请问如何在NCBI上查询核酸的结构基因，然后根据结构基因设计引物(结构基因,设计引物,核酸,序列) - PCR实验 - 生物秀
标题: 请问如何在NCBI上查询核酸的结构基因，然后根据结构基因设计引物(结构基因,设计引物,核酸,序列)
摘要: [请问如何在NCBI上查询核酸的结构基因，然后根据结构基因设计引物(结构基因,设计引物,核酸,序列)] 请教如何在NCBI上查询核酸的结构基因，然后根据结构基因设计引物？我即将做RT-PCR，不知道引物的设计如何进行，看到很多大侠的帖子说是要设计在不同的外显子，还是有点不太明白如何操作，那就先要查询到结构基因的序列了，请师兄师姐能不能举例说明如何操作，很感谢！！ 关键词:[结构基因 设计引物 核酸 序列 外显子 引物]……
请教如何在NCBI上查询核酸的结构基因，然后根据结构基因设计引物？我即将做RT-PCR，不知道引物的设计如何进行，看到很多大侠的帖子说是要设计在不同的外显子，还是有点不太明白如何操作，那就先要查询到结构基因的序列了，请师兄师姐能不能举例说明如何操作，很感谢！！
点击核酸,输入名称,种属,mRNA,在出现的结果中寻找所要的,CDS给出了阅读框架区.引物设计在不同外显子是为避免扩增基因组.回复楼上的师兄（姐）回答的还是有点简单了“CDS给出了阅读框架区”，能不能切图说明？回复结构基因即能够编码蛋白质的基因，就是mRNA上的cds。引物设计一般是在mRNA上，对于RT-PCR，引物该如何设计，这要看基因组结构，若是基因组中的内含子比较的长的话，可用软件在mRNA中自动设计；若是基因组的内含子都很短的话，就要用人工架接的方法，使其中的一条引物跨越两个不同的外显子，以减少基因组的污染。但无论用那种方法都要使上下游引物在不同的外显子上，要不然就会把基因组也扩增出来。造成基因组污染。罗嗦了这么多不知道讲清楚了没有。希望对你有些帮助。回复有点明白了。不过有点疑问“无论用那种方法都要使上下游引物在不同的外显子上，要不然就会把基因组也扩增出来。造成基因组污染”？？？为什么使上下游引物在同一个外显子上 会造成基因组污染呢？究竟是什么基因组啊？也许我的问题很可笑，不过小弟刚开始接触，很多东西的确不知道，谢谢bluesky_521 的热心回答了。回复bluesky_521: 我正在设计引物，就是想跨内含子，避免基因组DNA污染。我查mRNA的方法与你叙述的一致，但它只告诉你阅读框架的头和尾，并没有exon的位置信息。如果NCBI中有这样的信息，能否指教。回复to: dhh, 如果外显子有重复的话就是可以把中间重复的部分也扩增出来，不知道这样理解对不对，请其他高手赐教。回复有点明白了。不过有点疑问“无论用那种方法都要使上下游引物在不同的外显子上，要不然就会把基因组也扩增出来。造成基因组污染”？？？为什么使上下游引物在同一个外显子上 会造成基因组污染呢？究竟是什么基因组啊？也许我的问题很可笑，不过小弟刚开始接触，很多东西的确不知道，谢谢bluesky_521 的热心回答了。其实你的问题比较好想的通，但是刚刚接触可能是比较不容易懂。要想想你所做的是从MRNA 逆转录为CDNA 的问题。那么CDNA其实从MRNA逆转录来的，是剪切了内含子的只有外显子信息的纯结构基因的信息，所以和基因组是不同的，试想想，如果把上下游引物设计在同一外显子上，那么就不是CDNA了，而是基因组DNA了，不知道这样的回答你懂了吗？也希望其他人批评指正。回复谢谢wh7师兄的回答，解决了心头的问题，哈哈。回复其实不是这样的！首先明确的一点是，在提取细胞RNA的过程中，由于种种原因会使一些细胞基因组DNA混入所提取的RNA中，这是你如果想用RT-PCR的方法来检测某一基因的表达水平的话，在扩增mRNA的同时就有可能也扩增了基因组DNA，从而使结果受到毁灭性干扰！克服的办法是在设计引物时要使上下游引物分别处于外显子上，由于从DNA转录到mRNA是要将外显子之间的内含子切除的，所以即使存在基因组DNA污染，PCR时基因组DNA也得到了扩增，但基因组DNA的扩增产物一定比mRNA的扩增产物要长，这样将PCR产物进行琼脂糖电泳就可成功分离，不至于影响结果！不知我是否说明白？回复大家说的都是一个道理,不过CHILLOW兄的回答可能更说明问题了些,希望对你有帮助.回复
