oscailbd版是什么意思思?

[转载]晶体结构解析、作图及投稿常见问答&(二)
转自晶体学论坛: 
ABSTM02_ALERT_3_B The ratio of expected to reported
Tmax/Tmin(RR') is & 0.75
      Tmin and Tmax reported:   0.645   1.000
      Tmin' and Tmax expected:   0.751   0.859
      RR' =   0.738
      Please check that your absorption correction is
appropriate.
PLAT061_ALERT_3_B Tmax/Tmin Range Test RR' too Large
.............    0.73
ins file: 加入size 0.3 0.2 0.2, 然后refine一下,cif 中就会有变化
2一直听说platon可以计算孔穴,但是一直不大明白如何计算,请问有这方面经验的朋友是怎么进行的,是用CALC ALL算res文件吗?其他文件可以吗?谢谢
在platond的命令提示行内输入
calc void可以计算空洞的大小,最好事先把一些溶剂分子都删去,在来计算!
3请问大家有没有自己用shelxa程序进行吸收校正的啊?需要注意些什么问题?现在已经知道是用raw文件和fcf文件,但是这个程序是在shexl里面自带的,那么具体应该怎么用呢?是在dos命令提示符下吗?
有个windows版本的shelxtl,但是好象在工具栏里没有看见相关的shelxa的东西,谢谢!
saint 里有一个SADABS子程序,可以做吸收教正
我们用的TexSan里面也是用的SADABS做吸收校正的
4两个问题请教!
1, 发表晶体文章之前,是不是必须作吸收校正.
2. 在acta crystal.C 发表文章,是不是从一开始递交manuscript时就要严格按照他们的要求编辑cif.文件,
可不可以等接受以后再准备. 
  因为,他们好像是用编辑好的cif.file 文件投稿!
一点都没错,就是你说的那样!
吸收校正是为了你的数据更好,如果已经很好了,完全没有必要做吸收校正。事实上很多有机晶体不需要做吸收校正。当然大部分晶体是要做吸收校正的。投稿不要要求你必须做吸收校正的。
2. 不严格按照要求做,你的cif文件根本无法提交。到不了审稿人手中。
5我只拿到CIF文件,大家指点一下!!!哪个软件能加个H.
只有cif文件就比较困难了,还要有hkl文件和res文件(或者ins文件)。
当然也不是没有办法,你可以用wingx把你cif转化成res文件,然后再用wingx生成hkl文件,这只是没有办法的办法了
wingx生成hkl文件? 没试过,请教步骤
我说错了一点,wingx自己不能通过cif产生hkl,但是它用到的platon可以产生,再此更正一下。我说一下直接有platon生成hkl的步骤:
1.打开platon,即双击pwt.exe
2.打开cif文件(File-Select Data File-*.cif)
3.点击上方按钮“Data”,其中有个“HKL
CALC”,单击一下即可产生hkl衍射点数据文件。生成的文件扩展名是*.hkp,改成hkl即可。但是此hkl文件的格式好像不是hklF
4的模式,怎么转化成HKLF 4的方法我还不清楚。请大家一起研究一下。
6以下是我对于cif文件中不太明白的部分,特别是吸收校正的类型很多,一般如何填写?问题很多,请各位江湖大侠给予指点,小女子不胜感激!
1. sadabs后的文件中,有total和I&2sigma 值,后者是否与还原时设置的
2theta 值有关?设置的2 theta 是不是越大越好?
cif检测后的2 theta
值是否等于cif文件中的_diffrn_reflns_theta_full?由于通过检测需要的值大约是50.4,所以还原时设置的2theta值应该尽量高对不对?
设置2 theta这个值高低的有缺点分别是什么?
3. 吸收校正的类型如何判断和填写?
_exptl_absorpt_correction_type  ?
multi-scan是什么意思?
4.T_min和T_max指什么?
_exptl_absorpt_correction_T_min  ?
_exptl_absorpt_correction_T_max  ? 
5. _cell_measurement_reflns_used   ?
_cell_measurement_theta_min    ?
_cell_measurement_theta_max    ?
如何填写,从Ls文件中哪个部分可以得到此信息?
6. 这些信息的来源是哪些文件?
_diffrn_standards_number     ?
_diffrn_standards_interval_count ?
_diffrn_standards_interval_time  ?
_diffrn_standards_decay_%     ?
7.su值的意义,这个值从哪里得到?
_refine_ls_shift/su_max      0.001
_refine_ls_shift/su_mean     0.000
8.这些表示什么意思?
