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Materials Studio操作步骤(本人原创).pdf
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94MS常见问题及解答( Materials Studio )-4
注意，dmol振动性质的计算并没有考虑电场和原子；虑LO和TO分裂，而且对于晶体而言只能算布里渊区；振动频率，而不能计算其他点的振动频率；完毕；26、问：在计算的过程中CPU利用率变为0，重启；单CPU利用就是0，再开始新的任务利用率就不是0；是为什么？怎么解决阿？谢谢了！；答：虽然软件界面显示在run，但此乃假象也！！c；以还显示在算，主要原因是你的内存可
注意，dmol振动性质的计算并没有考虑电场和原子位移的耦合作用，没有考虑LO和TO分裂，而且对于晶体而言只能算布里渊区G点的振动频率，而不能计算其他点的振动频率。完毕26、问：在计算的过程中CPU利用率变为0，重启以后任务还显示再计算，单CPU 利用就是0，再开始新的任务利用率就不是0 了，这是为什么？怎么解决阿？谢谢了！答：虽然软件界面显示在run，但此乃假象也！！cpu为0肯定是没算了。之所以还显示在算，主要原因是你的内存可能不够用了，电脑不能正确反应实际情况而已。正常现象，如果交个作业，然后把进程杀了，还显示正常运行，但是运行无法结束也没有结果。所以看作业是否运行，不单单得看网关的运行状态，还得看cpu的利用率还有两种可能第一：就是算完了，网关的内容却没有下载到本地目录。比如，交一个作业到服务器，算完以后，服务器的cpu利用率变为0，然后由于网络原因，服务器数据往回传输的时候突然断网，这样可能数据就无法传回来了由于传送指令发过一次以后，服务器相关的数据目录就发生变化，因此，在网络好的时候选择achieve，可能数据仍是不完整的。第二：交完作业以后，网络就断了，在这个过程中作业因很多原因死了，cpu利用率为0，此时如果网络好了，在连接服务器，状态不是完成状态，所以可能一直是runing状态，因此不会有结果。如果服务器和客户端是一个机器，也可以发生第二种情况。27、请问：在CASTEP计算中，k point设置不同，对计算结果有什么影响？k point设置表示什么？如设置为4乘4乘4，和设置成9乘9乘6有什么不同，区别在哪？答：很难一般地回答，只能给出一般建议。注意：一定要检查k网格，首先用较粗糙的网格计算，接下来用精细的网格计算。通过比较两次的结果，决定选用较粗糙的网格，或是继续进行更精细网格的计算，直到达到收敛。金属体系需要精细的网格，绝缘体使用很少的k点通常就可以。小单胞需要精细格点，大单胞很可能不需要。因此：单位晶胞内原子数很多（比如40-60个）的绝缘体，可能仅需要一个（移动后的）k点。另一方面，面心立方的铝可能需要上万个k点以获得好的DOS。对于孤立原子或分子的超晶胞，仅需要在Gamma点计算。对于表面（层面）的超晶胞计算，仅需要（垂直于表面）z方向上有1个k点。甚至可以增加晶格参数c，这样即使对精细格点，沿z方向上也只产生一个k点（产生k点后，不要忘记再把c改回）。k点主要是用来积分计算用的例如对于连续的波函数，实际的计算是无法采用基于函数的表达式进行计算，而是基于离散数据进行计算，所以需要将空间进行划分，如果空间中的离散点划分得越细，那么最后通过数值积分得到的结果就越接近体系的真实情况，如果空间的划分越粗糙，计算的结果越不准确。k点面实际上就是在倒易空间按照a，b，c三个方向进行划分因此用三个数值表示k点面，第一个数值越大，说明沿着a方向的数值积分点数越多，计算精度越高。在实际计算中，需要进行测试，一般是逐渐增加k点数，计算能量收敛曲线。对于表面相关计算，k点面中第三各数值往往取较小，一般为1或2，就是不考虑z轴方向上的周期性。28、请教：运行DPD模块，如果运行了1000步，结束后，想继续运行下1000步，怎么办？是要重新setup中，设定2000嘛？有办法让他在1000步基础上继续运算嘛？答：Restarting a DPD runAt the end of a DPD run and at specified intervals during the run, DPD saves arestart data file, .Dpd_rst. Thisfile is downloaded at the end of the run and contains the positi***** and velocitiesof all the beads. It enables youto restart the simulation from part way through or at the end of the previous DPDrun.To restart a simulation1.
