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牡丹SSR分子标记的开发及其在亲缘关系分析中的应用
【摘要】：牡丹(Paeonia Sect. Moutan)隶属于芍药属牡丹组,是我国特产传统名花,被誉为“花王”,具有重要的观赏、药用和油用价值。随着牡丹育种事业的发展及全球化的广泛栽培,许多关于牡丹种问亲缘关系、栽培种起源及分子标记辅助育种等问题迫切需要可靠的分子标记。本研究以凤丹(P. ostii T. HongJ. X. Zhang)为材料,采用“磁珠富集法”开发SSR分子标记,探讨其在芍药组植物中的通用性,并利用所开发标记研究牡丹种与品种及品种之间的亲缘关系,主要结果如下：
1、利用“磁珠富集法”构建牡丹微卫星富集文库,从中挑取237个阳性克隆并测序,得到91条含115个SSR序列,设计出79对引物,经筛选共有36对扩增出单一清晰条带,其中12对为多态性引物,24对为单态型引物。检测上述多态性引物在近缘物种芍药中的通用性,结果表明多数引物在近缘物种中具有较高的通用性。
2、利用所开发的12对多态性引物分析48个牡丹种及品种的亲缘关系。12对引物在48个牡丹样本中共扩增得到42个等位位点,多态信息含量为0.257～0.794,平均0.468；Shannon多样性指数为0.594～1.771,平均0.906，说明所得SSR位点遗传多样性较丰富。聚类分析结果显示紫斑牡丹是西北牡丹品种群的主要原种之一,且二者与四川牡丹有较近的亲缘关系；凤丹参与了中原牡丹品种群的起源；Lemoinei系个体与中原牡丹品种群个体也有一定的亲缘关系。主成分分析所得结果与聚类分析基本一致。
【关键词】：
【学位授予单位】：北京林业大学【学位级别】：硕士【学位授予年份】：2013【分类号】：S685.11【目录】：
摘要5-6ABSTRACT6-111. 引言11-29 1.1 遗传标记的发展概况11-16
1.1.1. 形态标记12
1.1.2. 细胞学标记12
1.1.3. 生化标记12-13
1.1.4. 分子标记13-16 1.2 SSR标记的开发及其在植物研究中的应用16-22
1.2.1. SSR标记的特点16
1.2.2. SSR标记的开发方法概述16-20
1.2.3. SSR标记在植物研究中的应用20-22 1.3 牡丹亲缘关系研究进展22-26
1.3.1. 牡丹组种间亲缘关系研究进展22-24
1.3.2. 牡丹组品种间亲缘关系研究进展24-25
1.3.3. 牡丹组种与品种间亲缘关系研究进展25-26 1.4 本研究的目的意义及技术路线26-292. 牡丹SSR标记的开发及通用性检测29-51 2.1 实验材料29-30 2.2 实验方法30-40
2.2.1. 提取基因组DNA30-31
2.2.2. 选择适当的限制性内切酶处理基因组DNA31-32
2.2.3. SUPERSNX24接头与DNA片段连接32-33
2.2.4. DYNABEAD磁珠富集含微卫星序列的DNA片段33-35
2.2.5. 含微卫星序列的DNA片段与质粒载体连接35
2.2.6. DNA片段与载体连接后的转化35
2.2.7. 筛选阳性克隆35-36
2.2.8. PCR检测阳性克隆并测序36
2.2.9. 分析序列并设计引物36-37
2.2.10. 筛选引物37-38
2.2.11. 多态性引物筛选及通用性研究38
2.2.12. 丙烯酰胺凝胶电泳38-40 2.3 结果与分析40-48
2.3.1. 基因组DNA提取40
2.3.2. 限制性内切酶处理基因组DNA40-41
2.3.3. 接头与DNA片段连接后的PCR扩增41
2.3.4. DYNABEAD磁珠富集含微卫星的DNA片段41-42
2.3.5. 筛选阳性克隆并用PCR检测后测序42-43
2.3.6. 序列分析及引物设计43-44
2.3.7. 筛选引物44
2.3.8. 筛选多态性引物44-47
2.3.9. 引物的通用性检测47-48 2.4 讨论48-51
2.4.1. 凤丹基因组DNA的提取48
2.4.2. 限制性内切酶的选择48
2.4.3. 微卫星的富集效率48-49
2.4.4. 微卫星重复基元49
2.4.5. 引物通用性检测49-513. 牡丹亲缘关系分析51-65 3.1 材料与方法51-55
3.1.1. 实验材料51
3.1.2. 提取基因组DNA51-53
3.1.3. 荧光PCR检测53-54
3.1.4. 数据分析54-55 3.2 结果与分析55-61
3.2.1. SSR标记的遗传多样性分析55-58
3.2.2. 牡丹群体的聚类分析58-60
3.2.3. 牡丹群体的主成分分析60-61 3.3 讨论61-65
