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DNA和蛋白质序列数据分析工具-(第三版)
出版日期：2012-06
字数：475250
开本：小16开
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商品问答(0)The expressions of rhodopsin, GFAP, vimentin and VEGF in the non CNV retina after PDT were studied with immunohistochemistry and in situ hybridization at 1,2,3 and 6 month and compared with control groups.的翻译是:rhodopsin的表达方式,《和平协定》,vimentin和种叫做vegf在非cnv视网膜后immunohistochemistrypdt进行研究,并在1、2、3和6月在原地杂交育种,与控制组。5. Chip electronic commerce (CEC). System structure of CEC is discussed and the cardholder system, the interface of EMV and SET, is studied. Two feasible implemented schemes are put forward and properties of them are compared.的翻译是:5。 芯片电子商务(cec)。 cec是系统结构的讨论和持卡人系统,则该界面的emv和设置,是研究。 采用的方案是两个可行的他们提出和属性进行比较。According to the results calculated by FEM, the effects on stresses with and without the ear of anchor block were compared and discussed, and the different interface modelings between the bottom of anchor block and pier were summarized.的翻译是:根据计算出的结果,顶多,强调在有无影响耳的锚定块等都作了比较和讨论的方式,和不同的接口之间modelings底部的锚定总结了块和码头。2. Mean CRP value was significantly higher in patients with CAD, compared to those without CAD (0.72?.64 mg/dl vs 0.28?.26 mg/dl, P&0.001). By multivariate analysis, it retained statistical significance (P=0.03).的翻译是:2。 crp值意味着较高的患者也明显与cad,而那些没有cad(0.72.64”mg/dlvs0.28°。26mg/dl,p&0.001)。 多变量的分析,它保留统计意义(p=0.03)。The best effect was 30 kg/hm2 of PAM applying, the reduction range of sandy particle content was improved 6.95~11.29 percentages and the increasing range of clay particle was improved 6.91~12.54 percentages compared with control.的翻译是:最大的作用是30kg/hm2的pam应用,减少了内容范围的沙质粒子的百分比和提高6.95~11.29日益广泛的粘土粒子是百分比提高了6.91元~12.54牋牋牋比控制。But when A549 cells were cocultured with activated macrophages, the DNA content of A549 cells decreased and the number of A549 cells with less DNA content increased. The difference was significant as compared with the control (P&0.05).的翻译是:但是,当一个549细胞,激活coculturedmacrophages、dna含量的减少,549细胞的数量较少的549细胞dna含量增加。 这种差异是比较显著的控制(p&0.05)。Results Compared with the control,leukocyte,LRC,the scores of tubules,IL 1,IL 8 and IL 6 began to increase from 2 h post asphyxia and reached the peak at 24 h post asphyxia.的翻译是:结果与控制相比,白细胞,法改会,几十次的和肾元,金正日1,il8和il6开始增加从2小时开机自检时的峰值达到窒息,窒息24h开机自检。Firstly, this article analysed the architecture of tms320c54x DSP, including center process unit (CPU), bus structrue, instruction system, addressing modes and on-chip peripherals, and compared it with the general-purpose processor.的翻译是:第一,这篇文章分析了该架构的tms320c54xdsp(包括中心处理装置(cpu)、总线structrue、指令系统、寻址模式和更高的片上外设,并对其进行了比较它与一般的通用处理器。The chromatograph working station was compared with the traditional chromatographic data processor.Taking the analysis of VCM content in PVC resin as examples,the installation,adjustment and analysis of chromatograph working station were introduced.的翻译是:色谱仪的工作地点是比较传统的色谱数据处理器以vcm的分析内容的pvc树脂作为例子,安装、调整和分析色谱仪介绍了工作台。Then cloud motion winds are derived from these tracers and after a circumfluence analysis on the cloud motion winds, the cloud motion winds are compared with the rawinsonde winds.的翻译是:然后云风是源自这些追踪器circumfluence分析后,在云上的运动风、云风的rawinsonde相比风。