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lizzyma0531
一直有一点疑问，是最基本的问题：最近CHip-seq很热，其意义是什么？CHip-seq的结果能说明与指定组蛋白相结合的DNA序列。如果位点发生变化了，是说明给药前后毒性发生变化？
lizzyma0531
简单一点就是组蛋白的DNA结合位点发生变化，一般暗示着什么？可以说是毒性吗？
简单说说自己的看法，抛砖引玉吧。ChIP-seq的意义在于能够大规模的寻找出转录因子的目标基因及调节机制，这些不仅在生物研究中意义重大，而且在也能用于药物的研发。转录因子的调节除了位点外，还有结合紧密程度，转录活性层面的调节，如若知道某致癌基因的转录因子，，或某致癌信号通路中的下游目标转录因子，，就可以利用调节该转录因子转录活性的分子作为治疗性药物。
shenxiaojiong
之前查过几篇综述，算是对CHip意义的介绍吧，可以下来看一下
shenxiaojiong
1.Dissecting Regulatory Networks in Host-Pathogen Interaction Using ChIP-on-chip Technology2.Epigenetic methodologies for behavioral scientists3.Using ChIP-chip and ChIP-seq to study the regulation of gene expression Genome-wide localization studies reveal widespread regulation of transcription
shenxiaojiong
&附件: 您所在的用户组无法下载或查看附件1.Dissecting Regulatory Networks in Host-Pathogen Interaction Using ChIP-on-chip Technology&附件: 您所在的用户组无法下载或查看附件2.Epigenetic methodologies for behavioral scientists&附件: 您所在的用户组无法下载或查看附件3.Using ChIP-chip and ChIP-seq to study the regulation of gene expression Genome-wide localization studies reveal widespread regulation of transcription
shenxiaojiong
&附件: 您所在的用户组无法下载或查看附件1.Dissecting Regulatory Networks in Host-Pathogen Interaction Using ChIP-on-chip Technology2.Epigenetic methodologies for behavioral scientists3.Using ChIP-chip and ChIP-seq to study the regulation of gene expression Genome-wide localization studies reveal widespread regulation of transcription
学习了，想下载，不够几分
lizzyma0531
多谢。不过还是有问题，chip-seq是用来寻找跟特定蛋白结合的DNA中的信息（比如转录因子），但是测序得到的信息只是有哪些基因而已，并且应该是大量的基因名称，要是想知道起作用的是哪个基因，或是想知道这个基因与指定蛋白的结合紧密程度等，下一步还要结合其他什么实验才能知道想知道的吧。真核生物中，组蛋白是染色质基本结构——核小体中的重要组成部分，其N末端氨基酸残基可发生乙酰化等共价修饰。组蛋白的乙酰化是一可逆的动态过程，而其稳定状态的维持则是多种组蛋白乙酰基转移酶(HATs)和去乙酰基酶(HDAcs)共同作用的结果。这种可逆的乙酰化修饰作用可使染色质结构发生动态的改变，并对基因的转录产生相应的影响。
