RNA结构如何在三维坐标焊缝符号表示法。想用计算机处理问题。所以需要焊缝符号表示法法的数据

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-11-11 09:26 标签： 正弦量的相量表示法
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RNA二级结构预测建模及其应用研究.pdf115页
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2005年上海太学博士学位论文 摘 要 近20年来，坐物学家们在RNA研究领域不断驭褥熏大的突破嗣避展。一l捷其露
刻认识。人们发现，RNA在细胞中不仅充当罄遗传信息的载体和传递王具，还具有催
仡RNA的剪接，加工和修饰RNA前体，调控基因表达和生物体的生长发育等一系列
重要的功能。对这些新型RNA研究工作的广泛开展太大深化了RNA研究的内涵，为
生命辩学领域带来了众多其有墼大意义和极其挑战犍的课题。继功能基闲组学和蛋白质
发展壮大。 鼹蛋白质一榉，RNA的各辩功能是与其特定的结搀紧密摆联的。摆对于RNA一维
线性结构上的多样性而畜，其单链自身蝴辑形成的特征性二级结构和高级结构孵多样性
其有更多的艇物学意义。豳此要想深入探索RNA的复杂功能和将性，了解各裳RNA
在细胞中的运作机制，就装从研究RNA的具体结构入手。由于RNA分子具有降解速
度祆，燕驭结鑫等特点，通过x射线晶体衍射积NMR等实验方法去溅定RNA分子的
立体结构缀不容翳。这样擞花费的成本巍对润长，虽然瓣锝的结果非常精确可嚣，可是
面对当前海鬣的嫩物序列，实验方法显然跟不上要求。而借助于计算机手段和各种数学
方法从理论t去颈测RNA的空阎缝构，则可为揭示RNA结掏与功能的关系提供重要
信息，大大提高我们认识RNA空间结构的效率。
多年的不断改进和发展，现已成为国际上最广泛使用的RNA二级结构预测方法。然而
一方灏峦予它的平均预测糖度哭达到50～70％，还不够高，舅一方瑟它由于葬法本身鳕
煨铡丽不能预测假结和更复杂静三级娟互馋用，因此曩益满足不7鲞静RNA研究对缨
构预测的更高要求。为了熊够预测假结和向三级结构预测避军，一批新的算法和改进算
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计算机科学在生物信息学中的应用
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基于FPGA的并行RNA二级结构预测加速算法的研究.pdf73页
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Dissertation Submitted to Shanghai Jiao Tong University for the Degree of Master RESEARCH ON PARALLELIZED RNA SECONDARY STRUCTURE PREDICTION ALGORITHM ON FPGA PLATFORM Candidate： Qilong Su Student ID: 110座机电话号码 Supervisor： Prof. Yu Zhuo Fu Academic Degree Applied for ： Master of Engineering Speciality： Integrated Circuit Engineering Affiliation ： School of Microelectronics Date of Defence ： Dec, 2012 Degree-Conferring-Institution ： Shanghai Jiao Tong University
万方数据 上海交通大学硕士学位论文 基于FPGA 的并行RNA 二级结构预测加速算法研究 摘 要 随着生物信息学的不断发展，人们对生物信息数据的处理和分析 能力提出了更高的要求。虽然生物信息学的算法相对简单，运算类型 单一，但是算法数据量较大，重复性很强，而且潜在的并行度较高。 预测RNA 分子的二级结构就是一个典型的这类问题。随着RNA 序列 数量与日俱增，受限于三维动态规划方法?? ??3
的计算复杂度，现有的 软件预测方法已不能满足研究需求，因此迫切需要高性能计算的支持。 基于FPGA （Field Programmable Gate Arrays ）平台的算法加速器是高 性能计算研究的重要方向之一，因此，对RNA 二级结构预测算法进行 异构计算平台上的并行化开发，从而实现算法加速，是一个热点的研 究方向。 本文首先对 RNA 二级结构预测领域的主要研究情况进行了较为 全面的论述与总结，并选择了目前主流的基于最小自由能的预测算法 中具有代表性的Nussinov 算法进行研究。通过详细的分析了Nussinov 算法中的数据相关性，分别提出了针对格点内并行性和针对格点间并 行性的并行加速方案。同时，为了解决存储器容量需求过大以及存储 器写入带宽对加速器结构性能的影响，本文提出了取模映射和基于存 储平衡优化策
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带假结的RNA二级结构预测算法研究.pdf49页
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硕士学位论文
带假结的RNA二级结构预测算法研究
姓名：彭政
申请学位级别：硕士
专业：计算机应用技术
指导教师：骆嘉伟
座机电话号码
硕士学位论文
随着生物信息学的发展和对RNA研究的深入，RNA已经不仅是从DNA到蛋
白质的信息传递者，在RNA病毒和某些动物细胞中，RNA还是遗传信息的载体，
控制蛋白质的合成，甚至在某些癌细胞和动物胚胎细胞中，可以由RNA转录出
为生物信息处理的研究重点。假结是IⅢA中一种复杂的二级结构，同时假结决定
了一些重要的生物功能，因此对带假结的RNA二级结构预测算法的研究是IⅢA二
级结构预测算法研究中的热点。
首先，本文提出了基于动态权重的RNA二级结构预测的遗传算法。动态权重
是最大权重的改进，最大权重是最大堆迭的改进，本文在基于最小自由能的RNA
二级结构预测的遗传算法的基础上，用动态权重模型替换了最小自由能模型。实
验表明，基于动态权重的lⅢA二级结构预测的遗传算法不仅能够预测假结，而且
还能够预测假结中较复杂的非平面假结。
其次，本文提出了基于快速动态权重匹配的RNA二级结构预测算法。该算法
不仅与动态权重匹配算法一样对某些特定的RNA进行二级结构预测有着很高的
准确率和O n2 的理想空间复杂度，而且在动态权重算法的基础上得到了很好的改
进。一是通过引入了最大动态权重茎区快速搜索算法，使得算法的时间复杂度由
行搜索的范围，实验表明，与动态权
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