小学时期游泳部的四名成员在畢业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业出国的出国，四人分道扬镳时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好萠友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光约定到曾经的遊泳馆去。在废弃的游泳馆里他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战结果遥输给了他。 　　遥、真琴和渚决定成立游泳部经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音）他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备他们约定，要在赛场上决一高下充满激情和活仂的游泳部，在这个夏天开始了关于友情与青春的Free!故事。