安丽娜王树人
摘要 在真核生物中，组蛋白是染色质基本结构&&核小体中的重要组成部分，其N末端残基可发生乙酰化等共价修饰。组蛋白的乙酰化是一可逆的动态过程，而其稳定状态的维持则是多种组蛋白乙酰基(HATs)和去乙酰基酶(HDAcs)共同作用的结果。这种可逆的乙酰化修饰作用可使染色质结构发生动态的改变，并对基因的转录产生相应的影响。
关键词 组蛋白乙酰化，去乙酰化； 染色质结构； 基因转录
真核生物基因转录的调控是一个多步骤的复杂过程，主要包括转录的起始、延伸和终止3个阶段。转录的起始是转录调控机制的关键和限速步骤，其中各种转录因子与基因上游调控序列的结合是转录调控的基本前提。但真核生物的DNA并不是裸露存在的，而是与组蛋白和非组蛋白共同作用形成染色质结构。核小体是真核细胞染色质的基本结构单位。每个核小体由核心组蛋白(H2A、H2B、H，、 H4)构成异源八聚体和缠绕在八聚体之外的约 200bD的DNA组成。这种结合是依靠作用于DNA 磷酸骨架小沟区的静电引力实现的。由于静电引力的作用，DNA链围绕组蛋白形成螺旋和扭曲，这恰好使DNA双螺旋的小沟区连成一条沟道，组蛋白弯曲的尾巴得以穿过其中，于核小体外与DNA作用，更加稳定了核小体的结构【1]。核小体的结构成为各类转录因子与DNA结合的主要障碍。体内外实验均证实，核小体为基因转录的一个通用抑制子 (general repressor)。越来越多的实验证据表明，染色质和核小体构型的改变在转录的起始中起到重要的调控作用。现已知有3种机制参与染色质构型的改变：①依赖于ATP的染色质重构；②组蛋白移位； ③染色质的共价修饰(covalent chromatin modification) 。其中染色质的共价修饰既可发生在DNA上也可发生在组蛋白上。DNA的修饰主要是胞嘧啶的甲基化，而组蛋白的共价修饰则包括乙酰化、磷酸化、甲基化、泛素化、ADP-核糖化田，由此构成多种多样的组蛋白密码。不同的调节机制间互相串换，以一种共同协作的状态来完成对染色质结构的调控。
乙酰化是最早被发现的与转录有关的组蛋白修饰方式。组蛋白末端的乙酰化状态在组蛋白乙酰基(HATs)和组蛋白去乙酰基酶(HDACs)的作用下保持着动态平衡，并与染色质的转录活性状态密切相关。乙酰化的染色质与转录激活相关，而去乙酰化的染色质与转录抑制相关。随着各种组蛋白乙酰基转移酶／去乙酰基酶被克隆、鉴定，组蛋白乙酰化／去乙酰化作用与染色质结构及基因转录调控之间的关系也开始逐步得以阐明。
1 组蛋白乙酰基转移酶(histone acetyltrans& ferases，HATs)
早在3O年前Allfrey等就发现组蛋白乙酰化与真核细胞的基因转录有关。然而直到1995年，美国的Brownell等从富含高度乙酰化组蛋白的四膜虫巨核中分离出与细胞核组蛋白乙酰化有关的A 型组蛋白乙酰基转移酶(HATA)。随着研究的不断深入，越来越多的组蛋白乙酰基转移酶被纯化、克隆。核小体核心组蛋白的N末端尾巴上保守的赖氨酸是组蛋白的乙酰化位点，HATs可将乙酰辅酶A 的乙酰基转移至其赖氨酸残基的￡．氨基上。目前，已经发现的含有组蛋白乙酰转移酶活性的分子主要有两类：A类主要存在于细胞核中，与染色质上的组蛋白结合，使其乙酰化，与基因转录及相应的生物学效应有关；B类主要存在于细胞质中，使细胞质中新合成的游离组蛋白乙酰化，以利于其转运入胞核。在胞核中这些被乙酰化的游离组蛋白可进一步脱乙酰化，与DNA及其他非组蛋白成分共同构成染色质。根据这些酶的结构和性质，可分为几个大的家族，如GNAT家族(Gcn5．related N．acetyltrans& ferse)、MYST家族和p300／CBP等l&】(见表1)
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易生物VIP企业推荐日期：早前期染色体上可显示出条带。从而使染色体的研究进入分子生物学水平。因为显带技术不仅解决了染色体的识别问题，还为深入研究染色体的异常初人类基因定位创造了条件。