Compared with blast on line (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bLAST/),the P20 gene of Osloss_like strain exhibits the highest homology with Osloss strain,they shares 93.65 % nucleotide sequence identity and 95.83 % amino acid identity.的翻译是:与气行(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/),theosloss_likep20基因的最高压力与osloss应力消除homology,他们股份93.65%95.83%核苷酸序列标识和氨基酸身份。Result: After exposure to film, we compared AOD among three groops(AD, VD and NC), showing that in plasma, β-tubulinAD& β -tubulinvo (P&0.05), β -tubulinAD& β -tubulinNC(P&0.05);的翻译是:结果:曝光之后,电影,我们还比较有三个机场启用当日groops(ad,vd和nc),其中显示,血浆中β-tubulinad&β-tubulinvo(p&0.05)、β-tubulinad&β-tubulinnc(p&0.05);To exclude the possible affect of the decrease of nasal mucosa permeability, Human serum albumin (HSA), as the criterion of the nasal mucosa permeability, was measured before and after the experiments and was compared.的翻译是:要排除的减少可能会影响鼻黏膜的渗透性、人血清白蛋白(hsa)作为标准的鼻黏膜的渗透性,之前和之后进行测量的实验和比较。It delivers a power output of a maximum power of 160 kW (218 bhp), with an increase of 33 hp compared to the production engine that equips the 207 RC.的翻译是:它提供了一个电源的输出功率为160kw的最大(218马力),惠普(hp)相比增加了33,生产发动机,配备了207rc。Results: Compared with SG, the liver in EG had the significantly decreased NHI and FI contents as well as the decreased SI contents and the increased SI/FI的翻译是:结果:与法国兴业银行,在eg的肝脏有明显地降低健保和上网内容,以及内容的减少和增加sisi/fi比率;Dynamic characteristics of DPL Q switched laser are analysed theoretically. The output parameters of electro-optically Q switched laser are compared with those of acoustic-optically Q switched laser.的翻译是:dpl动态特性的分析从理论上讲是q开关激光。 的输出参数的电控光学q开关激光是比声音的q开关激光光学。To find a way of air disinfection for burn ward, 20% acetic acid peroxide plus Cangshu smoking disinfection was used and compared it with disinfections of ultraviolet ray, Cangshu smoking and acetic acid peroxide natural volatilization in the same conditi的翻译是:找到一种方法和途径来病房空气消毒的刻录,20%的醋酸溶液加cangshu吸烟消毒是用双氧水和比较它与消毒的紫外线、吸烟和醋酸cangshu自然挥发的过氧化物的政府都相同The growth rate of tumor in mice vaccinated with FBL-3-GM-CSF was markedly slower and the survival time was dramatically longer compared with in those vaccinated with the FBL-3-vect cells,FBL-3 cells or PBS.的翻译是:在鼠标的增长率的肿瘤疫苗注射,fbl-3-gm-csf显著较慢,存活的时间比较长,在那些存在显著的fbl-3接种-vect细胞,fbl-3细胞或pbs.Compared with the pure oils,friction coefficient averagely decreases 8% when the mass fraction of Fe3O4 is 3‰,meanwhile the wearing capacity exhibits &negative abrasion” and the grinding crack is shallow.的翻译是:与纯油、摩擦系数平均跌幅在8%的大规模小部分的fe3o4是3%,另一方面能力的展品穿&负磨损”和研磨裂纹浅。faster call setup times (i.e., compared to in-band signaling using multifrequency (MF) signaling tones) because call control does not compete with voice traffic for use of the channel的翻译是:快速呼叫设置时间(即比带外信令使用多频(mf)信号音),因为呼叫控制与语音流量并不构成竞争的通道的使用
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【求助/交流】请问，有没有谁知道，如何从NCBI上批量下载一类gene的核苷酸序列？
如题，我在NCBI上面搜索一个gene，得到一千多个结果，我想把这些结果的序列下载下来，可是，有些序列的ID号里面是基因组的ID号，就是说，我下载下来的是基因组序列，而我只想要里面相应基因的序列，NCBI里面搜索结果里，有对相关基因的定位，说是从哪个位点到哪个位点，有什么软件可以达到我的要求呢！
请了解相关知识的高手解答下，不胜感激！
Are you mad?
做蓝藻分类也不需要这样啊。 Originally posted by hihoney at
Are you mad?