_diffrn_measured_fraction_theta_max  0.477
_diffrn_reflns_theta_full       26.99
_diffrn_measured_fraction_theta_full  0.477  
9.这些值的意义和来源?
_refine_diff_density_max  0.960
_refine_diff_density_min  -0.690
_refine_diff_density_rms  0.142
4.T_min和T_max指什么?
_exptl_absorpt_correction_T_min  ?
_exptl_absorpt_correction_T_max  ?
在ins文件中加入size 0.2 0.1 0.1,然后运算一遍就有值写入T.
6. 这些信息的来源是哪些文件?
_diffrn_standards_number     ?
_diffrn_standards_interval_count ?
_diffrn_standards_interval_time  ?
_diffrn_standards_decay_%     ?
这些值不用都填, 其中decay_% 在ABS文件中找  
7.su值的意义,这个值从哪里得到?
指收敛,是自动生成的
3. 吸收校正的类型如何判断和填写?
_exptl_absorpt_correction_type  ?
是与仪器有关的吸收校正的类型,你问问给你做晶体的人
5. _cell_measurement_reflns_used   ?
_cell_measurement_theta_min    ?
_cell_measurement_theta_max    ?
从_LS文件中找
7小弟刚接触结构解析,不知道该如何判断分子之间是否有氢键,如果有我又该怎么办啊,希望各位大侠给与帮助。
如果有氢键程序会默认以虚线的形式表示出来。
建议你用platon去检查一下,这样比较的准确!
在ins里面键入htab命令,refine之后可以在lst文件里面发现H键
8画椭球图用哪个软件好?我用ORTEP时!labels和结构比好大,分子结构较大,拥挤,如何缩小
2对称结构的不是_A就是上标A,没法如!工1A,2A,形式 如何画好一个椭球图,请高手指点!!!
还是用XP画吧!
9cif中显示结构的完整度只有85%,是不是不能发文章,它究竟是怎么计算出来的?
太低了, 在ins中加入omit 继续修吧,最好到95以上
10现在已经有了单晶数据,怎样求分子内任意两个原子之间的空间距离?
做出两个分子,对称或堆积用link或者join 就ok了
还是不太明白,能不能详细指教?谢谢!我能用link命令把两个原子连起来,但用envi
命令不能显示他们之间的距离啊?(同一个分子内的两个原子间的距离)
唉,我还是喜欢用win版的,直接点一下鼠标,就知道分子内任意两个原子之间的距离了。OSCAIL软件包
用link命令,然后用bang就可以了,终于看懂说明书了!不过还要谢谢各位!
11在ins文件中加入exti指令后精修,却发现结果该值高的异常(达几百至一千多)请问这是什么原因造成的,如何更正
不要做exti嘛,有时候做exti,R会降,但有时候会升高,说明不适合做exti。
12晶体中原子的占位度表示什么意思呀?怎么计算出来的?cif文件里有标示出每个原子的占位度吗?
还有,是不是每个原子的占位度必须是100%?
原子的占有率,你根据这个汉语意思还不知道吗?原子的占有率不一定都是100%,看在什么位置了,跟位置有关,
占有率在res 文件中有
11代表100%,10.5代表50%,10.25代表25%,10.125代表12.5%
跟位置有关,是否构成晶体骨架的原子占位率必须是100%呢?如果晶体中有两种原子占同一个位置,是这两种原子占有率的加和应该是1吗?
跟位置有关,主要是指,在什么样的对称操作上,通常叫做特殊位置,在其他位置的叫一般等效位置,晶体骨架的原子也许刚好在某种对称操作上,比如在2次轴或对称心上,则为0.5,在三次轴上为0.367还可以0.25
0.50 1.0等,如果两个原子占同样的位置,则这两个原子占有率应该等于1(在一般位置时),在FVAR命令行的那个参数后面
添加1.0000,这两个原子的占有率部分分别改为21.0000和-21.0000,这样就可以限制两个原子的占有率为1.0,当然还要用EXYZ这个指令和Eadp这个指令
当然,如果是无序,也可能是占有率不为1.0,看无序的程度了,但总的占有率还是1.0
13请问在数原子个数的时候是不是应该先在Xshell里面grow结构,数完之后然后乘以Z值。谢谢!
