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而成主链有二条,它们似麻花状绕一共同轴心以右手方向盘旋, 相互平行而走向相反形成双螺旋构型。主链处于螺旋的外则,这正好解释了由糖和磷酸构成的主链的亲水性 所谓双螺旋就是针对二条主链的形状而言的。 (2)碱基对(base pair)：碱基位于螺旋的内则,它们以垂直于螺旋轴的取向通过糖苷鍵与主链糖基相连同一平面的碱基在二条主链间形成碱基对。配对碱基总是A与T和G与C碱基对以氢键维系，A与T 间形成两个氢键 DNA结构中的堿基对与Chatgaff的发现正好相符。从立体化学的角度看,只有嘌呤与嘧啶间配对才能满足螺旋对于碱基对空间的要求, 而这二种碱基对的几何大小又┿分相近,具备了形成氢键的适宜键长和键角条件 每对碱基处于各自自身的平面上，但螺旋周期内的各碱基对平面的取向均不同碱基对具有二次旋转对称性的特征，即碱基旋转180°并不影响双螺旋的对称性。 也就是说双螺旋结构在满足二条链碱基互补的前提下，DNA的一级结构產并不受限制这一特征能很好的阐明DNA作为遗传信息载体在生物界的普遍意义。 (3)大沟和小沟：大沟和小沟分别指双螺旋表面凹下去的较大溝槽和较小沟槽小沟位于双螺旋的互补链之间,而大沟位于相毗邻的双股之间。这是由于连接于两条主链糖基上的配对碱基并非直接相对, 從而使得在主链间沿螺旋形成空隙不等的大沟和小沟 在大沟和小沟内的碱基对中的N 和O 原子朝向分子表面。 (4)结构参数：螺旋直径2nm；螺旋周期包含10对碱基；螺距3.4nm；相邻碱基对平面的间距0.34nm
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