[转载]群体结构推断软件Structure&2.2使用指南
群体遗传学——群体结构推断软件Structure
2.2使用指南（软件视频演示在邮箱）
http://pritch.bsd.uchicago.edu/structure.html
The basic algorithm was described by Pritchard, Stephens
& Donnelly (2000). Extensions to the method were
published by Falush, Stephens and Pritchard (2003) and (2007) and
by Hubisz, Falush, Stephens and Pritchard (2009).
1、待分析数据文件的编辑
可新建文本文件并命名为project_data，以文本编辑的方式编辑数列：
第一列：样品代码，每一样品占两行，每一行为其一个基因型，如样品1的基因型为AA，样品2的基因型为AT，样品3的基因型为TT，则编辑为：
如果有多个等位基因，可以按1，2，3，4，5等顺序编码各样品的基因型；
第二列：人群代码，即第一群人的代码全为1，第二群人的代码全为2，第三群人的代码全为3；
第三列：位点1的分型结果。如上所述，如果有2个等位基因，可用1、2代表；如果有多个等位基因，可分别以1，2，3，4，5等代表；
第四列：位点2的分型结果。编码方法同上。
2、打开Structure软件，选择File--&OPEN DATA
FILE--&选中所编辑好的打他data文件，查看格式、数据，如有修改应保存退出；
3、选择File--&NEW PROJECT--&STEP
1--&命名Project
Name--&选择存放路径--&选择保存过的待分析文件；
4、STEP 2--&填入待分析样品数量，如220--&Ploidy of
data即选择单倍体或二倍体，选2--&Number of
loci，选位点个数--&MiMissing data value，一般选-9；
5、STEP 3--&依次选择row of marker names, row of recessive
alleles, map distance between loci, phase
information等，没有就不选；最下面，如果没有data file stores data for individuals in
a single line就不选；
6、STEP 4--&Individual ID for each individual(选择)
，putative population origin for each individual（选择），USEPOPINFO
selection flag(不选)，Phenotype information（不选），other extra
column（不选）以及number of extra column（不选）；
7、点击“Finish”；Proceed；
8、点击Parameter set--&new--&length of
burnin peroid (填写10000)--&Number of MCMC Reps after
burnin (填写10000);
9、Ancestry Models，Allele frequency model，Advanced等均选Default
enter the name: 输入名字，运行完毕将产生一个由该名字命名的文件夹以保存运算结果和绘图。
10、点击“Start a job”，单击选中命名的文件夹名称，设置K从2到7等，其它不选，点击Start。
此处注意：在structure软件的第10步中，如果点击了并不运行（很多电脑会出现这种情况），不要紧，关了软件，重新加载工程就可以（刚才保存的工程），勿须再去重建工程，否则同样的事情会发生----依然不能运行。。
11、点击“Plotting”，选择刚才命名job的名字，result file选择run_1,
run_2等，即可看到聚类的三角图形。
12、注意：运行完毕后产生的以“job名字”命名的文件夹中自动含有project_data文件，其内容与最初编辑的project_data文件完全一致，故原编辑的project_data文件可以删去。
柱形图绘制软件Distruct使用指南当Structure软件运行完毕获得结果后，往往需要以CLUMPP或distruct软件绘制柱形图。distruct用法如下：
1、从http://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/distruct.html下载并解压缩Distruct
1.1压缩包，可以看到含7个以casia为名的文件及5个名字字首为distruct的文件，还有一个drawparams的文件和一个颜色文件夹；
2、运行casia.postscript文件，应该能产生一个含9个群体柱形图的casia.pdf文件，这表明系统及软件正常；
3、打开casia.popq和casia.indivq将其原内容清空并置换为前述Structure软件运行后所产生的_run_1_f文件的内容（拷贝并粘贴），其中_run_1_f文件同时含有individual和population两者的数据。以Word打开casia.indivq文件，将_run_1_f文件后半部分的内容自“Inferred