3.3.1. SSR标记的遗传多样性61-62
3.3.2. 聚类分析与主成分分析62-654. 结论65-66缩略词66-67参考文献67-77个人简介77-79导师简介79-81获得成果目录81-83致谢83
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3秒自动关闭窗口SSR分子标记在玉米遗传育种中的应用--《内蒙古农业大学》2009年硕士论文
SSR分子标记在玉米遗传育种中的应用
【摘要】：
本文以内蒙古农牧业科学院玉米研究中心及外引的共34个玉米自交系做材料,采用不完全双列杂交设计,组配了90个杂交组合,通过总配合力的效应值对这些材料进行相关分析;用SSR分子标记技术和自交系的16个性状的田间调查结果对34个玉米自交系材料进行了杂种优势群及遗传距离的研究;利用SSR分子标记筛选出了一些在玉米自交系上具有较高多态性的SSR引物,并对用分子标记和大田性状这两种聚类结果进行比较,主要结果如下:
1.根据自交系的16个田间性状的调查结果对34份材料进行聚类分析,将供试材料分为4个类群,分类结果与材料的系谱关系基本一致。
2.利用SSR分子标记对34个玉米自交系进行了杂种优势群的划分。6对SSR引物在供试材料中共检测出45个等位基因的变异,每对引物检测出的等位基因数在5～11个之间,平均7.5个,多态信息量变化范围为0.758～0.888,平均多态信息量为0.826。
3.根据SSR指纹图谱,利用Word’s法将供试玉米自交系系划分为四大类群:第Ⅰ类群有6份种质,第Ⅱ类群8份种质,第Ⅲ类群7份种质,第Ⅳ类群13份种质。划分结果与种质系谱法的分类结果基本一致。
4.用两种方法都能将34份供试材料分类,两种方法的分类结果有较好的一致性,SSR标记的遗传距离与F1的特殊配合力及单株产量的相关性达到了显著水平。由实验验证,利用SSR分子标记对玉米自交系进行杂种优势群的划分是切实可行的。
5.建立了一套优化的SSR-PCR体系。1:预变性93℃,12:变性93℃,13:退火温度56～65℃(以材料而定),24:延伸72℃,25:复延伸72℃,5其中步骤2～4的循环数为30～35,以材料而定。
6.本实验对新选育成的部分玉米自交系材料划分了杂种优势群,同时发现了一些高产优势组合,为材料的进一步利用提供了理论性指导。
【关键词】：
【学位授予单位】：内蒙古农业大学【学位级别】：硕士【学位授予年份】：2009【分类号】：S513【目录】：
Abstract4-9
1 引言9-21
1.1 玉米起源与生产现状9
1.2 种质资源9-19
1.2.1 玉米种质资源的重要性9-10
1.2.2 国内外玉米种质资源研究概况10-11
1.2.3 玉米种质资源存在的问题及解决途径11-12
1.2.4 玉米种质资源基础类群划分方法12-19
1.3 SSR 分子标记技术在玉米遗传育种中的应用19-21
1.4 本研究的目的及意义21
2 材料和方法21-29
2.1 试验材料21-25
2.1.1 参试玉米自交系21-22
2.1.2 试剂及溶液配制22-23
2.1.3 引物23-24
2.1.4 主要仪器设备24-25
2.2 试验方法25-29
2.2.1 形态学性状分析25
2.2.2 SSR 分析25-29
3 试验结果分析29-39
3.1 玉米自交系种质资源形态学类群划分29-31
3.2 应用SSR 分子标记技术对玉米自交系的类群划分31-36
3.2.1 DNA 的提取31
3.2.2 SSR 反应体系和反应程序的优化31-32
3.2.3 SSR 引物的筛选32
3.2.4 SSR 扩增及其多态性分析32-34
3.2.5 SSR 聚类分析34-36
3.3 SSR 分子标记和形态学标记的比较36-37
3.4 SSR 分子标记的遗传距离与F_1产量、产量配合力的相关关系37-39
3.4.1 田间试验分析37-39
3.4.2 分子标记遗传距离与F_1产量、产量配合力的相关关系39
4 讨论39-43
4.1 关于种质资源基础类群划分的方法39-40
4.2 对SSR 体系的优化40
4.3 玉米遗传多样性研究中SSR 标记引物的选择40-41
4.4 SSR 标记在划分玉米杂种优势群中的可行性探讨41-42
4.5 SSR 标记遗传距离与杂种优势预测42-43
4.6 杂种优势群划分和杂种优势模式利用的探讨43
5 结论43-44
参考文献45-50
作者简介58
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【引证文献】
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