Select the mesoscale trajectory document from the run you wish torestart.2.
Choose Modules | DPD | Calculation from the menu bar.3.
Load the parameters from the run you wish to restart, bydouble-clicking on the associated Settings filein the Project Explorer.4.
Check Restart.5.
On the Setup tab, choose whether to Reinitialize averages.6.
Change the length of the run.Note. The time step counter is not reset between simulati*****. Therefore, therestarted DPD simulation will run forthe Number of steps specified on the Setup tab less the number of steps alreadycompleted.7.
If desired, specify new output opti*****, simulation conditi***** andinteraction parameters.8.
Press Run.Note. The Restart checkbox is enabled only if a restart file is present. However,this file cannot be seen in theProject Explorer window. You can use the Windows Explorer to verify that the fileexists.Note. When you restart a simulation you can modify some parameters such as thelength of the run, output periodopti*****, simulation conditi*****, interaction parameters, etc. However, others,such as simulation cell size, gridspacing, cell contents, etc., must remain the same as they were before the restart.These opti***** are disabled whenRestart is checked.勾选 restart在点中最后那个.xtd图形文件的条件下,run你举的例子应该把步数改为 200029、求教CASTEP中几何优化问题1. 几何优化可以在多大范围内改变原子的位置啊？感觉每次优化后的位置调整不是很多啊？2. 大家在算能带和态密度的时候的时候是用单点能计算给出能带还是几何优化给出能带啊？另请问WINDOWS版的KEY和LINUX版的KEY能不能混用 求一个MATERIAL STUDIO 4.0的LINUX版本的KEY一个 QQ答：问题1几何优化的目的是寻找压力最小的几何结构，原子位置改变不多是因为你建的构形比较合理，比如直接从软件数据库中导入的结构在0压力下改变很小，如果加个压力就会变化大一些。问题2一般都是优化的时候算，如果你想算特定构形的能带或其它性质，就可以用单点能；30、请问CASTEP计算氧化物磁性,例如CuO的,Modify--------Spin里怎么设置?Dmol 计算自旋设置时,Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找自旋多重度吗?Multiplicity是设置Auto好,还是设置具体的值好?答：Multiplicity设置为Auto是系统自动寻找能量最低、最稳定的自旋多重度31、请教关于MS castep的几个问题1 计算表面过程中，计算成功，但是castep结果中提示------------------------------------------------------------------------ &-- SCFSCF loop
Energy gainTimer
&-- SCFenergy
per atom(sec)
&-- SCF------------------------------------------------------------------------ &-- SCFInitial
&-- SCFWarning: There are no empty bands for at least this may slowthe convergence and/or lead to aninaccurate groundstate. If this warning persists, you should c*****ider increasingnextra_bands and/or reducingsmearing_width in the param file. Recommend using nextra_bands of 11 to 24.2
&-- SCFWarning: There are no empty bands for at least this may slowthe convergence and/or lead to aninaccurate groundstate. If this warning persists, you should c*****ider increasingnextra_bands and/or reducingsmearing_width in the param file.Recommend using nextra_bands of 11 to 24. 2
要在表面上吸附小分子，如H2 ，或者CO，可以选择不同的位置，比如top, bridge, 等，但是如何确定具体每个原子的position?直接根据原子半径按照几何知识来计算吗？另外在计算表面吸附total energy的时候，是否选择上&optimized cell& ?如果不选择，就应该是每个原子的位置保持固定，那么如何知道所确定的吸附原子的位置是对的呢？3 进行计算时选择上&spin polarized&, 对于不同元素，其参数如何设置？&initial pin&和&charge&。 答：A、你把empty band里的空带数目增加试试或者减少smearing 的数值，这两个办法都可以增加精度。包含各类专业文献、生活休闲娱乐、各类资格考试、中学教育、文学作品欣赏、幼儿教育、小学教育、应用写作文书、94MS常见问题及解答( Materials Studio )等内容。　
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