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若用离子交换层析分离物质,以蛋白质为例离子交换层析中,基质是由带有电荷的樹脂或纤维素组成带有正电荷的称之阴离子交换树脂;而带有负电荷的称之阳离子树脂。离子交换层析同样可以用于蛋白质的分离纯化由于蛋白质也有等电点,当蛋白质处于不同的pH条件下其带电状况也不同。阴离子交换基质结合带有负电荷的蛋白质所以这类蛋白质被留在柱子上,然后通过提高洗脱液中的盐浓度等措施将吸附在柱子上的蛋白质洗脱下来。结合较弱的蛋白质首先被洗脱下来反之阳離子交换基质结合带有正电荷的蛋白质,结合的蛋白可以通过逐步增加洗脱液中的盐浓度或是提高洗脱液的pH值洗脱下来
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