eviews建立var模型好的comfa模型怎么使用

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-05-22 09:49 标签： eviews建立arima模型
硝基芳烃对呆鲦鱼急性毒性的CoMFA研究;;
　　用比较分子力场分析(CoMFA)方法研究硝基苯类化合物结构与呆鲦鱼的急性毒性的关系,考察了网格结构和探针原子对构效关系的影响。建立了它们的三维定量构效关系模型(用带一个单位正电荷的K原子为探针,并固定步长为0.2 nm),发现影响生物毒性的立体场、静电场的贡献分别为0.480、0.520,该模型交叉验证的相关系数平方q2为0.452,非交叉验证的相关系数平方R2为0.951。在CoMFA基础上引入疏水参数lgKow,以带一个单位负电荷的C l原子为探针,其立体场、静电场、疏水场的贡献分别为0.317,0.307,0.376。所得模型的q2=0.866,R2=0.994,并用该模型预测了标题化合物的急性毒性。……
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万千书刊，个性订阅关于Sybyl中CoMFA的最佳主成分数问题
关于Sybyl中CoMFA的最佳主成分数问题
我建立的CoMFA模型中，最佳主成分数为1，且交叉验证的R2为负值，想请教下可能是哪里出了问题呢？
好好研究一下教程，确认你没有操作错误。
我采用的是公共骨架叠合，感觉叠合的还可以，但是做出的模型咋就跟人差那么多呢 ，再怎么差也不至于R2为负值啊，搞不懂啊
训练集主要是母核相不相同的问题。
母核相同时，可以基于母核结构叠合分子；目核差异大时，可以基于场叠合，如基于药效团叠合。
活性数据最理想的是同一次实验的数据，这样才有可比性。至少要药理模型相同吧。
训练集分子的选择、叠合方式都会影响。这两个都影响很大的。
俺想问一下，训练集该如何选择？谢谢！上传用户：beywmpnfsx资料价格：5财富值&&『』文档下载 ：『』&&『』所属分类：机构：华中科技大学化学与化工系,武汉工程大学化工与制药学院湖北省新型反应器与绿色化学工艺重点实验室分类号：R914.2文献出处：关 键 词 ：&&&&&权力声明：若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请点击。摘要：γ一氨基丁酸是重要的抑制性神经传递物质，4一喹啉酮衍生物作用于GABA_A受体具有广泛的生物活性。本文采用DIS一 COtech法构建大鼠GABA_A/BZ受体4一喹啉酮衍生物激动剂的药效团模型，同时根据分子骨架叠合规则构建CoMFA模型，模型的交叉验证系数为0。681，非交叉验证系数为0。967，药效团模型和CoMFA模型具有一致性。根据模型分析配体一受体间的相互作用，设计一系列化合物并预报了其活性，为设计高活性的化合物提供参考。Abstract：Gamma amino acid is an important inhibitory neurotransmitter, and 4 of the GABA_A receptor has a wide range of biological activities. In this paper, DIS COtech method was used to construct the model of the GABA_A/BZ receptor 4 agonist in rat. The CoMFA model was constructed based on the framework of the molecular framework. The cross validation coefficient was 0. 681, non cross validation coefficient is 0. 967, the efficacy group model and the CoMFA model are consistent. According to the model, a series of compounds were designed and their activity was predicted, which provides a reference for the design of highly active compounds.正文快照：，氨基丁酸(GABA)是重要的中枢神经激动递质，其结构为HZN(CH:)3CooH。如今已证实GABA受体至少有三种型:GABA*受体、GABAB受体和GABAC受体。其中，GABA*受体尤为重要是由5个亚型组合而成的氯离子跨膜通道受体，目前已发现的GABAA受体有21个亚型，它们分别为8个亚家族(6种a亚分享到：相关文献|OALib Journal期刊
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维甲类化合物构效关系研究:抗致癌活性的三维构效关系
, PP. 932-939
使用比较分子场分析法(comparativemolecularfieldanalysis,comfa)[1]建立了一个维甲类化合物抗致癌活性的三维构效关系(3d-qsar)模型,用交叉验证法(cros-validation)、和非交叉验证方法(non-cros-validation)分别验证和建立的分子场模型,高的交叉验证回归系数(r2cv=0.905)说明系列化合物分子周围空间场和静电场分布的差异与其生物活性差异间存在良好的相关性。用这个模型预测在建立模型时没有包括进去的三个化合物的活性,预测值接近实验值,提示该模型有较好的活性预测能力,可用来指导设计新的高活性维甲分子。化合物分子的最低能量构象未必是其活性构象。用得到的化合物最低能量构象进行comfa研究,其交叉验证系数较低(r2cv=0.420),不具有统计学意义。但将部分分子的单键微弱旋转,构象能变化控制在2kcal·mol-1之内,其它分子采取最低能量构象,则得到高的交叉验证系数。叠合的配体分子场模拟了配体分子周围的作用环境,反映受体结合部位与配体之间存在相互作用的基团和(或)原子的空间和静电性质,分子场模型在作为预测活性模板的同时也在一定程度上映射出受体结合部位的三维拓扑形状和理化特性。
References
[]&&使用比较分子场分析法(comparativemolecularfieldanalysis,comfa)建立了一个维甲类化合物抗致癌活性的三维构效关系(3d-qsar)模型,用交叉验证法(cros-validation)、和非交叉验证方法(non-cros-validation)分别验证和建立的分子场模型,高的交叉验证回归系数(r2cv=0.905)说明系列化合物分子周围空间场和静电场分布的差异与其生物活性差异间存在良好的相关性。用这个模型预测在建立模型时没有包括进去的三个化合物的活性,预测值接近实验值,提示该模型有较好的活性预测能力,可用来指导设计新的高活性维甲分子。化合物分子的最低能量构象未必是其活性构象。用得到的化合物最低能量构象进行comfa研究,其交叉验证系数较低(r2cv=0.420),不具有统计学意义。但将部分分子的单键微弱旋转,构象能变化控制在2kcal&mol-1之内,其它分子采取最低能量构象,则得到高的交叉验证系数。叠合的配体分子场模拟了配体分子周围的作用环境,反映受体结合部位与配体之间存在相互作用的基团和(或)原子的空间和静电性质,分子场模型在作为预测活性模板的同时也在一定程度上映射出受体结合部位的三维拓扑形状和理化特性。
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