ancestry of
individuals”行以下的数据拷贝并粘贴到casia.indivq文件中，全部替换原来的210行数据；以Excel打开casia.popq文件，将_run_1_f文件前半部分含有“Proportion
of membership of each pre-defined population in each of the 3
clusters”的行下面的数据拷贝并粘贴到casia.popq中，并替换原来的内容（K=3是可变的！）。新产生的内容注意仍然保持原来210行数据的那种格式。
4、打开casia.languages文件，将原内容
“50 Indo-European
51 Dravidian
57 Indo-European
59 Indo-European
58 Indo-European
52 Linguistic isolate
54 Indo-European
629 Altaic
699 Altaic
56 Indo-European”
替换为现内容
保存为原格式；
5、打开casia.names文件，将原内容
"50 Balochi
57 Makrani
52 Burusho
56 Kalash"
替换为现内容
保存为原格式；
6、打开casia.perm文件，将原内容
3 blue_Purple"
中的4、5颜色删去，并保存为原格式；
7、以文本格式打开drawparams文件，将drawparams文件中的
// (int) number of clusters&
#define NUMPOPS
// (int) number of pre-defined populations
#define NUMINDS 210& // (int) number of
individuals
中的5，9，210改为3，3，220，并保存；
8、将原distruct1.1文件夹中的casia_f文件删去，将_run_1_f文件整个拷贝并粘贴到解压缩后获得的distruct1.1文件夹中，重命名为casia_f；
9、运行distruct1.1文件夹中的distructWindows1.1应用程序，将修改导入Windows系统；
10、点击casia.postscript文件即可产生casia.pdf文件，这便是所需的结果。
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群体遗传学——人群结构推断软件Structure
2.2使用指南
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The basic algorithm was described by Pritchard, Stephens
& Donnelly (2000). Extensions to the method were
published by Falush, Stephens and Pritchard (2003) and (2007) and
by Hubisz, Falush, Stephens and Pritchard (2009).
1、待分析数据文件的编辑
可新建文本文件并命名为project_data，以文本编辑的方式编辑数列：
第一列：样品代码，每一样品占两行，每一行为其一个基因型，如样品1的基因型为AA，样品2的基因型为AT，样品3的基因型为TT，则编辑为：
如果有多个等位基因，可以按1，2，3，4，5等顺序编码各样品的基因型；
第二列：人群代码，即第一群人的代码全为1，第二群人的代码全为2，第三群人的代码全为3；
第三列：位点1的分型结果。如上所述，如果有2个等位基因，可用1、2代表；如果有多个等位基因，可分别以1，2，3，4，5等代表；
第四列：位点2的分型结果。编码方法同上。
2、打开Structure软件，选择File--&OPEN DATA
FILE--&选中所编辑好的打他data文件，查看格式、数据，如有修改应保存退出；
3、选择File--&NEW PROJECT--&STEP
1--&命名Project
Name--&选择存放路径--&选择保存过的待分析文件；
4、STEP 2--&填入待分析样品数量，如220--&Ploidy of
data即选择单倍体或二倍体，选2--&Number of
loci，选位点个数--&MiMissing data value，一般选-9；
5、STEP 3--&依次选择row of marker names, row of recessive
alleles, map distance between loci, phase
information等，没有就不选；最下面，如果没有data file stores data for individuals in
a single line就不选；
6、STEP 4--&Individual ID for each individual(选择)
，putative population origin for each individual（选择），USEPOPINFO
selection flag(不选)，Phenotype information（不选），other extra
