哪种转录因子预测网站先与dna模版结合

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2015-01-08 12:01 标签： 转录因子预测
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【求助】关于转录因子结合点的PWM
看到文献中转录因子结合启动子的motif以PWM形式给出，有图给出PWM的形式：数个碱基（A T C G）排成一列，我的问题是为什么有的位置的碱基，如 T ，画的很大，并且单独占个位置，而有的位置的 碱基画的很小，并且是两个碱基上下叠起来，占一个位置？此地的物理意义是？
what’s your meaning ?Seq logo?
Each pos. in logo stands for the pos of aligned promoter seq.
So this graph show the detail proportion of the each base in core promoter seq Originally posted by genomelin at
what’s your meaning ?Seq logo?
Each pos. in logo stands for the pos of aligned promoter seq.
So this graph show the detail proportion of the each base in core promoter seq genomelin 你好，我贴了一个图的，这个例子里 T 很大，C 较小，我大概知道是不同碱基在 sequence 中所占的比例，可详细说下吗
the height of symbols within the stack indicates the relative frequency (relative proportion and conserved property) of each amino or nucleic acid at that position.
Check the Detail formula with paper ' Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences'--the original seq logos publication. Originally posted by genomelin at
the height of symbols within the stack indicates the relative frequency (relative proportion and conserved property) of each amino or nucleic acid at that position.
Check the Detail formula with ... genomelin， thanks a lot
顺便问下，转录因子和对应的binding site 结合时，我估计了两种方式：第一种是先结合一个base,然后向前滑动，渐次结合到这个motif的其他base上，结合的所有base构成上图中的motif。 这个猜测是因为看到文献上有些示意图是：转录因子画的较小，和一个base 占的空位差不多，不可能同时和数个nucleic acid 结合。
第二种结合方式是转录因子直接和组成motif的所有base结合。一个转录因子的体积足以覆盖数个nucleic acid。
请问哪个猜测符合实际？ Originally posted by yanruoke at
genomelin， thanks a lot
顺便问下，转录因子和对应的binding site 结合时，我估计了两种方式：第一种是先结合一个base,然后向前滑动，渐次结合到这个motif的其他base上，结合的所有base构成上图中的motif。 ... 呵呵，既然是示意图就不能太当真
我没做过这个DNA-pr结合方面的东西，所以以下说的都是看文章或者是我脑子里有点印象的，不一定完全正确：可能是转录因子先与DNA接触，半结合后触发构象改变，使得结构更加稳定，因此应该是与区域DNA的结合，结合后吸引其他蛋白或者改变局域的DNA构象（例如核小体解离）
所以我倾向于第二种
关于DNA与蛋白结合，前年看过一个science上的文章，说的是核小体与蛋白结合的时候，可以依靠DNA双链小沟上的负电性，吸引核小体上的精氨酸残基，当序列中AT多时，小沟更加狭窄，因此负电性更强；这可能也是一个因素吧 Originally posted by genomelin at
呵呵，既然是示意图就不能太当真
我没做过这个DNA-pr结合方面的东西，所以以下说的都是看文章或者是我脑子里有点印象的，不一定完全正确：可能是转录因子先与DNA接触，半结合后触发构象改变，使得结构更加稳定 ... 呵呵，thanks
var cpro_id = 'u1216994';
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294个稻瘟病菌转录因子基因敲除和功能分析.pdf113页
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294个稻瘟病菌转录因子的基因敲除
和功能分析
硕士学位论文
研究生：张莉林
指导教师：卢建平副教授
业：细胞生物学
?院：生命科学学院
functionalof294
Knock-outand
transcription
ADissertationinPartialFulfillment
Requirements
ofMasterCell
DevelopmentalBiology
ofLifeandScience
By：Li―linZhang
Advisor：Assco．Professor
ZhejiangUniversity
China310058
浙江大学研究生学位论文独创性声明
本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的
研究成果。除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发
表或撰写过的研究成果，也不包含为获得浙江大学或其他教育机构的学位或
证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文
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酵母基因上游转录因子结合位点分布的统计分析
发布时间：
【题　名】酵母基因上游转录因子结合位点分布的统计分析
【作　者】崔伟 黄林 梁丽静
【机　构】西北农林科技大学信息工程学院,陕西杨凌712100 西北农林科技大学生物信息研究中心,陕西杨凌712100 西北农林科技大学生命科学学院,陕西杨凌712100
【刊　名】西北农林科技大学学报,
2008(10): 215-220
【关键词】啤酒酵母基因 转录因子 转录起始位点 SGD
【文　摘】【目的】揭示真核生物基因上游转录因子结合位点的分布规律。【方法】挖掘了啤酒酵母基因组数据库（SGD）中基础域结构和β支架结构两超类（superclass）的转录因子结合在基因上游0-2000 bp的位置;将转录因子按照结构和调节基因的不同功能进行聚类,并对其组内和组间的结合位点数进行比较分析。【结果】转录因子结合位点集中分布在转录起始位点上游100-500 bp（61%）;结构差异较大的转录因子的结合位点分布差异显著（P〈0.01）;大多转录因子（19/22）在不同功能基因间结合位点分布差异不显著（P〉0.05）。【结论】转录因子结合位点分布与转录因子的结构相关性较大,而与所调控基因的功能相关性较小。推测不同家族转录因子结合位点在基因上游的分布具有特异性,有助于提供新的参数用以改进现有理论预测转录因子结合位点的方法。
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SELEXSeq技术绘制转录因子DNA结合谱的方法学研究
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