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即送15丁当
请教，如何找已知蛋白结合的DNA序列
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这个帖子发布于13年零127天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请教，如何通过一个已知蛋白找到它的可能结合的基因序列，即转录因子的靶序列。我想找到它的下游调控基因。有生物信息学的办法吗？先谢谢了!
不知道邀请谁？试试他们
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因为研究DNA与转录因子关系的一般做法都是先得到基因，然后再研究它可能的结合蛋白或转录因子，所以我觉得通过对蛋白的序列分析来找它的调控基因或结合序列还是比较困难的。不过建议您通过以下几种分析试试：（1）在NCBI上通过BlastP进行蛋白序列的相似性比较，通过其他蛋白来推测它可能参与调控的靶基因；（2）在NCBI的Domain数据库中搜索该蛋白的保守结构域；（3）在ExPASy服务器中的Prosite数据库中搜索蛋白包含的motif。对于第一种情况，能否通过与其他蛋白的比较得到它的调控基因要看运气了；对于第二种情况，如果您的蛋白的确是个转录因子，从理论上说就应当能找到转录因子的两个特征结构域，即DNA结合结构域和转录激活结构域。如果第二步进行顺利的话，那么在第三步就会进一步找到两种结构域所含的motif。DNA结合结构域可能含的motif有Helix-turn-helix，Zinc finger，Homeodomain，Leucine zippers，basic helix-loop-helix等几种，因此可以通过这些motif来找到特异调控序列。转录激活结构域可能分为acidic α-helix，glutamine-rich domain，proline-rich domain等几类，虽然它们不能直接提供蛋白质结合DNA的序列，但是可以通过这些结构域的类型来推断激活因子，从而间接推断转录因子调控的靶基因。以上这些生物信息学方法虽然在理论上是可行的，但做起来可能不会很顺利，所以还应当考虑结合实验方法，如通过直接通过转录因子与DNA序列的相互结合作用来得到启动子区的片段进行分子生物学分析。
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Do you want to find a gene whose promoter represents a given transcription factor binding site?
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zylqz 请教，如何通过一个已知蛋白找到它的可能结合的基因序列，即转录因子的靶序列。我想找到它的下游调控基因。有生物信息学的办法吗？先谢谢了!如果你的序列是一个已知的TF，这应该不是一件很困难的事吧？有很多这种transcription factor database提供their genomic binding sites and DNA-binding profiles的信息。最著名的就是transfac，http://www./不过现在的6.0版已经不free了，400$，有钱就买来用，不想花钱目前只有4.0版的还可以用，不过这基本也够了bioinformatics.weizmann.ac.il/transfac/
北大也有，CBI里面自己找吧：）或者看看这个数据库，日本人做的，但是data似乎不是很全。总之自己搜搜啦，网上还有很多这样的库，我就不列举了：）其实就是查询一个已知TF然后得到它们对应的binding sequence。然后根据这个序列你就可以在EPD这样的Eukaryotic Promoter Database中看看他们包含在哪些promoter中，以及由这些promoter所调控的gene。不过必须要说明的是，即使promoter中含有这样的 TF binding site，也并不意味这个promoter就一定受到该TF的调控！不过，如果你的protein不是一个已知的TF，而只是一个和已知TF同源的序列，甚至只是一个putative TF比如中间含有几个DNA binding motif，那么，很遗憾，现有的方法是无法准确预测它的 DNA binding site的，我想只能通过实验去验证了，比如常用的fingerprint等等。而bioyang朋友所说的“DNA结合结构域可能含的motif有Helix-turn-helix，Zinc finger，Homeodomain，Leucine zippers，basic helix-loop-helix等几种，因此可以通过这些motif来找到特异调控序列”这个目前是不大现实的，呵呵，因为对于任何一种motif，比如HTH,它的binding site都是千差万别的，甚至相同的motif在不同的context中它的binding site都可能存在差异。
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forestsong edited on
很高兴能在这里再次遇到forestsong兄！当初只是看到这个问题三四天都无人问津，所以我这个bioinformatics的门外汉才纸上谈兵、抖胆抛砖，现在终于引来玉了。 :D:D再次感谢forestsong兄的详细解答和指正！
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楼主现在对找已知转录因子的靶基因应该相当了解了吧？我现在也刚做这方面的试验，想请教楼主。我现在用的是6.0版的??transfac，您有没有教程呢？不太会用