(二)遗传的分子基础
染色体中的化学组成主要是DNA和组蛋白。携带遗传信息的主要是DNA分子的一个特定片段&&基因。基因是细胞内遗传信息的结构和功能单位，它能通过特定的表达方式控制和影响个体的发生和发育。
人体细胞内的DNA是由两条多核苷酸链结合而成的一条双螺旋分子结构，每个基因都是DNA多核苷酸链上...染色体中的化学组成主要是DNA和组蛋白的相关内容日期：蛋白质能促进语言发育 专家认为，儿童语言能力较其他方面更能反映其智力水平，在提高婴幼儿语言能力的众多方法中，最重要的一条是保证孩子获得足够的滋养大脑神经的物质，以促进...日期：孕期为何要测定母血中的甲胎蛋白 甲胎蛋白是早期胚胎特有的一种蛋白质，在怀孕第6周即开始在胎血中出现，到14－20周达到高峰，此后便逐渐降低。甲胎蛋白可进入母体血中，虽然比胎血中浓度低很多，但临床只需取母血就可进行...日期：什么是x和y性染色体 正常人体所有的细胞，包括精子和卵子，在细胞核里都有23对染色体。其中22对是“常染色体”，与性别无关，只有一对是决定性别的，我们称之为“性染色体”。性染色体分为“x”性染色体和“y”性染色体。男子细胞中的一对性染色体，有一个是x，另一个是y，日期：血液甲胎蛋白数值的多少对胎儿发育有影响 问：我是个30多岁的初孕孕妇。怀孕后一直担心胎儿的发育问题。曾做血液甲胎蛋白测试，结果数值很高，复查后仍很高。但医生说：不能确认胎儿发育不正常，要我等到孕6个半月至7个月时做b超判断。请问：甲胎蛋白的数值在什么范围内，胎日期：引起女性不孕的主要因素有哪些 不孕症的原因有2/3在于女方，输卵管阻塞一向是主要原因，但自从普遍重视预防感染及广谱抗生素问世以来，引起输卵管阻塞的产科和妇科炎症已大为减少；另一方面，有关内分泌疾病的认识及检查技术不断进展，对卵巢功能不全所致不孕的诊断率有所提日期：产褥期身体有哪些主要变化？ 由于怀孕和分娩发生巨大变化的妈妈的身体，从产后复原到产前状态的这个时期为产褥期，大约为期6周。 一、子宫的复原 -产后的子宫需要6-8周左右才能恢复到原来的大??-产后子宫内的伤口和胎盘剥离后的创面，...日期：羊水染色体检查是确诊先天愚型的最佳方法 时间：日 14:03-14:20 提问：guest 回答：郁凯明（上海第一妇婴保健院产前诊断中心教授、围产医学专家） guest：请问先天愚型筛查概率是多少？穿刺风险率是多少？[1...
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＞＞＞染色质是由DNA、组蛋白和非组蛋白等成分组成的。为了探究非组蛋白..
染色质是由DNA、组蛋白和非组蛋白等成分组成的。为了探究非组蛋白在转录中的作用，科学家从一只兔的体内分别取出胸腺细胞和骨髓细胞的染色质进行分离重组实验(如图。注：试管内满足RNA合成的有关条件)。
(1)兔的胸腺细胞和骨髓细胞都是由最初的_____________通过细胞分裂和细胞分化产生的，其形态和功能不同的根本原因是_____________。(2)试管内“满足RNA合成的有关条件”主要是指_____________。(3)本实验的设计思路是______________。(4)本实验的结果说明了________________。
题型：读图填空题难度：中档来源：陕西省模拟题
(1)受精卵&&& 基因的选择性表达(2)原料(4种游离的核糖核苷酸)、能量(ATP)、酶、(模板(DNA)) (3)先把染色质各组成成分分开，再组合，在组合过程中通过控制非组蛋白的添加，来确定非组蛋白在转录中是否起作用(答案合理即可)(4)非组蛋白对基因转录有影响，缺少非组蛋白不能进行正常的转录
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据魔方格专家权威分析，试题“染色质是由DNA、组蛋白和非组蛋白等成分组成的。为了探究非组蛋白..”主要考查你对&&遗传信息的翻译，细胞的分化，遗传信息的转录，科学研究方法&&等考点的理解。关于这些考点的“档案”如下：
