引物二聚体的分段依据是什么

请回答PCR方面的有关问题:(1)引物是扩增过程中必须加入的物质,从化学本质上说,引物是一小段_______________。(2)引物是子链合成延伸的基础,如下图。从理论上推测。第四轮循环产物中两条脱氧核苷酸链等长的DNA片段所占DNA总数的比例为。(3)设计引物是PCR技术关键步骤之一。某同学设计的一组引物(只标注了部分碱基序列)不合理(如下图),请说明理由。(4)在DNA聚合酶的作用下,两条子链的延伸方向都是。(5)假如引物都用3H标记,从理论上计算,所得DNA分子中含有3H标记的占。(6)与体内DNA复制相比,PCR反应体系除引物外,还需加入哪种特别的物质?。(1)DNA或RNA(2)50%(3)引物Ⅰ′自身折叠后会出现局部碱基互补配对而失效(4)从子链的5′端向3′端延伸(5)100%(6)Taq酶河北省衡水中学11-12学年高二下学期期末考试(生物)答案
(1)DNA或RNA? (2)50%(3)引物Ⅰ′自身折叠后会出现局部碱基互补配对而失效(4)从子链的5′端向3′端延伸(5)100%(6)Taq 酶相关试题在高中阶段,PCR技术中引物的作用是什么
oogjap0005e
一小段寡聚的DNA,一般有两个(一对),分为上游引物和下游引物,分别指导DNA两条链的聚合.它们主要作用有两个,一个是和模板特异性结合来指导taq聚合酶合成所要的片段.一个是提供一个3‘端的-OH末端,只有拥有一个-OH末端,DNA聚合酶才能合成DNA.在体内是由小段的RNA来提供的,在体外PCR试验中则用DNA,因为DNA比RNA稳定易于储存.
不容易啊~选我吧.
谢谢,题中问引物的作用,该怎么简练的回答
指导DNA两条链的聚合
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引物(primer),又名引子。是一小段单链DNA或RNA,作为DNA复制的起始点,在合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链,在引物的3′-OH上,核苷酸以二酯链形式进行合成,因此引物的3′-OH,必须是游离的。之所以需要引物是因为在DNA合成中DNA聚合酶仅仅可以把新的核苷酸加到已有的DNA链上。
外文名称 primer
类型 RNA引物、DNA引物
引物长度 18-27 bp,不大于38
GC 含量 一般为 40-60%
Tm 值 在 72℃左右
引物(primer),是一小段单链DNA或RNA,作为DNA复制的起始点,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链,在引物的3′-OH上,核苷酸以二酯链形式进行合成,因此引物的3′-OH,必须是游离的。
存在有自然中生物的DNA复制引物(RNA引物)和聚合酶链式反应()中人工合成的引物(通常为DNA引物)。一般所说引物,指DNA引物,以下简称引物。
引物是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。在PCR(聚合酶链式反应)技术中,已知一段目的基因的核苷酸序列,根据这一序列合成引物,利用PCR扩增技术,目的基因DNA受热变性后解链为单链,引物与单链相应互补序列结合,然后在作用下进行延伸,如此重复循环,延伸后得到的产物同样可以和引物结合。PCR引物设计的目的是找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。如前述,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功,但遵循某些原则,则有助于引物的设计。
引物的最佳设定区域
DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。
引物长度一般在15~30碱基之间
引物长度(primer length)常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。
引物GC含量在40%~60%间,Tm值最好近72℃
GC含量(composition)过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。另外,上下游引物的Tm值(melting temperature)是寡核苷酸的解链温度,即在一定盐浓度条件下,50%寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度,一般高于Tm值5~10℃。若按公式Tm= 4(G+C)+2(A+T)估计引物的Tm值,则有效引物的Tm为55~80℃,其Tm值最好接近72℃以使复性条件最佳。
引物3′端要避开密码子的第3位