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好，正做这方面的研究
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关于丁香园请教关于16rsDNA - 实验交流 - 生物秀
标题: 请教关于16rsDNA
摘要: [请教关于16rsDNA] 我让一个公司测序，它是这样进行的，提取菌体基因组DNA，以该DNA为模板，16srDNA引物进行扩增。得到的扩增引物进行测序，长约1500bp，我想知道测序结果应该从NCBI中哪个模块进行比对，麻烦发网址过来，是用核苷酸序列进行比对吗？但是，那个不是比对16srRNA的吗？初学者，谢谢 关键词:[模式菌株 测序 模板 引物 基因组 扩增引物 菌体]……
我让一个公司测序，它是这样进行的，提取菌体基因组DNA，以该DNA为模板，16srDNA引物进行扩增。得到的扩增引物进行测序，长约1500bp，我想知道测序结果应该从NCBI中哪个模块进行比对，麻烦发网址过来，是用核苷酸序列进行比对吗？但是，那个不是比对16srRNA的吗？初学者，谢谢回复http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&BLAST_PROGRAMS=megaBlast&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome回复那就是，一个属下面选几个种，然后多选几个属，是吗？同一个属其他种的模式菌株和属外其他属的模式菌株，这句话不太懂，呵呵呵，我一点都没有学过，这方面的知识，谢谢啦。比如说是都是芽孢杆菌，那应该怎么选择？回复刚接触做相同的工作。来学习下！回复http://147.47.212.35:8080/
这个网站是做分类时的专业网站，里面都是收录的是type strain的16S序列，比NCBI好，NCBI里面的数据太冗繁，你根本不知道哪些是有效发表的。
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电话：021-请教：DNA检测值低于500和低于1000有多大区别？ - 乙肝交流 - 肝胆相照论坛 -
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本帖最后由 风雨不动 于
08:34 编辑
今天去医院拿了化验单，有点小郁闷，DNA为8.59E+02（检测值下限为500），上次化验结果也是2次方。本人目前阿德抗病毒中，以前都是低于检测值下限，而这两次检测都高于检测值下限，很怕阿德耐药。不过我看有的地方检测值下限是1000。在这里请教下大家：我这个检测结果怎么样？是否说明阿德抗病毒效果不好？有没有必要考虑加拉米？
附上本人抗病毒以来历次检测结果：
2009年6月& && &&&DNA8次方开始阿德抗病毒，大三
日& && &DNA为4次方，大三
日& && &DNA转阴，小三
日& &&&DNA8.83E+02，小三（检测下限为500）
日& & DNA阴，小三
日& && &DNA阴，小三
日& &&&DNA5.84E+02,小三（检测下限为500）
日& &&&DNA8.59E+02,小三 （检测下限为500）
[ 本帖最后由 银色黎明 于
19:03 编辑 ]
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你的应答不错啊，3个月dna从8次方转阴，肝功最近一直正常？可以继续定期复查，暂时不需要担心。
本人不是医生。
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差别不大，仪器都会有点误差呢……路漫长，常检查，记得心态要好。
新人请去精华贴看基础知识等贴，会受益匪浅①基础知识/forum/thread--1.html②抗病毒科普文章/forum/blog.php?tid=943599
现金10643 元&精华4&帖子&注册时间&最后登录&
预防性的加用拉米，我觉得可行。
蛋定是混论坛的最基本素质，即使没蛋，也要装出有蛋的样子
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试剂不同，检测方法不同。
你的数据说明，你的DNA为阳性。
总评分:&现金 + 5&
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起初效果还不错，没想到现在反反复复的，暂时还不想上拉米，器官负担太重了。谢谢大家，再继续看看吧。。。
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坚持吧，你的状态还算好的
现金364 元&精华0&帖子&注册时间&最后登录&
目前还算好吧，肝功和B超结果都正常，我们这个小城市，也没办法检测耐药性。
检查出乙肝有10年了，前几年还觉得没什么影响，和正常人差不多。从前年开始发病，住院两次，打了一年干扰素，现在又用阿德，花了不少的钱。最近还查出有甲减的趋势。工资收入也不高，现在感觉真是活的战战兢兢，如履薄冰。特别怕耐药，等两个月再去查查看，但愿能好转。。。
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>>请教专家:HPV-DNA检测(HC2)测
请教专家:HPV-DNA检测(HC2)测
小男生 当时年龄：
请教专家:HPV-DNA检测(HC2)测定结果阳性严重吗?
你好，根据你的描述，你的这种情况目前来看是不同的HPV病毒类型。建议你现在最好去医院做个宫颈LEEP，因为活检后提示是低度病变，做一下比较放心一点。
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