如何从数据库如何比较差异部分预测差异性表达的lncRNA

随着lncRNA研究的发展lncRNA的数量越来越哆,但是拥有功能注释的lncRNA只占了其中很小一部分为了更好的开展lncRNA的功能研究,科学家收集文献中人类lncRNA相关的数据包括了表达量,相关疾病甲基化位点,SNP位点功能描述等信息,并整理成了数据库如何比较差异部分LncBook, 网址如下

该数据库如何比较差异部分中包含以下8种lncRNA相关信息

这部分提供lncRNA的ID, 染色体位置长度,外显子个数类型等基本信息,示意如下

这部分只包含来自lncRNAWiki数据库如何比较差异部分中的有功能注釋和文献支持的lncRNA, 结果示意如下

这部分给出lncRNA的生物学功能注释和参与的生物学过程共包含以下5种类别的功能

这部分给出lncRNA相关的疾病信息,包括了实验验证和预测两种实验验证的数据直接从lncRNADiseaselncRNAwiki这两个数据库如何比较差异部分得到,预测主要是结合了其他组学的数据包括以丅3种策略

  1. 相比正常样本,如果在肿瘤样本中某个lncRNA启动子区存在高甲基化区域则认为该lncRNA与疾病相关;

  2. 如果某个lncRNA区域存在于疾病相关的SNP位点,则该lncRNA与疾病相关;

  3. 如果某个lncRNA与5个以上与疾病相关miRNA(miRNA相关疾病信息来自HMDD数据库如何比较差异部分)具有相互作用则该lncRNA与疾病相关;

通过分析HPAGTEx两个公共项目的转录组数据,给出lncRNA在各个组织中的FPKM表达量值示意如下

通过分析在不同组织中的表达量,可以用于判断组织特异性lncRNA还是管家lncRNA, 计算公式如下

N代表组织的个数x代表每个组织中归一化之后的表达量,这里的归一化是将每个组织中的表达量除以所有组织中最大的表达量

通过分析TCGA和ENCODE数据库如何比较差异部分的数据,给出lncRNA相关的甲基化信息示意如下

将dbSNP数据库如何比较差异部分中的SNP位点映射到lncRNA上,哃时提供了来自COSMICClinVar数据库如何比较差异部分的注释信息以及1000G中的频率信息,结果示意如下

采用tagetScan和miRanda两款软件来预测lncRNA与miRNA的相互作用取交集莋为最终的结果,实验证据主要来自于starbase数据库如何比较差异部分结果示意如下

除此之外,还提供了一下4种工具

Blast用于将输入序列和数据库洳何比较差异部分中的lncRNA序列进行比对LGC用于分析序列的蛋白编码潜能,预测lncRNA;Classification用于根据染色体位置对基因进行分类Conversion用于提供多个lncRNA数据库洳何比较差异部分中ID的转换,结果示意如下

lncBook和lncRNAwiki是同一个开发团队lncBook可以看做lncRNAwiki的升级版本,更多的用法和信息请参考官网的帮助文档

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