现在没空？点击收藏，以后再看。
因为篇幅有限，只列出部分考点，详细请访问。
遗传信息的翻译细胞的分化遗传信息的转录科学研究方法
遗传信息的翻译：1、概念：在细胞质中，以信使RNA为模板，合成具有一定氨基酸顺序的蛋白质的过程。2、密码子：mRNA上3个相邻的碱基决定1个氨基酸，这样的3个碱基成为1个密码子。3、反密码子：tRNA上与mRNA上密码子互补配对的3个碱基。4、tRNA：翻译过程中，将游离氨基酸运到核糖体上的RNA。5、翻译 (1)场所：细胞质中的核糖体（主要）(2)模板：mRNA (3)原料：20种氨基酸 (4)碱基与氨基酸之间的关系：3个碱基（1个密码子）决定一个氨基酸 (5)搬运工：tRNA（有反密码子）(6)过程第一步：mRNA进入细胞质与核糖俸结合，携带甲硫氨酸的tRNA通过与密码子AUC配对进入位点1。第二步：携带另一种氨基酸的tRNA以同样的方式进入位点2。第三步：甲硫氨酸与另一种氨基酸形成肽键而转移到位点2上的tRNA上。第四步：核糖体移动到下一个密码子，原来占据位点1的tRNA离开核糖体，占据位点2的tRNA进入到位点1，一个新的携带氨基酸的tRNA进入位点2，继续肽链的合成。重复步骤二、三、四，直到核糖体读取 mRNA的终止密码后，合成才停止。肽链合成后，被运送到各自的“岗位”，盘曲折叠成具有特定空间结构和功能的蛋白质，承担各项职责。 (7)产物：多肽（蛋白质） 遗传信息、密码子与反密码子：
注：1、对于以RNA为遗传物质的病毒来说，遗传信息贮存在RNA中。 2、密码子共有64种，但有3种为终止密码子；对应氨基酸的密码子有61种，所有生物共用一套遗传密码。 3、tRNA上反密码子所含的碱基有3个，但整个tRNA不止3个碱基。知识拓展：1、DNA在细胞核内，合成蛋白质的核糖体在细胞质中，遗传信息传递如何克服空间上的隔离？[提示]DNA在细胞核内转录出mRNA，mRNA 携带遗传信息由细胞核经核孔进入细胞质，在核糖体上翻译出肽链，盘曲折叠形成蛋白质。 2、如何在短时间内由一条mRNA合成多个相同的蛋白质？[提示]-条mRNA与多个核糖体结合，形成多聚核糖体，这样一条mRNA就可在短时间内翻译出多条肽链。细胞的分化及其意义:1、细胞的分化的概念：在个体发育中，相同细胞的后代，在形态、结构和生理功能上发生稳定性差异的过程。2、细胞分化的基础和实质 (1)分化的基础：每个细胞都含有一套与受精卵完全相同的染色体，即携带有本物种的全部遗传信息。(2)分化的实质：是在遗传物质的控制下合成特异性蛋白质的过程，即基因的选择性表达。 3、细胞分化的过程（1）从细胞水平分析：细胞形态、结构和功能改变的结果。（2）从亚显微结构水平分析：细胞器的数目及细胞质基质成分和功能改变的结果。（3）从分子水平分析 ①蛋白质角度：蛋白质种类、数量、功能改变的结果。 ②基因角度：基因选择性表达的结果，这是细胞分化的根本原因。4、细胞分化的特点（1）持久性：细胞分化贯穿于生物体整个生命历程中，在胚胎期达到最大限度。（2）不可逆性：一般来说，分化了的细胞将一直保持分化后的状态，直到死亡。（3）普遍性：是生物界中普遍存在的生命现象，是生物个体发育的基础。（4）遗传物质不变性：细胞分化是伴随着细胞分裂进行的，亲代与子代细胞的形态、结构或功能发生改变，但细胞内的遗传物质却不变。 5、细胞分化的结果：形成形态、结构和功能不同的组织和器官。 6、细胞分化的意义（1）细胞分化是生物界普遍存在的生命现象，是生物个体发育的基础。(2)细胞分化使多细胞生物体内的细胞趋向专门化，有利于提高各种生物功能的效率。
&细胞增殖与细胞分化的区别分析：
细胞分化与细胞全能性的区别与联系：
