如何进行碳端多重序列比对对？

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2015-05-13 12:05 标签： 序列比对软件
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如何让多序列与同一序列进行比对？
如何让多序列与同一序列进行比对？
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这个帖子发布于7年零329天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请教各位大虾：如何让多序列与同一序列进行比对，而那些多序列之间不比对？有什么软件做到或者有什么方法实现？另外还想请教如何在数据库中找基因的全长，在ncbi里查“gene”这个数据库好像获得的目的基因不一定是完整的基因？
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clustal Wprofile alignment
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本地 blast
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查全长要看序列注释是否是complete cds，多序列和单个序列比用本地的blastall，多序列放在一个fasta文件作为database就可以了，具体看看blast的说明文件
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本地 blast 有个小日本的软件DNAsis max可以，学起来也很快！不怕麻烦的话用clustal进行两两比较，不过clustal算法和blast好像不一样。如果是查人的基因的话，用NCBI的Unigene比在genbank好
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谢谢大家的建议。但是生物信息学了解得不是很多，怎么样实现本地blast？要什么软件吗？在那下载？自己的数据库怎么建立？
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You can download blast softward package from the URL: you can format the data by using 'formatdb', and for details you can refer to the help document
关于丁香园Mauve软件：如何对多序列比对后的结果进行分析？求大神解答！
09:22:29&&&来源：&&&评论：&&
[Mauve软件：如何对多序列比对后的结果进行分析？求大神解答！] 手中有几株细菌的全基因组测序结果，经mauve比对后不知道后续结果如何进行后续分析，请大神指导！ 关键词:[基因组 基因 序列 全基因组 细菌 多基因 基因重排]…
手中有几株细菌的全基因组测序结果，经mauve比对后不知道后续结果如何进行后续分析，请大神指导！回复Mauve多基因组比对，至少可以获得如下信息：
1）基因组之间的共线性关系（基因重排，缺失，结构）
2）可以导出共同的基因（核心基因，元基因组以及每个基因组的独特基因）
可参考本人网站：回复最好的方法：你可以看看那些引用了mauve的文献，是怎么利用mauve结果的回复3）导出SNP信息（单差异性）
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[Mauve软件：如何对多序列比对后的结果进行分析？求大神解答！]延伸阅读：
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频道本月排行怎么进行核酸序列比对？_百度知道
怎么进行核酸序列比对？
谢谢，不知道什么意思？为什么能完全匹配却不显示基因编号呢，中间片段(450bp)在NCBI上比对与水稻基因组（全序列已测出）上完全匹配，但是没有基因的序列号，目标是找出这个基因的全长，请高手指教我应该怎么做后面的分析，只有一个这样的编号：ref|NC_| （如图）老板给我一个测序结果，两侧引物已经找到，不知道跟NCBI有什么不同，点开是物理图谱，是不是该基因还未命名，但是我如何才能找出这个基因的全长呢？师姐说还要用Tiger比对一下，做一下什么分析我忘了，为TAIL-PCR扩增出的未知基因片段
hiphotos://f./zhidao/pic/item/1e30e924b899a901a9edb.jpg" target="_blank" title="点击查看大图" class="ikqb_img_alink"><img class="ikqb_img" src="/zhidao/wh%3D450%2C600/sign=23bfbf2c579ae2/1e30e924b899a901a9edb://f.com/zhidao/wh%3D600%2C800/sign=53e502d33a87eae30e924b899a901a9edb.baidu.jpg" esrc="http.hiphotos.baiduhttp. 不懂你再call我...其实结果是一样的, Database,其它参数默认
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上NCBI的blast
把你的序列拷贝过去, Database:这个选Refseq RNA,其它参数默认.. 你肯定没有选择数据库,是在水稻的全基因组里搜索了,因为NC_008397是chromosome 4的全长序列.. 另,在Tiger上的分析还不如NCBI..其实结果是一样的.
推荐你用BioX，中国人自己做的，界面简单友好，功能不差
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如何用NCBI中的BLAST进行多个序列的比对？
想在BLAST上同时比较4个序列相似的序列，但不知道怎么操作，请各位高手帮忙指导一下，谢谢！
似乎把这4个序列接在一起当做一条可以 EXPASY里有多序列比对软件 clustalx 这个软件 最近刚学的 NCBI是个不要钱的好东西，楼主要自己多摸索下，另外，很多软件也支持比对，自己花些时间摸索，会获益匪浅 多序列比对的话有很多软件都可以，比如DNASTAR，很容易学的 Vector NTI可以同时比对多个序列。 学习！呵呵！ 比对序列找同源？
一些引物设计软件都可以~

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