不好意思，这几天比较的忙，没到里逛。 to:dhh，其实你只要知道基因组和mRNA的差别就可理解这个问题了。mRNA是基因组经过转录和剪切后得到的，不含有内含子，外显子和基因组是一样的。若上下游引物在同一外显子上，那引物就既可以和mRNA结合也会和基因组结合。就会有杂带，因为你的抽提不可能百分百纯。基因组和mRNA的长度有很大的差别，若引物在不同的外显子上，基因组就扩不出来。 你应该找到了基因图吧。在Transcript and products 栏中不是有NC+序列号吗？你点击选择Genebank就可得到基因组结构了。回复我也想请教这类问题：我从nucleutide中查到我要设计目的基因的序列，但查出来好几个，我实在不知道该如何选择，我也是新手，请多帮忙　如：查XX基因的序列１Human XX homolog (XX) mRNA, complete cds 6566bp２Homo sapiens XX homolog (Drosophila), mRNA (c clone IMAGE:5170834), complete cds 1403bp３Human XX protein (XX) mRNA, complete cds　４３４４bp４Homo sapiens XX homolog (Drosophila) (XX), mRNA 6825bp这些有什么区别吗　师姐让我在blast上比对，可我还是不明白，为什么要比对，怎么分析blast的结果回复是的,谢谢bluesky_521 ,wh7 ,chillow
等师兄的热心回答,我已经完全明白了回复我也有这方面的问题，想请教各位：我想测疾病潜伏期某病毒有没有结构基因的存留，此时病毒以亚病毒的形式存在，结构基因不转录和表达。想通过实验证明其是否存在。请问该实验存不存在理论错误？这种基因的DNA序列在那里能找到呢？万分着急！！各位费心了！！！感激中……
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电话：021-如何在genbank查找某个细菌的基因序列？_百度知道
如何在genbank查找某个细菌的基因序列？
没有ID号！
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，database选nucleotide，一般会有的~~~~~而且一般第一个会是全基因组序列~~~进入ncbi的首页，你输入这个细菌的名字直接查，输入你的关键词
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进入NCBI首页数据库里选nucleotide或gene都可以，存在的话会有列表，然后你再选择所在物种的基因序列进行查看，如果数目很多可以在输入的时候用gene名 AND 物种名进行查找
genbank的相关知识
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出门在外也不愁怎么在NCBI上查基因的序列号等相关信息？_百度知道
怎么在NCBI上查基因的序列号等相关信息？
谁能帮帮我啊！具体的教教我怎么做，谢谢！
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出门在外也不愁怎么查一个蛋白质的mRNA序列_百度知道
怎么查一个蛋白质的mRNA序列
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//www.选择你要蛋白的种属.ncbi，是ncbi的）http。。.nlm，在往下看到cds选项，如果你真要mRNA序列的话你把它互补一下1，这个就是它的cDNA,在输入你要蛋白3.再search框中选择蛋白protein，因为要那个根本没有用，然后点击NMXXXXXX（XXXXXX一般是数字 也就是核酸的序列号）5，我查文献用的。4.这个就是mRNA的信息.输入以下网址（pubmed，然后把T改成U，也就是mRNA的互补dna序列，点击
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//www.nih.ncbi.ncbi.nlm://www.gov/" target="_blank">http.nlm去NCBI网站首页<a href="http.nih
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检测该蛋白质含有大氨基酸种类和排列顺序 推导出mrna的序列
根据密码子对应的氨基酸反过来推！不过这推出来的只是部分mRNA序列。
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出门在外也不愁genbank 如何使用请问知道genbank的登录号怎么查基因的序列,比如我知道genbank登录号为NW_,请问怎么知道他的序列?我点击go后,出来的结果都不对,是不是操作错误?不同登录号的序列为什么不同?有什么差别?
