如何将guassview中计算得到的拉曼谱图和红外和拉曼谱图的数据导出来，导成TXT格式的

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2012-05-26 14:16 标签： 红外和拉曼
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阿司匹林红外和拉曼光谱研究
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Gaussian03GaussView在红外光谱教学中的应用
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采用MD方法 算某一体系的红外光谱
如题：怎么采用MD方法 算某一体系的红外光谱 。
假如，我模拟的某一个溶剂体系。采用什么样的方法求的 这种溶剂分子的光谱？
计算的原理是什么？
我接触分子模拟不久，希望高手给指导下。不胜感激！！！
若金币不够，我可以再加！！！！
您好，大侠。看了您的帖子，我茅塞顿开，但是我有一点不大明白：
M是体系总偶极距， 是体系总偶极距的自相关函数。这个 什么意思，角括号代表什么含义？ 不胜感激！！
收益匪浅。我有以下两个表述，不知道对不对，请教。
（1） BOMD和CPMD都可以得到偶极随时间的变化？
CPMD软件可以算CP动力学，也可以算BO动力学，结果应该是相近的吧？
（2）光是电磁波，它与物质振动之间能量传递有两个条件：振动频率一致，振动结构有偶极变化。如果这种振动的频率落在红外波数，就是红外光谱。不是所有声子都有偶极变化，所以不是所有振动都有光学响应。
如果通过CPMD软件的BO-/CP-动力学都能得到红外光谱，那是否可以通过VASP软件实现的BO-动力学得到红外光谱呢？
VASP-BOMD与CPMD-BOMD在计算结果上应该是等效的？
（1） Agree。BO与CP只是计算波函数（从而计算原子受力）的方式不同，但是可以认为两种方法得到的动力学结果是等价的。
（2） Agree。红外选律强调红外吸收的前提是存在偶极变化的振动。我们通过MD和总偶极的分解去模拟红外光谱，自然是符合这个选律的。
当然可以。cp2k, quantum-espresso都可以做MD红外光谱。只要这个第一原理软件支持MD和计算每一步的总偶极距即可。剩下的就可以用Fourier transform的小脚本处理一下即可得到红外光谱。
需要指出的，MD红外光谱的波形（位置，峰高和峰宽）与键之间的强度有关，与所计算的偶极距的准确程度相关。对于平面波凝聚态盒子体系，直到berry phase方法（modern polarization theory）出现以后才解决了这个问题。文献中给出的波形都比较合理。现在我在做的一项工作是对其准确程度给一个定性或定量的描述。
那么，VASP还有一种算Gamma点谐振近似得到频率的方法，比如算OH在金属氧化物表面吸附结构的谐振频率，这个数据对应红外谱上若干的峰位，但没有峰高、峰宽，也不能连成连续的光谱。
请问这种计算是否能通过某种方法变成连续的红外光谱？
非常感谢你的回复！
你说的是正则分析得到的谐振频率。这是最经常用的一种计算红外光谱的方法，特别是用Gaussian计算分子和分子簇的红外光谱。VASP谐振频率计算原理和gaussian中完全一样。都是通过hessian矩阵变换得到频率。其峰高，即吸收强度，与某正则振动模式qi导致的偶极µ变化的平方成正比，
Ai = NA*pi/(3*c^2) * (∂µ/∂qi)^2
ref: JPC 92, 1739
大多数平面波code都不计算吸收强度，原因不清楚。可能是计算不准确，也可能是因为developer并不关心这个强度。不管怎样，需要自己按照上述公式去计算这个强度即可。
得到频率和强度，你就可以得到线光谱，没有峰宽，这是因为简谐频率计算计算的是0点下的振动，所以不存在broadening,即展宽。怎么展宽呢？下面是我的一篇blog：《高斯展宽，洛伦慈展宽，Voigt展宽的fortran code》(/xijunw/item/2b581b1ad4f463fd746a841c)