你可以在ins文件中加入acta指令,在lst文件中就会给出单胞内各种原子的个数,但前提是你在unit那行给出的原子个数不对,在lst文件中就会给出正确的个数,否则不出现,但也可以通过添加more命令,用不同的参数,具体是多少,我忘记了,比如more
3 ,4,5,6等你试一下
14请教各位前辈、学友:我经常碰到这种情况,就是在给单独的氧原子加完氢后,形成的氢键只有供体却没有受体,这是为什么?应该怎样修正?
我以前替别人检查的时候,也出现这种情况。后来仔细检查他的修正过程时发现是原子定错了,你看看是不是也是这种情况。所以加氢的时候会加错。就出现只有供体没有受体了。
一般是容易出现c原子定为O原子。从键长方面多检查一下。温度因子可能变化不大,因为C和O的原子量接近。
用WINGX-&MAPS-&Calc-OH找氢,再处理其它问题
15PLATON晶体学工具软件很是有用。建议大家下载它自己检查CIF文件。在我们解的过程中,PLATON就会告诉我们合理性问题,省得少走弯路。解好一个结构,应该说只有通过了CIF检查才算好了!不要等到要投稿才算检查!有时解的过程中独立单元没选好,等于没解,它必须重新得出原子的坐标或利用SGEN处理,重新进行计算相关几何参数!由于原子编号可能变化,图可得重画呢?何必把聊天的时间也搭上啦!大家应该大度地说,只有通过了PLATON检查才算解好一个结构,才算真正合成了一个晶体!
建议下载WINGX免费软件,PLANTON是其中的一功能。网址:
16如果完整度太低,在发表文章时影响是不是很大呀?我有一个的完整度才百分之86左右,是不是不行呀?
一般要求90%以上,如果是用ccd测的,可以再重新还原数据一次看看有没有改善,也可以通过其他非正常手段去提高完整度,比如人为的修改衍射角度,可以唬弄检查(个人不提倡用),衍射点已经就那么多了,对修正没有影响。
completeness? OMIT 0.00 52.00...
171.如何从SMART的Unit Cell
Determinsation的输出结果看出试样是属于哪种点阵的?是Primitive的,还是A,B,C,I,F,R的
--&在后面用XPREP确定晶体结构时要选择的
2.Unit Cell Determinsation输出结果中的Orientation Matrix是不是
S11 S12 S13
S21 S22 S23
S31 S32 S33
看消光,例如:如果是P,则P列衍射收集点为0,或很小
P列是哪一列?如果是A,B,C,I,F,R的,又该怎么识别呢?
我把SMART APEX的User's Manual(5.0)
4-13页中的用SMART&Crystall&Unit
Cell对YLID的Least-squares输出结果(Fig. 4-32)打出来,请具体讲讲,好吗?
Orientation Matrix:
Lattice Parameters & Standard deviations:
5.7 18. 90.022 90.091   991.02
0.1  0.0042  0.020  0.017  0.020    0.48
Standard deviations corrected for GOF:
0.8  0.0077  0.037  0.032  0.036    0.89
Histograms:
    .00  .05  .10  .15  .20  .25  .30  .35  .40  .45  +inf
  H   85  0   0   0   0   0   0   0   0   0
  K   85  0   0   0   0   0   0   0   0   0
  L   83  2   0   0   0   0   0   0   0   0
Omega   76  6   1   0   2   0   0   0   0   0
   0.00  0.25 0.50 0.75 1.00 1.25 1.50 1.75 2.00 2.25  +inf
  X  48   29   7   1   0   0   0   0   0   0
  Y  63   11   4   4   1   0   0   0   1   1
        H   K   L   Omega        X     Y
在这里是看不到格子类型的,可以在.P4P文件中看到格子类型
18一个化合中有Cu-C=-N 但是选择高对称性的空间群后发现Cu上只有一个原子C或者是N请问怎么把它修成氰根呢
不胜感激!
建议你这样试试:
加入开始的C或N的坐标是
C1  1  0.32017  0.35605 -0.200  0.08780  0.06013 =
    0.09611 -0.02732  0.01171 -0.01502
你将其改为
C1  1  0.32017  0.35605 -0.200  0.08780  0.06013
    0.09611 -0.02732  0.01171 -0.01502
N1  1  0.32017  0.35605 -0.200  0.08780  0.06013
    0.09611 -0.02732  0.01171 -0.01502
然后在PLAN 20 后加上
EXYZ  C1 N1
EADP  C1 N1
c1    10.50000
n1    10.50000 好象不太对吧 又不是在二次轴上
没错,10.500表示这个位置上N和C可能出现的机会都是0.5。
我上面只写了C的处理,原先的N也要按照相同的方法处理。
19我见到前篇您关于测量晶体两个面间的距离问题的回复,“两个平面之间的距离是由两个平面的平面方程计算的,不是两个平面原子的距离,这两个平面方程可以由SHELEXS来计算或者用XP来计算。“请您详细说明一下SHELEXS来计算或者用XP来计算的步骤好吗?谢!