如扩增编码区域,引物3′端不要终止于密码子的第3位,因密码子的第3位易发生简并,会影响扩增的特异性与效率。
引物3′端不能选择A,最好选择T
引物3′端错配时,不同碱基引发效率存在着很大的差异,当末位的碱基为A时,即使在错配的情况下,也能有引发链的合成,而当末位链为T时,错配的引发效率大大降低,G、C错配的引发效率介于A、T之间,所以3′端最好选择T。
碱基要随机分布
引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错误引发(False priming)。降低引物与模板相似性的一种方法是,引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过3个连续的G或C,因这样会使引物在GC富集序列区错误引发。
引物自身及引物之间不应存在互补序列
引物自身不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹结构(Hairpin)使引物本身复性。这种二级结构会因空间位阻而影响引物与模板的复性结合。引物自身不能有连续4个碱基的互补。两引物之间也不应具有互补性,尤其应避免3′ 端的互补重叠以防止引物二聚体(Dimer与Cross dimer)的形成。引物之间不能有连续4个碱基的互补。 引物二聚体及发夹结构如果不可避免的话,应尽量使其△G值不要过高(应小于4.5kcal/mol)。否则易导致产生引物二聚体带,并且降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行。
5′端和中间G值应相对较高3′端较低
△G值是指DNA 双链形成所需的自由能,它反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性,△G值越大,则双链越稳定。应当选用5′ 端和中间△G值相对较高,而3′ 端△G值较低(绝对值不超过9)的引物。引物3′ 端的△G 值过高,容易在错配位点形成双链结构并引发DNA 聚合反应。(不同位置的△G值可以用Oligo 6软件进行分析)
引物的5′端可以修饰,而3′端不可修饰
引物的5′ 端决定着PCR产物的长度,它对扩增特异性影响不大。因此,可以被修饰而不影响扩增的特异性。引物5′ 端修饰包括:加酶切位点;标记生物素、荧光、地高辛、Eu3+等;引入蛋白质结合DNA序列;引入点突变、插入突变、缺失突变序列;引入序列等。引物的延伸是从3′ 端开始的,不能进行任何修饰。3′ 端也不能有形成任何二级结构可能。
扩增产物的单链不能形成二级结构
某些引物无效的主要原因是扩增产物单链二级结构的影响,选择扩增片段时最好避开二级结构区域。用有关软件(比如RNAstructure)可以预测估计mRNA的稳定二级结构,有助于选择模板。实验表明,待扩区域自由能(△G°)小于58.6l kJ/mol时,扩增往往不能成功。若不能避开这一区域时,用7-deaza-2′-脱氧GTP取代dGTP对扩增的成功是有帮助的。
引物应具有特异性
引物设计完成以后,应对其进行BLAST检测。如果与其它基因不具有互补性,就可以进行下一步的实验了。值得一提的是,各种模板的引物设计难度不一。有的模板本身条件比较困难,例如GC含量偏高或偏低,导致找不到各种指标都十分合适的引物;用作克隆目的的PCR,因为产物序列相对固定,引物设计的选择自由度较低。在这种情况只能退而求其次,尽量去满足条件。做Real Time时,用于SYBR Green I法时的一对引物与一般PCR的引物,在引物设计上所要求的参数是不同的。引物设计的要求:●避免重复碱基,尤其是G.●Tm=58-60度。●GC=30-80%.●3'端最后5个碱基内不能有多于2个的G或C.●正向引物与探针离得越近越好,但不能重叠。●PCR扩增产物长度: 引物的产物大小不要太大,一般在80-250bp之间都可;80~150 bp最为合适(可以延长至300 bp)。●引物的退火温度要高,一般要在60度以上;要特别注意避免引物二聚体和非特异性扩增的存在。而且引物设计时应该考虑到引物要有不受基因组DNA污染影响的能力,即引物应该跨外显子,最好是引物能跨外显子的接头区,这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。做染料法最关键的就是寻找到合适的引物和做污染的预防工作。对于引物,你要有从一大堆引物中挑出一两个能用的引物的思想准备---寻找合适的引物非常不容易。关于BLAST的作用应该是通过比对,发现你所设计的这个引物,在已经发现并在GENEBANK中公开的不物种基因序列当中,除了和你的目标基因之外,还有没有和其他物种或其他序列当中存在相同的序列,如和你的目标序列之外的序列相同的序列,则可能扩出其他序列的产物,那么这个引物的特异性就很差,从而不能用。