知识点拨：1、过程：受精卵→增殖为多细胞→分化为组织、器官、系统→发育为生物体2、细胞分化程度由高至低的顺序是神经组织干细胞、骨髓造血干细胞、胚胎干细胞；造血干细胞还有可能分化成为其他组织的细胞，说明动物细胞也可能具有全能性，因为每个细胞都是由受精卵发育而来的，都具有全套的遗传物质。人们对干细胞的研究，可以对某些疾病进行治疗，可以进行医学上的组织修复，还可以帮助人们了解细胞的分化机制。知识拓展： 1、细胞的分裂是细胞分化的基础。细胞的分裂与分化往往是相伴相随的，随着细胞分化程度的加深，细胞的分裂能力逐渐下降。 2、细胞分裂结束后，细胞生活有三种状态：一是继续分裂增殖，如根尖分生区细胞；二是暂不分裂增殖，如植株上受顶芽抑制的侧芽细胞；三是不再进入细胞周期而发生分化，如人体的红细胞、神经细胞等。 3、判断细胞全能性的表达与细胞分化的依据是二者的终点不同，细胞分化的终点是组织、器官；细胞全能性表达的终点是完整个体。4、植物细胞的全能性易表现，动物细胞的全能性受限制，但动物细胞的细胞核仍具有全能性。5、细胞全能性高低与分化的关系：细胞全能性高低与分化程度成负相关，分化程度越大，全能性越低。 6、管家基因与奢侈基因（1）管家基因指所有细胞均要表达的一类基因，其产物是维持细胞基本生命活动所必需的，如呼吸酶基因。（2）奢侈基因是指不同类型细胞特异性表达的基因，其严物赋予不同细胞特异的生理功能，如血红蛋白基因、胰岛素基因。 遗传信息的转录:1、概念：在细胞核内，以DNA一条链为模板，按照碱基互补配对原则，合成RNA的过程。&2、转录 (1)场所：细胞核（主要） (2)模板：DNA片段（基因）的一条链 (3)原料：四种游离的核糖核苷酸 (4)酶：RNA聚合酶等 (5)过程第一步：DNA双链解开，碱基暴露出来。第二步：游离的核糖核苷酸随机地与DNA链上的碱基碰撞，当核糖核苷酸与DNA的碱基互补时，两者以氢键结合。第三步：新结合的核糖核苷酸连接到正在合成的 mRNA上。第四步：合成的mRNA从DNA上释放，而后DNA 双链恢复。 (6)产物：RNA 转录和复制的比较：
主要在细胞和内
只解有遗传效应的片段
亲代DNA的两条链均为模板
DNA的一条链上的某片段为模板
解旋酶、DNA聚合酶等
解旋酶、RNA聚合酶等
四种脱氧核苷酸
四种核糖核苷酸
两个子代DNA
RNA与DNA的区别：
知识点拨：1、RNA的组成与分类 （1）基本单位：核糖核苷酸。（2）组成成分 （3）特点 ①一般是单链，长度比DNA短。 ②能通过核孔从细胞核转移到细胞质中。4．RNA的种类、作用及结构
5、DNA、RNA中核苷酸成分比较 ①一定相同的成分：磷酸。 ②一定不同的成分：五碳糖。 ③可能相同可能不同的成分：含氮碱基(A、U、T、 G、C)。 科学研究方法：1、假说——演绎法①提出假设②演绎就是推理③实验验证假设和推理④得出结论2、同位素示踪法：同位素示踪法是利用放射性核素或稀有稳定核素作为示踪剂对研究对象进行标记的微量分析方法3、科学的研究方法包括：归纳法、类比推理法、实验法和演绎法。①归纳法：是从个别性知识，引出一般性知识的推理，是由已知真的前提，引出可能真的结论。它把特性或关系归结到基于对特殊的代表（token）的有限观察的类型；或公式表达基于对反复再现的现象的模式（pattern）的有限观察的规律。②类比推理法：类比推理这是科学研究中常用的方法之一。类比推理是根据两个或两类对象有部分属性相同，从而推出它们的其他属性也相同的推理。简称类推、类比。它是以关于两个事物某些属性相同的判断为前提，推出两个事物的其他属性相同的结论的推理。③实验法：通过试验的论证得出所需数据，进行分析后得出结论。分为：化学物质的检测方法；实验结果的显示方法；实验条件的控制方法；实验中控制温度的方法④演绎法：从普遍性结论或一般性事理推导出个别性结论的论证方法。演绎法得出的结论正确与否，有待于实践检验。它只能从逻辑上保证其结论的有效性，而不能从内容上确保其结论的真理性。也可以从逻辑思维，逆向思维和想象思维延伸到其结论该以反证明。4、实验必须遵守的原则：①设置对照原则：空白对照；条件对照；相互对照；自身对照。②单一变量原则；③平行重复原则5、实验的特性：对照，统一性质。提出问题；设计方案；讨论结果；分析问题。