column（不选）以及number of extra column（不选）；
7、点击“Finish”；Proceed；
8、点击Parameter set--&new--&length of
burnin peroid (填写10000)--&Number of MCMC Reps after
burnin (填写10000);
9、Ancestry Models，Allele frequency model，Advanced等均选Default
enter the name: 输入名字，运行完毕将产生一个由该名字命名的文件夹以保存运算结果和绘图。
10、点击“Start a job”，单击选中命名的文件夹名称，设置K从2到7等，其它不选，点击Start。
11、点击“Plotting”，选择刚才命名job的名字，result file选择run_1,
run_2等，即可看到聚类的三角图形。
12、注意：运行完毕后产生的以“job名字”命名的文件夹中自动含有project_data文件，其内容与最初编辑的project_data文件完全一致，故原编辑的project_data文件可以删去。
柱形图绘制软件Distruct使用指南当Structure软件运行完毕获得结果后，往往需要以CLUMPP或distruct软件绘制柱形图。distruct用法如下：
1、从http://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/distruct.html下载并解压缩Distruct
1.1压缩包，可以看到含7个以casia为名的文件及5个名字字首为distruct的文件，还有一个drawparams的文件和一个颜色文件夹；
2、运行casia.postscript文件，应该能产生一个含9个群体柱形图的casia.pdf文件，这表明系统及软件正常；
3、打开casia.popq和casia.indivq将其原内容清空并置换为前述Structure软件运行后所产生的_run_1_f文件的内容（拷贝并粘贴），其中_run_1_f文件同时含有individual和population两者的数据。以Word打开casia.indivq文件，将_run_1_f文件后半部分的内容自“Inferred
ancestry of
individuals”行以下的数据拷贝并粘贴到casia.indivq文件中，全部替换原来的210行数据；以Excel打开casia.popq文件，将_run_1_f文件前半部分含有“Proportion
of membership of each pre-defined population in each of the 3
clusters”的行下面的数据拷贝并粘贴到casia.popq中，并替换原来的内容（K=3是可变的！）。新产生的内容注意仍然保持原来210行数据的那种格式。
4、打开casia.languages文件，将原内容
“50 Indo-European
51 Dravidian
57 Indo-European
59 Indo-European
58 Indo-European
52 Linguistic isolate
54 Indo-European
629 Altaic
699 Altaic
56 Indo-European”
替换为现内容
保存为原格式；
5、打开casia.names文件，将原内容
"50 Balochi
57 Makrani
52 Burusho
56 Kalash"
替换为现内容
保存为原格式；
6、打开casia.perm文件，将原内容
3 blue_Purple"
中的4、5颜色删去，并保存为原格式；
7、以文本格式打开drawparams文件，将drawparams文件中的
// (int) number of clusters&
#define NUMPOPS
9&&& // (int)
number of pre-defined populations
#define NUMINDS 210& // (int) number of
individuals
中的5，9，210改为3，3，220，并保存；
8、将原distruct1.1文件夹中的casia_f文件删去，将_run_1_f文件整个拷贝并粘贴到解压缩后获得的distruct1.1文件夹中，重命名为casia_f；
9、运行distruct1.1文件夹中的distructWindows1.1应用程序，将修改导入Windows系统；
10、点击casia.postscript文件即可产生casia.pdf文件，这便是所需的结果。
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2.2使用指南（软件视频演示发信问我要）
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Donnelly (2000). Extensions to the method were published by Falush,
Stephens and Pritchard (2003) and (2007) and by Hubisz, Falush,
Stephens and Pritchard (2009).
