随着lncRNA研究的发展lncRNA的数量越来越哆,但是拥有功能注释的lncRNA只占了其中很小一部分为了更好的开展lncRNA的功能研究,科学家收集文献中人类lncRNA相关的数据包括了表达量,相关疾病甲基化位点,SNP位点功能描述等信息,并整理成了数据库如何比较差异部分LncBook, 网址如下 该数据库如何比较差异部分中包含以下8种lncRNA相关信息 这部分提供lncRNA的ID, 染色体位置长度,外显子个数类型等基本信息,示意如下
这部分只包含来自 这部分给出lncRNA的生物学功能注释和参与的生物学过程共包含以下5种类别的功能
这部分给出lncRNA相关的疾病信息,包括了实验验证和预测两种实验验证的数据直接从
通过分析 通过分析在不同组织中的表达量,可以用于判断组织特异性lncRNA还是管家lncRNA, 计算公式如下
通过分析TCGA和ENCODE数据库如何比较差异部分的数据,给出lncRNA相关的甲基化信息示意如下
将dbSNP数据库如何比较差异部分中的SNP位点映射到lncRNA上,哃时提供了来自 采用tagetScan和miRanda两款软件来预测lncRNA与miRNA的相互作用取交集莋为最终的结果,实验证据主要来自于starbase数据库如何比较差异部分结果示意如下 除此之外,还提供了一下4种工具
lncBook和lncRNAwiki是同一个开发团队lncBook可以看做lncRNAwiki的升级版本,更多的用法和信息请参考官网的帮助文档 |