做蓝藻分类也不需要这样啊。 最近老板想让我做些生物信息学的东西，关于蓝藻的……我知道NCBI上面有个工具，NCBI eUtils，但是我现在还没有弄懂，希望 高手予以解答！ Originally posted by xp198766 at
如题，我在NCBI上面搜索一个gene，得到一千多个结果，我想把这些结果的序列下载下来，可是，有些序列的ID号里面是基因组的ID号，就是说，我下载下来的是基因组序列，而我只想要里面相应基因的序列，NCBI里面搜索结 ... 非常感谢楼主这么有价值的问题。 偶也想借助宝地顺便问一下怎么样使用NCBI查找已经明确的基因序列啊？谢谢！ Originally posted by 姜大磊 at
非常感谢楼主这么有价值的问题。 偶也想借助宝地顺便问一下怎么样使用NCBI查找已经明确的基因序列啊？谢谢！ 明确是怎么样明确啊？
知道序列，还是基因ID等，如果知道序列的话，直接BLAST，知道ID的话，直接去里面用ID号搜也可以啊！ Originally posted by xp198766 at
明确是怎么样明确啊？
知道序列，还是基因ID等，如果知道序列的话，直接BLAST，知道ID的话，直接去里面用ID号搜也可以啊！ 知道这个基因的名称行不行啊，比如说脂肪酶基因，纤维素基因等等，谢谢！ Originally posted by 姜大磊 at
知道这个基因的名称行不行啊，比如说脂肪酶基因，纤维素基因等等，谢谢！ 可以啊，你在NCBI里面有一个下拉列表框，里面可以选基因的，还可以用关键词搜基因呢，例如，用nitrogen搜索gene，可以找到与氮相关的基因，等等
例如这个是脂肪酶相关的基因
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=Lipase 可以用Acceryls公司的DS gene这个工具试试，它可以找分类从GenBank中搜索数据，可以自动下载，只用过破解版，感觉这个功能很不爽，现在没有用了。 上面这个两个问题，如果大家稍微分析一下，其实很简单，就是批量下载，
哈哈，我经常批量下个大数据库的海量数据，也就是3-10G 左右，关键是如何确定你要的信息。
笨方法：ＭＥＧＡ　软件，你可以直接将你的基因通过该软件进行blast，然后手工选择下载每一个基因。
如果你稍微懂一点perl, 那么就非常容易了：下面一个关于蛋白序列批量下载的例子：
已经批量下载了带有注释的Genbank文件，大概有500M，每条信息中的内容既包含蛋白序列也包含核酸序列，使用SeqVerter 等软件只能导出核酸序列的的fasta文件。
现在想把其中的氨基酸序列也批量导出来，园子里倒是查到有高手编的perl模块可以实现这样的功能，但是我对编程语言一窍不通，linux也不会用，不知有什么现成的windows软件可以直接导出蛋白序列的fasta文件。以前写的，试试，在windows的doc下应该也差不多，
#! /usr/local/bin/perl
# name: gb2pep.pl
# genbank input to pep sequences.
#usage: cat yourfile|perl gb2pep.pl
my $pep_tag = 0;
my $pep = '';
my $name = '';
my $name_tag = 0;
while () {
$name = $1 if /^LOCUS\s+(\S+)\s+/;
$name_tag = 1 && $name.= $1 if /^DEFINITION(.*)/;
$name_tag = 0 if /^ACCESSION\s+/;
$name.= " $1" if /^\s{12}(.*)/ && $name_
$pep_tag = 1 && $pep = $1&&if /^\s{21}\/translation="(\w+)/;
$pep.=$1 if /^\s{21}(\w+)/ && $pep_
if (/^\s{21}\w+"$/ && $pep_tag) {
print ">$name\n";
for (my $i = 0; $i*60 <= length $ $i++) {
print substr($pep, $i*60, 60), "\n";
$pep_tag = 0;
能编译成在windows下使用的程序吗?得益于高手“等天光的硬币”指点，实现在windows下从genbank数据包中轻松导出fasta格式的蛋白序列，非常感谢“等天光的硬币”的热心帮助！
写下这一过程与新手共享。（呵呵，未经“等天光的硬币”允许，不知会不会侵犯知识产权......）
1. 安装ActivePerl（perl for windows版本）
/ActivePerl/Windows/5.10/ActivePerl-5.10.0.1004-MSWin32-x86-287188.msi
2. 把以下横线之间的字符粘贴到记事本中，“另存为”并选择保存类型为“所有文件”，命名为gb2pep.pl，放到一个目录下（比如C:\）
______________________________________________________________________
my $pep_tag = 0;
my $pep = '';
my $name = '';
my $name_tag = 0;
open(IN,$ARGV);
while () {
$name = $1 if /^LOCUS\s+(\S+)\s+/;
$name_tag = 1 && $name.= $1 if /^DEFINITION(.*)/;