"展宽，是对量子化学计算出来的分子的线性光谱（红外，拉曼等）展开成带状峰。这是一种经验处理，只是为了视觉上更接近于实验得到的光谱。既然实验得到的是带状光谱，那为什么量子化学计算得到是线性光谱呢？原因很简单，量子化学计算的气相分子在0K下的振动光谱，是在势能面的最低点根据二次简谐近似得到的振动频率。这个频率-吸收强度数据对，体现到谱图上就是一根线。实际的光谱总是在一定的温度下的凝聚相（固体或液体）下的振动光谱，它是极大量分子（～Na, 10^23）的平均结果，每个分子都具有大小不同的能量，处于不断运动、碰撞中，分布在各种激发态能级中。这些都会或多或少地改变其指定模式的振动频率，使得它们或大或小，按照一定的概率分布在特征频率的两侧，形成峰带。展宽是多种效应的总和效果。"
"按照量子电动力学，这些展宽效应分为两类：非均展宽，和均匀展宽。这个均和非均，并非是指展宽的峰形是否对称，而是指效应本身是否对所有的分子造成的后果是否一样。比如，杂质效应(dopant effect)，是指分子受到其中混杂的少量异种分子的作用后能级的变化。这种效应必然随着与杂质分子的距离而变化，因而属于非均展宽。然而，如果是分子在体系压力下造成的能级变化，那么对于所有的分子来说，振动频率受到影响的机会是均等的，因而属于均匀展宽。另外一个均匀展宽的例子是多普勒效应，即高速向你运动的物体，测得的频率会升高，而远离你的物体，频率会降低。非均展宽的概率分布符合gaussian分布，均匀展宽的概率分布则是Lorentzian型的。如果多种不同效应之间互相独立，则综合效果符合Voigt峰形。实际上各效应之间的耦合是不可避免的。但是Voigt展宽仍然是最符合实际的。"
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随时随地聊科研转：Raman/拉曼平整基线
作者：xieshil & 发布： 21:08
& 分类： &
阅读：3,316 浏览数 &
有时在进行/拉曼测试会出现基线的严重上漂，对于这种情况，我们可以通过扣除基线得到比较好的光谱图形。比如我所得到的活性炭的/拉曼图，由于ZnO的干扰后面出现了严重的基线向上漂移。下面我们就通过进行图形的处理使得其基线比较平整，便于下一步的数据处理，诸如分峰及强度比较等。
这里要强调的是，基线的选取对于后面的数据处理有很大的影响，所以最后多次处理，选择一个可以和其他数据相印证的基线，最好不要随便选取一个了事。
原始的Raman数据，基线非常不平整
首先在中选取/拉曼数据列做好原始图；选中图，在菜单栏中依次选取：
Peaks and Baseline — Peak Analyzer& Open
进入基线处理的处理流程图：
进入基线处理的处理流程图
Raman平整基线中的Peak Analyzer对话框
图中提供了多种Peaks的“Analyzer”方式，我们选取： Subtract
Baseline，而不是Create Baseline，具体的区别请自行体会。
Raman平整基线中的Subtract Baseline处理方式
这里提供多种的Baseline 的种类与方式，选择User
Defined。值得一提的是，这里也有XPS
Baseline的选项，也就是说可以对XPS的数据进行分峰，但我更推荐使用XPSPEAK41软件分峰，索取软件请留言。
Raman平整基线中的Baseline选项
点击Next后，这里主要是提供基线的点数，理论上讲，点数越多得到的基线越好，但是对于手动画出基线而言，没有这个必要，手动相对于平时常用的
line以及shirly等基线方式，可以说没有什么数学基础，只是想要得到比较好的基线。当然，对于line，在这里我们可以通过给出2个点得到。
Raman平整基线中的Baseline调整方法
点击Find 后就会出现“计算”得到的点分布，可以与自己“认为”的基线相比较，增减点的数目，或者在下一步中直接增减也可。
所要强调的是，没两个点间用直线连接得到基线。
Raman平整基线中的Baseline基点选取方式
这里可以可以选择对上一步的基线进行微调。
Raman平整基线中的Baseline基点调整方式
点击Add或者Modify/Del后出现下图。
首先点击其中的一个点，变成如图中所示的十字形后可以通过键盘上的方向键对点进行上下移动，后者使用键盘上的Del键删除其中某个点；增加点，首先点击上图中的Add，然后双击图中你认为应该用点的地方即可。
Raman平整基线中的Baseline基点调整方式
至此结束。得到下图。
Raman基线平整后效果
下次是origin分峰和计算峰面积。

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