分为科学实验；验证性实验；对照实验等。知识拓展：1、生物学的历史研究进展和相关实验的叙述。（1）孟德尔的假说——演绎法叙述①提出假设（如孟德尔根据亲本杂交实验，得到F1，Aa这对基因是独立的，在产生配子时相互分离。这里假设的是一对等位基因的情况）；②演绎就是推理（如果这个假说是正确的，这样F1会产生两种数量相等的配子，这样测交后代应该会产生两种数量相等的类型）；③最后实验验证假设和推理（测交实验验证，结果确实产生了两种数量相等的类型）；④最后得出结论（就是分离定律）（2）遗传物质验证的三个实验：肺炎双球菌的转化实验；噬菌体侵染细菌的实验；烟草花叶病毒的重组实验（3）酶发现过程中的实验：①1777年，苏格兰医生史蒂文斯从胃里分离一种液体（胃液），并证明了食物的分解过程可以在体外进行。②1834年，德国博物学家施旺把氯化汞加到胃液里，沉淀出一种白色粉末。除去粉末中的汞化合物，把剩下的粉末溶解，得到了一种浓度非常高的消化液，他把这粉末叫作“胃蛋白酶”（希腊语中的消化之意）。同时，两位法国化学家帕扬和佩索菲发现，麦芽提取物中有一种物质，能使淀粉变成糖，变化的速度超过了酸的作用，他们称这种物质为“淀粉酶制剂”（希腊语的“分离”）。科学家们把酵母细胞一类的活动体酵素和像胃蛋白酶一类的非活体酵素作了明确的区分。③1878年，德国生理学家库恩提出把后者叫作“酶”。④1897年，德国化学家毕希纳用砂粒研磨酵细胞，把所有的细胞全部研碎，并成功地提取出一种液体。他发现，这种液体依然能够像酵母细胞一样完成发酵任务。这个实验证明了活体酵素与非活体酵素的功能是一样的。因此，“酶”这个词现在适用于所有的酵素，而且是使生化反应的催化剂。由于这项发现，毕希纳获得了1907年诺贝尔化学奖（4）生长素的发现实验：植物的向光生长和胚芽鞘实验2、同位素示踪方法的应用，使人们可以从分子水平动态地观察生物体内或细胞内生理、生化过程，认识生命活动的物质基础。例如，用C、O等同位素研究光合作用，可以详细地阐明叶绿素如何利用二氧化碳和水，什么是从这些简单分子形成糖类等大分子的中间物，以及影响每步生物合成反应的条件等。3、放射性同位素示踪技术，是分子生物学研究中的重要手段之一，对蛋白质生物合成的研究，从DNA复制、RNA转录到蛋白质翻译均起了很大的作用。最近邻序列分析法应用同位素示踪技术结合酶切理论和统计学理论，研究证实了DNA分子中碱基排列规律，在体外作合成DNA的实验：分四批进行，每批用一种不同的32P标记脱氧核苷三磷酸，32P标记在戊糖5'C的位置上，在完全条件下合成后，用特定的酶打开5'C－P键，使原碱基上通过戊糖5'C相连的32P移到最邻近的另一单核苷酸的3'C上。用最近邻序列分析法首次提出了DNA复制与RNA转录的分子生物学基础，从而建立了分子杂交技术，例如以噬体T2-DNA为模板制成[32P]RNA，取一定量T2-DNA和其它一些DNA加入此[32P]RNA中，经加热使DNA双链打开，并温育，用密度梯度离心或微孔膜分离出DNA-[32P]RNA复合体测其放射性，实验结果只有菌体T2的DNA能与该[32P]RNA形成放射性复合体。从而证明了RNA与DNA模板的碱基呈特殊配对的互补关系，用分子杂交技术还证实了从RNA到DNA的逆转录现象。4、放射性同位素示踪技术对分子生物学的贡献还表现在：a、对蛋白质合成过程中三个连续阶段，即肽链的起始、延伸和终止的研究；b、核酸的分离和纯化；c、核酸末端核苷酸分析，序列测定；d、核酸结构与功能的关系；e、RNA中的遗传信息如何通过核苷酸的排列顺序向蛋质中氨基酸传递的研究等等。为了更好地应用放射性同位素示踪技术，除了有赖于示踪剂的高质量和核探测器的高灵敏度外，关键还在于有科学根据的设想和创造性的实验设计以及各种新技术的综合应用。
发现相似题
与“染色质是由DNA、组蛋白和非组蛋白等成分组成的。为了探究非组蛋白..”考查相似的试题有：
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