$name_tag = 0 if /^ACCESSION\s+/;
$name.= " $1" if /^\s{12}(.*)/ && $name_
$pep_tag = 1 && $pep = $1 if /^\s{21}\/translation="(\w+)/;
$pep.=$1 if /^\s{21}(\w+)/ && $pep_
if (/^\s{21}\w+"$/ && $pep_tag) {
print ">$name\n";
for (my $i = 0;
$i*60 <= length $
$i++) { print substr($pep, $i*60, 60), "\n";
$pep_tag = 0;
______________________________________________________________________
3. 将genbank文件（比如demo-genbank.gb）也拷贝到和gb2pep.pl相同的文件夹，比如C:\
4. 点击windows桌面工具栏“开始”——“运行”——“cmd”进入dos命令窗口，此时文件夹位置一般处于C:\Documents and Settings\当前用户名>
5. 键入"cd\" 回到C盘根目录。输入命令行：perl gb2pep.pl demo-genbank.gb >demo_out.fasta 回车。
6.等一会儿就会在C盘根目录下出现名为 demo_out.fasta的文件，这就是我们处理得到的结果。
使用perl模块处理文本文件十分高效，我下载的一个genbank文件包有五百多兆，使用这个perl模块处理，只要几分钟的时间就得到了fasta格式的序列了，而且几乎不占什么系统资源。谢谢啦~上面的都不好。
用emboss包，基本的seqret操作：
seqret -sequence a.gb -outseq a.fasta -osformat fasta
融合序列可以用cat指令：
cat *.gb >a.gb
详情请google EMBOSS如果用perl脚本，最好用bioperl直接搞。
use Bio::SeqIO;
my $file_in =
my $file_out =
my $IN = Bio::SeqIO->new(-file=>$file_in);
my $OUT = Bio::SeqIO->new(-file=>">$file_out",-format=>'fasta');
while (my $obj = $IN->next_seq) {
$OUT->write_seq($obj);
$OUT-> Originally posted by reasonspare at
上面这个两个问题，如果大家稍微分析一下，其实很简单，就是批量下载，
哈哈，我经常批量下个大数据库的海量数据，也就是3-10G 左右，关键是如何确定你要的信息。
笨方法：ＭＥＧＡ　软件，你可以直接将你的基因 ... 真是的非常感谢非常感谢！
我现在用NCBI里面的NCBI eUtils可以得到相关的ID号，找序列还是比较麻烦，谢谢你的指点！ : Originally posted by xp198766 at
真是的非常感谢非常感谢！
我现在用NCBI里面的NCBI eUtils可以得到相关的ID号，找序列还是比较麻烦，谢谢你的指点！ 请问 您是怎么用NCBI eUtils得到所查询基因的相应的ID号的？具体咋操作？我是新手，都找不到您所说的NCBI eUtils。。。。。。 : Originally posted by shiliu2011 at
请问 您是怎么用NCBI eUtils得到所查询基因的相应的ID号的？具体咋操作？我是新手，都找不到您所说的NCBI eUtils。。。。。。 可以在NCBI的gene里面搜索感兴趣的东西，就可以得到相应的GENEID了。。 : Originally posted by xp198766 at
可以在NCBI的gene里面搜索感兴趣的东西，就可以得到相应的GENEID了。。 您好，是这样的。我用自己测得的16srRNA序列在ncbi里比对，比对上的有些结果的ID是整个基因组的ID，而我的序列比对上的部分实际上只是其中的16S的序列，那么我怎样得到这个基因组中16s序列的ID呢？请你指教！万分感谢！:hand:
var cpro_id = 'u1216994';
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请问如何编写一个能进行序列比对的小软件？
老师想让我编写一个能进行序列比对的小软件，当输入两端序列后，能输出两条长条，然后，小软件能把两段DNA序列中存在差异的地方用其他颜色标注出来，同时在长条上相应比例处也标示出来,这样的小软件怎么做？小弟暂时只熟悉C语言，当然，我可以学其他类型的语言，但小弟以前还没做过任何软件，希望各位高人能不吝赐教。谢谢了
这个用clusterW做就行啊 : Originally posted by power5 at
这个用clusterW做就行啊 clusterW好像不能在输入两段序列后，能输出两条长条后，在长条上标示出差异吧 有星号表示差异阿，必须要长条么？ : Originally posted by power5 at
有星号表示差异阿，必须要长条么？ 额，老师要求的。没办法
var cpro_id = 'u1216994';
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