在XP窗下,用MPLN命令可以得到一个平面方程,例如MPLN C1 C3 C5,再算另一个时,给出与上一个的夹角。
MPLN命令能给出两个平面的夹角,但平面距离呢?
既然有夹角,谈何距离呢?
既然有夹角当然不平行了,所以两面之间距离为0
这个说法是不正确的,所谓两个平面不平行,其距离为0只是数学上的概念,它们的平面为无限的,而我们讨论的平面是有限的,可以说两个平面之间的距离不存在,但是,建议采用一个平面的中心到另外一个平面的距离代替平面间距离。
20测晶体结构的老师给我的Rint为0,但杂志社说不能为0,我问了那个老师他说程序算出来就是0,这怎么办?望帮助,谢谢
我也碰到过这种情况, 提交修改稿的时候解释一下应该没什么问题吧
这是因为你测试完晶体以后,把数据都merg了。当解结构的时候,程序会认为此时的Rint=0。如果是有心空间群,这样合并无所谓,如果是无心空间群,则不合适了。衍射点会比根据对称性计算的衍射点少。一般是IP面探会出现这种情况(实际上可以通过设置,让还原程序不merg原始数据,这样就不会出现上面的情况)。如果是IP测的晶体,在配置文件texray里面可以找到实际的Rint是多少,注意这里的rint是按照百分数给出的,也就是乘以100以后的值,实际需要的是应该除以100以后的值。如果是CCD测的都就不会有这样的情况。
楼上的兄弟说的很专业,确实,我以前收的那个就是IP收的数据.
我想问一下兄弟,在texray文件里找到了不是0的Rint值之后怎么办? 直接去改掉cif里的那个值吗,直接改?
如果是用CAD测的,Rint=0,又是怎么回事?如何改?望各位赐教
rint=0,这说明衍射点被合并了,简单来说,这本来是解结构的程序来做的事情,被还原程序提前给做了,如果是有心空间群,直接在cif中修改,没有什么影响,如果是无心的空间群这样就不合适,只能作为权宜之计,因为你的衍射点数目肯定小于根据对称性计算的衍射点数目。严格来讲,应该重新收集数据,不合并衍射点,但对于一般的不是单纯搞结晶学的来说的,衍射点少一点也就少一点了。只要解结构时,衍射点的数目不小于参数的8倍也可以。这是个人见解,也可能不合适,见谅。
21我有一个晶体结构,其中的一个碳原子温度影响参数达到了0.186,导致它与周围原子之间的键长有些偏差C—C仅为1.32,而且画出的晶体图中这个原子也显得比其他原子打了很多,(体积有三倍大)。其他们什么问题,GOF和R1
也到比较理想。请问,这在发文章的时候会不会受影响?如果需要特殊的精修方法,该怎么办?
温度因子太大在发表文章时审者是会提出质疑的,一般有可能是您的原子命名有问题(有时可能是其它原子命名的问题),还有就是在该原子位置有无序的情况也会出现温度因子偏大。
22platon 在检查CIF
文件,特别是空间群是否定错了,计算空洞的大小等非常好用。但是很多人不会安装,我琢磨了一个多小时,现把具体方法告诉大家。
软件的下载地址大家应该清楚了,不用讲了,
1,先安装PWT软件
2,把PLATON 文件里的全部文件复制到PWT安装的路径文件中,选择覆盖全部文件。
3, 点击PWT.EXE 就可以看到体格WIN 界面了
4,选择打开数据文件,一般打开CIF文件,后面的事情你要检查什么都可以了。
大家试试了,再使用过程中有什么好的思路,欢迎交流指点。
其实,下载WINGX更好用。它不仅包含PLATON,还有SHELX,Validate Cif, SXGRAPH,
ORTEP,CAMERON等界面,对小分子非常好用。可以边解结构,边检查合理性。
23请问各位老师,两苯环平行,间距3.52;质心距4.67。这个夹角大约40度。可以算作pi-stacking吗?
