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新一代扩增子分析流程,分析过程封装为压缩格式,支持分析过程全记录的可重现分析,开发并整合许多新算法处理大数据更快,可扩展性强囷中文帮助文档
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比对工具,现发展为拥有200多个命令的扩增子分析流程,体积小巧、跨平台、计算速度快,但64位版收费,提供中文帮助文档(/torognes/vsearch
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扩增子分析流程,实现了USEARCH大部分的功能,喜欢USEARCH分析流程风格的替代软件,支持在QIIME 2中使用
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基于Greengenes 16S rRNA基因预测宏基因组基因功能信息现发布第2版实现对任意16S序列功能预测且数据库增大10倍
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原核分类学功能注释,获得元素循环相关文献挖掘的物种功能注释,适合于农业、环境相关研究菌种功能描述
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多样本質控和分析结果汇总
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序列比对工具,短读长序列快速比对至参考序列,结果为SAM/BAM格式
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宏基因组拼接软件,内存消耗低,计算速度快、嵌合体率较低、N50偏低
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拼接结果评估,输出拼接指标和可视化图形的PDF和交互式网页版报告
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比BLAST更快的蛋白比对工具
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蛋白功能注释:毒力因子数据库
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分箱流程,依赖140餘款工具,可实现conda快速安装,默认对3种主流分箱结果提纯,提供多种可视化方案
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基于10×建库宏基因组测序的组装软件
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分箱结果下游比较基因组分析流程
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微生物组分析中常用格式转换工具集,方便分析和流程搭建
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表2 宏基因组分析常用软件和数据库
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拟合线性和广义线性混合效应模型,可结匼已知影响因素数据校正的差异比较
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多序列对齐软件,序列对齐速度快
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美国北卡罗来纳大学教堂山分校
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中国科学院遗传与发育生物学研究所
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表4 部分提供统计分析代码的实验室
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白洋, 钱景美, 周俭民, 钱韦 . 农作物微生物组:跨越转化临界点的现代生物技术. 中国科学院院刊, ):260-265.
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谢建平, 韩玉波, 刘鋼, 白林泉 . 2015年中国微生物遗传学研究领域若干重要进展. 遗传, ):765-790.
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杨超, 杨瑞馥, 崔玉军 . 细菌全基因组关联研究的方法与应用. 遗传, ):57-65.
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