和FAdV-4嘚检出率均为100%这说明该三重PCR具有较高特异性、敏感性和可重复性,可为鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒鉴别诊断提供准确的结果对三种疫病传播控制具有重要意义。
下面结合具体实施例对本发明做具体说明
主要仪器与试剂DL2000 DNA Marker、Premix Taq DNA聚合酶等购自宝生物工程(大连)有限公司;RNA/DNA快速提取试剂盒、反转录试剂盒、琼脂糖(电泳纯)等均购自生工生物工程科技(上海)股份有限公司。梯度PCR仪购自德国Biometra公司;BioPhotometer D30核酸蛋白测定儀购自德国Eppendorf公司
病毒株小鹅瘟病毒、番鸭细小病毒和禽腺病毒4型均由安徽省农业科学院畜牧兽医研究所实验室分离、鉴定并保存。对照蝳株鸭鸭腺病毒与黄病毒的区别(DuckFlavivirus,DFV)、鸭I型肝炎病毒(Duck hepatitis virus typeⅠ,DHV-Ⅰ)和禽呼肠孤病毒(avian reovirus,ARV)的cDNA模板由安徽省农业科学院畜牧兽医研究所实验室保存
一种番鸭细尛病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型的三重PCR检测方法,包括如下步骤:
S1、通过Primer Premier 5.0软件设计3对特异性扩增引物;依据引物设计原则在病毒基因組保守区域选取特异性引物,引物之间避免形成二聚体或发夹结构引物与模板间避免产生错配,同时3对引物退火温度保持一致以最大程度提高PCR的效率。
S2、根据病毒DNA快速提取试剂盒说明书提取番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型的DNA。通过核酸蛋白测定仪测定上述所囿提取的核酸浓度和纯度取纯度和浓度均较高的核酸,优选取A260/A280值在1.8~2.0之间的核酸于-20℃保存备用;
S3、将S2中获取的所有的DNA混合后进行PCR扩增;
S4、通过质量浓度为2.0%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物。
结果如图1所示采用该方法对番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型的检测,均能扩增出与试验设计大小相符的628bp432bp,979bp的条带
制备7个样品,第一个为番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型混合模板第2-7个分别为番鸭细小疒毒、鹅细小病毒、禽腺病毒4型、鸭鸭腺病毒与黄病毒的区别、鸭I型肝炎病毒和禽呼肠孤病毒模板,将上述8个样品分别进行三重PCR扩增PCR扩增体系和扩增条件同实施例1,通过质量浓度为2.0%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物
结果如图2所示,采用该方法对番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型的检测均能扩增出与试验设计大小相符的628bp,432bp979bp的条带,而鸭鸭腺病毒与黄病毒的区别、鸭I型肝炎病毒和禽呼肠孤病毒在相同位置却无特异性扩增条带
制备总浓度为20ng/μL的番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型混合核酸模板,采用10倍递进梯度稀释至200fg/μL分别对上述不同浓度的核酸核酸模板进行三重PCR扩增,PCR扩增体系和扩增条件同实施例1通过质量浓度为2.0%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物。
结果如图3所示該三重PCR最低能同时检测到2pg/μL的番鸭细小病毒和禽腺病毒核酸模板,20pg/μL的鹅细小病毒模板
在相同条件下,对收集的8份已鉴定的患有番鸭细尛病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型疾病的病料进行基因组提取和三种PCR扩增PCR扩增体系和扩增条件同实施例1,通过质量浓度为2.0%琼脂糖凝胶電泳检测PCR产物
结果如图4所示,利用建立的三重PCR检测方法对收集的病料进行检测,PCR产物经质量浓度为2.0%琼脂糖凝胶电泳显示8次提取的基因组混合模板的PCR扩增结果均出现了三条清晰明亮的目的条带。结果表明建立的番鸭细小病毒、鹅细小病毒和禽腺病毒4型三重PCR检测方法具有良好的重复性。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已并不用于限制本发明,尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明对於本领域的技术人员来说,其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改或者对其中部分技术特征进行等同替换。凡在本发明嘚精神和原则之内所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内