我查了一切正常阿,是chicken的序列吗?FASTA部分序列是>ref|NW_|Gga2_WGA60_2:c5652 Gallus gallus chromosome 2 genomic contig,reference assembly (based on Gallus_gallus-2.1)ATGGAAAAATCCAAAAATTTCCGTAAAGGCGCGCTGCTGGCTGTCGATCCCCCCAAGGCGGCGGCGCAGAGCGCTCCGCTGGCCCTGGTCACCGGCGGCTCCGGCGGCGGCAGCCCTCCGTCTTCGTCGTCCTCCTCGTCGTCGTCGTCCTCCTCTTCTTCCGAGCTCCCCGCCGACTGCCCGCGCACCGACAGCCCCTCTCCGCCTCGCCTGCTGCCCGCGCACTGCGCGCTGCTGCCCAAAGCCGCCTTCCTGGGCGGGGGGGGACCCGGGGGCGGCCACCCGCAGCACCACGCCCTGGGGCTGCACCCCGCGGGGCCGGGCGGGCCGGGCCTCTACGGGCACCCGGTGTACGGCTACCCGGCGTTGGGCGGGCAGCACCCGGCGCTCTCCTATTCCTATTCGCAAGTGCAGGGAGCGCACCCCGCGCATCCCTCCGCCGACCCCATCAAGCTGAGCGCCGGCACCTTCCAGCTGGACCAGTGGCTGCGGGCGAGCACGGCCGGCATGATCCTGCCCAAAATGCCCGACTTCGGCTGTGAGTATGCGCTGCTCCCTCCCCGTCTCCCGAGGCTTCCTTTAAACCCTCCCTAACGGGGCTGCGCGTTCGGACCGCTGGCCGGGCGGATTATTGTTACTACTTTCAGTCAGATGTTATGATAACCAGGGGCTATCCGCCCTCCATCCCGCACTATTCCCTCCGTAGGATCCTCCGTAGGATCCTTCTCCTTTCCGAGCGCGGAGAGAGCAGCGCGCCCCGACCGCTCCGCGCAGCCCCAGAGCGCTGCAGGGGCAGCTCCGGGCATCCCTCCCGTCACCCTTACGCTCATTTCCTCATCTTCTTTTTTTTCTTTGACCGGCAAAACGGATTTAGAACGACGCCCTCCGAGCTCGGAGGGTTGCGCGTTTGCTGGAGGTAACGGAGGGCCGCGGGATAAGAGCAGGTGTGGGAGCGCTGCCGTAGCCCCGCGGTGCCATCGGCGCTCGGCAGCGGTGAGGTCCCCACGTGCGGTTCAGGGACGGGCGCTGCCGGAGGTGTGAGCGCCCCGCGGGGATTGCGCGCAGAGCGGCAGCCGAGGTGTCGTTTTACGAAAATCACGCCAGGAAGAAAAAAAAAAGAAAGCAGTCGCGATTTTTAATGTATACGTATATATTTTTTCATGCTCTGCGCGCGTTCGCGGAGACAGAACGCCGTAGTTTGCTCTCGGGTTGGGGCGCTTTGGACTGCGGCGTTCAGGGAGGGGGGGGAGAACCACAGAGGAGCGCTGTCTGAGCGCTGCCCTCAAATAGGGGCTGGGGGTGGGGGTGGCAGAATCGCACCGCCGTGCGAAAATACCCGCGGGCCTCCGCTGCCCTCCCTGCTTTCCTAAATTGGAGGAGCGAAAGTGGCGAAGCGCGGTACCCCGCCGCCTTCCTTGCATTATTTTTGTGAATGAAACCCTCGATTTGAATCGTTTTGAAAAGGGGGAAAATGGGCGAATATCTGTAATATACAGAATATATATATTTTTTTCCTCGTTCCAAGGCCGTTTCTCGTCTCGGCCCTTATAGGCGCGTTCCCGAATGCGGCCGCTGCCGCATCTCGCGGCTCTGGGTTGGGGTTAAAGCAGCGCATCCCGTCCGTTGGGGTTAGGATTAATTAACGCATCCCTCTAATCGCCGCCGCCGGGTTTTGCTTAACGCGTTAAACGCAACAAATCGTCTCTCCCGGGAGATGCCGCTTCGCCGCGATCCCCGGCAGCGTTTCGTTGTGCGGCCCTCGGGAGGACGAAAAGATTTTTCTGATTTCTTTTTTCTATTTATTTAAACGACTTGATTCCACCCCCTCCACCACCCCTTTTGGGCCCTACAGGGAATCCCAACCACGACCGCTCCTCTGTTCCCCTCTCGCATCTCTCTCCGCTGTCCCGCCGTCGGGGCCGCCCCGCGCTGATGGCTGCGTTTTCCCCCCTTCTTTCCCCTCCCCGCAGCTCAGGCGCAGTCCAACCTCCTGGGGAAGTGCCGGCGGCCGCGCACCGCCTTCACCAGCCAGCAGCTGCTGGAGCTGGAGCACCAGTTCAAACTCAACAAGTACCTCTCCCGGCCCAAGCGCTTCGAGGTGGCCACGTCGCTGATGCTCACCGAGACGCAGGTGGGGAGAGAAATAAGGAAAAGCGGTGATAATTAAAAAGGAAAAAAAGGGGATGGGGAGGGCACGGGGGGGAGGGGTGACACCGAGGGGCGGTGGATGAGGAGGTTGTCTGCCGTTTCTAGGTGAAGATTTGGTTCCAGAACCGCCGCATGAAATGGAAGCGCAGCAAAAAGGCGAAGGAGCAGGCGGCGCAGGAGGCAGAGAAGCAGAAAGGAGGAGGAGGAGGAGAGGACAAAGCGGCCGAGGAACTGCTGCTGCCCGGCCCGGAGAAAGGCGGCGGGAGGCGGCTGAGGGAGCTGCCCGACAGCGAGCCCGAGGACGAGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAAGAGGAGGCCGAGGCCGGGCGGTGCTGCCCCTACCACTCCTCCGACTGCTCCGAGGCGGACGAGGAGGACTCGCAGTCCGGAGGACGGCCCGGAGCCCCCCCGCCACCCCCCGCACAGCCGCAGTGAGCCCACGGCCGCCCCGTCGGGGCCGCCCCCGGCAACGGAGCCTCCTGGCCCCGCTCTCCATCCCGCTCTCCCATCCCTCCCTGCTCGGAGGGGGACGCGGAAAGGGATCTCCCGTCTGCCGAGCGGGAGGGAGGATTCACACAGTGTTATTATTGACTGAGAAGCGGCCACGACTTGAGCCCCCCTCCCCGCCCCGCCCTATCGGAACCGTTTCCTTCTTACCATATATCGGGAAAAGTGTTTATGTCATGAACGTTAAAACTGCTGCAGATCTCAATACTGTCTTTATTTTTGTATATCCTATTTATAAAAAAGGCGAAATGAATTCCTCTACTTATGCATGCTAAATTATTACCCAGCCCCTCCCGCCCTGAGGTGGGGGGGAGGAATATAAATAAAGAGCGTTTTGTACTGTGlink如下
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楼主是进入了NCBI的网站否，如果是要做比对要选择blast，如果是查询要选择Nucleotide，在输入序列号进行查询
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