■Oligo 6Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件,除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外,还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能:● 已知一个PCR引物的序列,搜寻和设计另一个引物的序列;●按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物;● 对环型DNA片段,设计反向PCR引物;●设计多重PCR引物;●为LCR反应设计探针,以检测某个突变是否出现;●分析和评价用其他途径设计的引物是否合理;●同源序列查找,并根据同源区设计引物;●增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中,可以"Lock"每个参数,如Tm值范围和引物3’端的稳定性等;● 以多种形式存储结果;支持多用户,每个用户可保存自己的特殊设置。■Primer Premier 5.0Primer Premier 5.0 是一种用来帮助研究人员设计最适合引物的利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力的理想引物也可以设计出用于扩增长达50kb以上的PCR产物的引物序列。该软件主要由GeneTank 序列编辑,Primer 引物设计,Align 序列比较,Enzyme 酶切分析和Motif 基序分析等几个主要功能板块组成。
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内容来源于
{{if list && list.length}}【分段】分段的意思
分段[fēn duàn]相关:犹分断。《新五代史·司天考一》:“自古诸历,分段失实,隆降无準。”按时间或区域分成几个部分。《中国农村的社会主义高潮·双城县十一区的生产规划》:“大的农业基本建设,如修大防洪闸、植护田林由区统一组织各村分段负责。”划分文章的段落。 张天翼 《春风》:“标点点得很清楚,分段也分得很清楚。”见“ 分段身 ”。
分段造句利用中深孔凿岩的分段留矿嗣后充填采矿法能适用于铜绿山矿大部分矿体,因此非常有必要在铜绿山矿推广使用此种采矿方法。这个分段上的工作在装配工厂处理。建立了“分段静态平衡移样法”,有效的避免了分析过程中因各同位素质量数的不同而导致的同位素分馏问题。设计7对引物,分段扩增白念珠菌酵母相和菌丝相细胞的ERG11基因。历经三年时间,下穿金马河埋设输气管道的方案终于得到长江水利委员会的批准;而今,金马河上正以“大开挖”方式分段埋设输气管道。历史学一旦完成理想化的数学化,其中的必然性事物会形成决定型函数,偶然性事物会形成分段函数。对此,汉南区东城垸堤防分段的解释竟是:弥补因洪水造成的经济损失。图为学生排着整齐的队伍,高兴的来到洞纺社区内,分段包干进行垃圾清扫。在本文中,我们将讨论耐克森公司如何开发符合要求的电缆接头、终端以及插拔头,其中特别值得注意的是护套分段绝缘接头。为避免由于分段策略所潜在引发的播放抖动问题,对相应的预取算法进行了理论分析。本文来源:分享:以上内容是否解决了你的问题:太复杂,看不懂不是我要的答案其他问题上一篇下一篇猜你喜欢相关词语相关的字相关成语相关近反义词相关歇后语相关诗词随机成语故事 1   【典故】若不早图,后君噬齐(脐),其及图之乎?《... 2
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引物设计原则:1、长度:15—30bp,其有效长度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大于38,否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74度),从而降低产物的特异性.2、G十c含量:应在45%一55%之间,PCR扩增中的复性温度一般是较低Tm值引物的Tm值减去5—10度.引物长度小于20时,其Tm恒等于4×(G十C)十2×(A十T).3、碱基分布的随机性:应避免连续出现4个以上的单一碱基.尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或C,否则会使引物在G十C富集序列区错误引发.4、引物自身:不能含有自身互补序列,否则会形成发夹样二级结构.5、引物之间:两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基,不然会形成引物二聚体,尤应避免3’端的互补重叠.
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