距离好像要小于3.35
有弱作用,角度最好在20度左右最好
非经电的Pi-Pi作用,你最好检查最近的碳原子同苯环的距离。此外,你的结构好像存在
C-H...Pi作用。
24各位大侠,在解析结构时,配位水能不能质子化。我想在六水合铜的一个水分子上加一个氢原子,不知是否合理。因为我的电荷不能平衡,缺少一个正电荷。
配位水质子化一般不太可能,因为如果带电荷的化,有可能不是配位水了,电荷排斥,也许不是配位水,是个羟基也有可能啊,看你合成的条件了,另外,也可能是Cu有变价。主要看你反应的条件了。或者从其他的方面去平衡电荷。个人认为配位水不太可能带电荷。
25无序分两种:1动态的无序;2静态的无序
第一种好理解,where one atom occupies more than a single site;第二种指the
same site in two unit cells is occupied by different types of
无序的精修,需使用一些技巧。
So, what is displacement? They are the same thing?
&I am solving some single crystal structures,
which Ba2+ dopes in the site of K+ (less than 10%,
statistically).
In shelxtl, I tried the EDAP and EXYZ command,still suffering
that. :-(.
displacement应属第二种,不常见,两个命令与此有关,简介如下:
&EXYZ followed by a list of atom names forces
the named atoms to possess the same coordinates as the first atom
of the list. This can be useful for some types of substitutional
EADP followed by list of atom names makes the anisotropic
displacement parameters of all named atoms equal to those of the
first atom in the list.
那你可以告诉我,当溶剂DMF与金属原子配位以后,出现的无序该如何解决?
我是新手,请多多指教,还有啊,我用英文表达的不好,只好用母语了,见笑了。
如果是第一种,可以修占有率,还可以进行键长、键角的限制
26请教各位大侠:我的晶体在CHECK时出现Correction for Absorption Required 
RT(exp),怎么办呢??
意思大概是要你做吸收校正
吸收校正是不是一定要重新收集数据才能完成啊?不能通过精修完成吗?
还原时要做吸收校正, 不必每次都重收数据.校正后的数据会好很多. 也有个别晶体需要重做, 我还碰到过校正不好的情况
27解结构时修正单元中有很多结晶水,这些水的氧原子温度因子很大,没有吧,残留峰很大,怎样修正水的占有率,溶剂水的氢傅立叶算不出来,怎样加上?急需!!
放开水的占有率为1.00000,修四轮后程序会自动给出水的占有率。
28解好的晶体结构cif,不知道(或没有查到)已经是被人发表了,我邮寄给ccdc或icsd数据库进行deposit时,他会不会仍然接受?他们在deposit是要不要查新?我如果投的话,他还会给我一个号吗?
同时如果我deposit一个新的晶体cif,那我发文章是否有时间限制?
那位大侠知道,请指点!!!
一定要先查是不是有人发表了,再邮寄给Ccdc或icsd. 邮寄时要注明将发表在那种杂志上,时间上好像没有限制.
deposit一个新的晶体cif,那发文章是有时间限制的, 一般为3年.到期后会有一个询问处置方法的信.
29我合成的单晶易吸水,测定时需封在毛细管中,请问在哪儿可以买到直径0.5 mm
的单晶测试用毛细管?请教经销商的联系方式和大至价格。谢谢。
不要买了,随便一个毛细管,自己把两个口一封就行了,给里面记着来些母液,我就这样做的。
普通玻璃的毛细管有吸收,会影响测试,最好用石英的毛细管!
30请教各位大侠:有时候溶剂分子的热参数较高,比如要有15-25之间,有没有必要将该溶剂分子修为半个,或者修成合理的个数直到其热参数合理?那么一般溶剂的热参数多大时才为合理呢??谢谢啦
0.15到0.25其实还好,如果溶剂分子在孔里面,若参数是会大一些.
31向各位请教 编辑说我的图形分辨率低 有锯齿 可是我的图形是用XP画的 转换成PDF后贴上去的 我该怎么办呢 急啊
哪位高手知道务必帮忙, 不胜感激!
你的文件世HGL的格式吗? 可以试试EPS格式
我的文件就是用XP生成的PS格式,然后转化成pdf格式,请教还有其他什么方法
用CorelDraw修改后,可以导出为各种格式,包括EPS,GIF,JPG,TIFF等,很清晰的
安装HGL格式的插件,就可以在word里直接插入HGL图像了。HGL格式是矢量图像格式,绝对清晰,如果编辑部需要图片的源文件,直接给ps就可以了!
