有用过blast2go和mapman图如何看软件做生物信息分析的么，求使用方法及原理，最好具体清楚些

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2014-12-11 01:47 标签： mapman软件
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Blast2go怎么安装和做GO分析？
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这个帖子发布于7年零272天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
Blast2go怎么安装和做GO分析？网站上都是英文的，我看的不是很懂，请高手帮忙一下，谢谢了
不知道邀请谁？试试他们
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安装起来确实有点复杂，首先你的安装JRE环境，再下载各种库（大约7GB左右），最后进行库的数据库化和安装调试。
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你可以用web based的，就不用占用你的硬盘了。
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哪位用过的告诉我怎吗回事这是 急求大家帮忙！！！！！我装blast2go时用 java web start 打开然后是下载应用程序 但快结束时候 出现错误 无法加载资源：
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下载512Mb的就行
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做Go分析，为什么不用David？
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xiaoyu0319 做Go分析，为什么不用David？好像David只能分析人类的吧？
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wcbksl 好像David只能分析人类的吧？不止啊，很多物种都可以的
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DAVID 与 Blast2GO解决的不是一种问题
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最近老师给任务要做GO分类，我搜了下网友们是怎么弄的，然后我在网上下了个软件blast2go并且能打开了，然后导入一千多条序列后进行比对（我在网上看到贴子说要下好多好多数据库，俺怎么弄都弄不成，于是直接在软件上操作）,比对完后发现一千多条序列就只有几条有注释，在GO IDs栏里看到了。于是我想按照网友们的方法去弄，下数据库啊那些，但怎么弄就是弄不成，真不知道该怎么做了，求高人指点指点，俺实在是要奔溃了。
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求软件做RNA-Seq 数据的GO 富集分析
rna-seq数据，物种为非模式生物，有未注释的基因组序列。 已经进行了如下分析：6万多个基因用blastx比对了nr数据库，用得到的xml文件做了mapping GO term。现在想做 GO enrichment analysis.
我知道blast2go可以做，可是把比对nr的结果上传到blast2go后，map GO term 超级慢，可blast2go好像不能用其它软件的map GOterm的结果。看了一下R packages的说明书，还是不知道怎么做。
请有经验的虫友指点一下，谢谢！
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随时随地聊科研生物信息学（116）
blast2GO是用序列相似性得到go的信息，而网上很多软件要么针对某个蛋白的，要么就是只能网上运行的，还有就是只有windows的，烦- -
但如果用名字对应会怎么样，尝试了一番记录如下：
我们的序列先进行blast Nr库得到的是比对的蛋白序列，名字有gi号和refseq号；
NCBI FTP里面有个gene2go的文件，发现是geneid对应go号；
又从FTP里面发现了gene2refseq文件，是geneid对应gi号；
好了，由此我们可以把这三者进行了串联，结果发现了350多条对应关系，而blast2go的结果有303，\(^o^)/~！
但是我将两者取了交集之后，发现只有5个！只有5个！只有5个！！！瞬间伐开心。。。
所以我在想是不是有几种情况要考虑：
首先是过滤，我们blast的参数都是设定好的，当然可以过滤一部分，程序里面取的是在数据库里面有的且最好的，但blast2go肯定做了另一种过滤；
其次是数据库，blast2go可能取了不仅仅是NCBI里面的gene2go，还有其他的，还没搞明白；
最后是程序，是不是blast2go用了层次关联排除了一部分，挖出了一部分，我简直是醉了！！！
还有就是2016年了，做个小总结，虽然有几个月没更新（心烦的事情），但最终暂时解决了，明年会怎样？
参考知识库
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