谁用过Cytoscape这个谁看过我软件怎么用

楼主千辛万苦的想要开始写文章突然就碰到cytoscape这种东西,下载安装java就用了1小时智商实在是捉急呀。终于踏出了文章的第一步谁看过我软件怎么用下载成功之后,准备雄心壮志的开始写文章了发现数据不会处理,切了佛忙活了一早上,还是不行万般无奈之下来丁香园求助各位大神,希望您能随手指点一下小白菜感激不尽!!!!

      我在运用BATMAN-TCM下载了化合物-靶点之后,发现数据很乱根本不知道怎么处理,如何变成cytoscape喜欢的格式然后導入进行后续制图的编辑这部分实在是捉急,希望能遇到善心的您随手指点一下感恩!!!

通过上一讲大家应该明白了网絡图是为了展现分子之间的连接关系的,并不是一定要用cytoscape来做只需要根据连接关系给我们的所有点安排一个坐标,然后把相应的线连接起来即可!那么既然我们要学习cytoscape肯定是要用cytoscape做好第一步,就是根据输入数据来做网络图

可以先了解一下cytoscape定义好的输入数据,

当然其實木有意义!因为我们不可能拿到cytoscape的输入文件(cys格式的),除非是你朋友传给你的我们肯定是根据txt.csv等分割的文本文件来做网络图。

你可鉯打开cytoscape然后直接点击菜单栏的file-->open-->然后选择示例数据的cys文件,就可以看到一个图啦!但是木有任何意义还是那句老话,你不可能预先得到cys攵件必然是你自己有txt文本数据,然后做出cys的文件

文本数据必须要有2列,就是source node和target node其余的都是可选!!!

其实已经有了这两列信息,在R裏面就可以自己画网络图了或者在html网页里面写js来做。实在是没必要用cytoscape这也就是为什么像我这样的大神,到现在才开始使用cytoscape的原因即使用cytoscape生成了网络图,还需要进行一大堆的细节调整很烦人的。

首先考虑下你数据的来源然后試试上图中箭头标注的地方看~~

PS:下次求助有点诚意,怎么地也弄个悬赏什么的呀~

  • 政治敏感、违法虚假信息

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