1、待分析数据文件的编辑
可新建文本文件并命名为project_data，以文本编辑的方式编辑数列：
第一列：样品代码，每一样品占两行，每一行为其一个基因型，如样品1的基因型为AA，样品2的基因型为AT，样品3的基因型为TT，则编辑为：
如果有多个等位基因，可以按1，2，3，4，5等顺序编码各样品的基因型；
第二列：人群代码，即第一群人的代码全为1，第二群人的代码全为2，第三群人的代码全为3；
第三列：位点1的分型结果。如上所述，如果有2个等位基因，可用1、2代表；如果有多个等位基因，可分别以1，2，3，4，5等代表；
第四列：位点2的分型结果。编码方法同上。
2、打开Structure软件，选择File--&OPEN DATA
FILE--&选中所编辑好的打他data文件，查看格式、数据，如有修改应保存退出；
3、选择File--&NEW PROJECT--&STEP 1--&命名Project
Name--&选择存放路径--&选择保存过的待分析文件；
4、STEP 2--&填入待分析样品数量，如220--&Ploidy of
data即选择单倍体或二倍体，选2--&Number of loci，选位点个数--&MiMissing data
value，一般选-9；
5、STEP 3--&依次选择row of marker names, row of recessive alleles,
map distance between loci, phase information等，没有就不选；最下面，如果没有data
file stores data for individuals in a single line就不选；
6、STEP 4--&Individual ID for each individual(选择) ，putative
population origin for each individual（选择），USEPOPINFO selection
flag(不选)，Phenotype information（不选），other extra column（不选）以及number
of extra column（不选）；
7、点击“Finish”；Proceed；
8、点击Parameter set--&new--&length of burnin peroid
(填写10000)--&Number of MCMC Reps after burnin (填写10000);
9、Ancestry Models，Allele frequency model，Advanced等均选Default
enter the name: 输入名字，运行完毕将产生一个由该名字命名的文件夹以保存运算结果和绘图。
10、点击“Start a job”，单击选中命名的文件夹名称，设置K从2到7等，其它不选，点击Start。
此处注意：在structure软件的第10步中，如果点击了并不运行（很多电脑会出现这种情况），不要紧，关了软件，重新加载工程就可以（刚才保存的工程），勿须再去重建工程，否则同样的事情会发生----依然不能运行。。
11、点击“Plotting”，选择刚才命名job的名字，result file选择run_1,
run_2等，即可看到聚类的三角图形。
12、注意：运行完毕后产生的以“job名字”命名的文件夹中自动含有project_data文件，其内容与最初编辑的project_data文件完全一致，故原编辑的project_data文件可以删去。
柱形图绘制软件Distruct使用指南当Structure软件运行完毕获得结果后，往往需要以CLUMPP或distruct软件绘制柱形图。distruct用法如下：
1、从http://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/distruct.html下载并解压缩Distruct
1.1压缩包，可以看到含7个以casia为名的文件及5个名字字首为distruct的文件，还有一个drawparams的文件和一个颜色文件夹；
2、运行casia.postscript文件，应该能产生一个含9个群体柱形图的casia.pdf文件，这表明系统及软件正常；
3、打开casia.popq和casia.indivq将其原内容清空并置换为前述Structure软件运行后所产生的_run_1_f文件的内容（拷贝并粘贴），其中_run_1_f文件同时含有individual和population两者的数据。以Word打开casia.indivq文件，将_run_1_f文件后半部分的内容自“Inferred
ancestry of
individuals”行以下的数据拷贝并粘贴到casia.indivq文件中，全部替换原来的210行数据；以Excel打开casia.popq文件，将_run_1_f文件前半部分含有“Proportion
of membership of each pre-defined population in each of the 3
clusters”的行下面的数据拷贝并粘贴到casia.popq中，并替换原来的内容（K=3是可变的！）。新产生的内容注意仍然保持原来210行数据的那种格式。
4、打开casia.languages文件，将原内容
“50 Indo-European
51 Dravidian
57 Indo-European
59 Indo-European
58 Indo-European
52 Linguistic isolate
54 Indo-European
629 Altaic
699 Altaic
56 Indo-European”
替换为现内容
保存为原格式；
5、打开casia.names文件，将原内容
"50 Balochi
57 Makrani
52 Burusho
56 Kalash"
替换为现内容
保存为原格式；
6、打开casia.perm文件，将原内容
3 blue_Purple"
中的4、5颜色删去，并保存为原格式；
7、以文本格式打开drawparams文件，将drawparams文件中的
// (int) number of clusters&
#define NUMPOPS
// (int) number of pre-defined populations
#define NUMINDS 210& // (int) number of
individuals
中的5，9，210改为3，3，220，并保存；
8、将原distruct1.1文件夹中的casia_f文件删去，将_run_1_f文件整个拷贝并粘贴到解压缩后获得的distruct1.1文件夹中，重命名为casia_f；
9、运行distruct1.1文件夹中的distructWindows1.1应用程序，将修改导入Windows系统；
10、点击casia.postscript文件即可产生casia.pdf文件，这便是所需的结果。
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