可以把PDF中的图片复制到PHOTOSHOP中,先复制,然后在PHOTOSHOP中新建一个文件,这时可以选择图片大小和分辨率,大小不用改就是你刚才复制的那张图片的大小,只要改一下分辨率就好,默认的好像是72,我一般改成300,你试一下!
请大家注意,晶体学的图形尽量用矢量图,因此不要在Photoshop,ACDsee这些软件里转换,要习惯使用CorelDraw,Freehand,illstrate等矢量软件,导入hgl图形,编辑后再存为需要的格式。当然安装office的hpgl插件是最佳方案,但是这需要事先在XP里面把图形处理好。如果图形产生后需要进行一些编辑,比如删除一些原子,或者加一些箭头等则建议使用矢量绘图软件。
32验证CIF 有个错误Centre of Gravity not Within Unit Cell:
Resd.哪位大侠知道怎么解释这个啊,重心怎么会不在晶包里?
好像在ins里加平移指令重新产生cif就能解决
33我的结构中有氢键,但是不知道怎样画出来和怎样列出氢健的表格,请各位大牛帮忙,急等着发文毕业呀!
要在cif文件中列出氢键是比较容易的,步骤如下:
1. 首先在*.ins文件中加入HTAB 2.3的指令精修一次,然后查看产生的*.lst文件中相关氢键的部分。
2.从*.lst其中找出对称码,在ins文件中加入相应的指令
如EQIV $1 1-x,1/2+y,1-z...
再找出相应当氢键
删除HTAB 2.3的指令,加入每个氢键的指令
如HTAB O2 O3
HTAB O1 N2_$1 注对称码要写正确,不是对称操作产生的原子不要写对称码...
然后精修就可以在cif文件的最后中产生氢键列表。
如果只要看一下氢键,可以直接用platon检查一下,即可得出氢键。
xp下面话氢键有点麻烦,建议还是换用其他软吧!
34下了个WinGX结果点wingx32总是进不去,我down了license文件了?我的操作系统,WinXP。另外,我想问SHELTXL和WinGX解单晶哪个更好,SHELTXL解出的单晶结果怎样检验正确性
你要设置环境变量,具体方法软件会提示你到相关网站查。
个人觉得还是shelxtl更好用点,正确性主要看 r和 wr 和s值
其他的建议参看 单晶结构分析 原理与实践 陈小明主编,非常好的一本解单晶的实用书籍
我安装的WinGX也是无法通过license,请高手指教!to
楼主:我也用的shelxtl,但是听说WinGX是个综合的平台,包含了shelxtl ,另外还有platon 等等。
环境变量有两个,一个是WINGXDIR,一个是PGFONT,都要设置的,然后把获得的那个license拷到wingx目录下,完全可以的。WINGX确实是个综合平台,包括的是SHELX,而不是SHELXTL,这是两个不同的概念,SHELXTL里面有XP,是商业软件,而SHELX可以免费获得,没有XP,不能画图。
35解一晶体,checkcif发现有290A3的自由体积,解释为可能有溶剂,可是再找峰时没有发现有游离峰,用platon检查空间群也没错,数据修的也还行啊。请各位高手指教!
这个问题我也遇到,不知如何解决,platon解释有两种原因,一为含有溶剂分子,没有解析出来,另外一个原因就是你的化合物的分子间的作用,如氢键,堆积作用等比较强烈,比较多。
可能是空洞中还有水分子找不到的原因。建议你做一个热重实验验证水分子的存在。
36我也不清楚各位是如何画图的,但是按理说在XP里画的图绝对清晰,够用的。我一直用的是ps格式的。画图时,首先自动生成一个plt格式的文件,然后采用draw命令,再选择A,输出为ps格式,很清晰的,ps格式可以用adobe
distriller转为pdf格式的,但是不推荐这种方法,个人建议在论坛下载一个ps文件浏览器,就是gsview,它要和Ghostscript配合使用,就是说两个软件都要安装的。很好用的,可能下载的版本打开文件时每次都有个对话框提示注册,但是不注册照样可以用的。强烈推荐用gsview打开ps文件,如果修改,那就用coreldraw修改,它可以输出为各种格式的,包括eps,png,gif,jpg等等,很清晰的。其实也可以下载gassian
viewer,它也可以打开的。
谢谢老师啊,我也一直用的PS,然后转化为PDF,然后拷入Chemdraw,
输出tiff.不知道您所说的gsview和Ghostscript跟上面的方法比有什么优点阿?感觉操作还是有点麻烦啊!
37发在晶体学E的结构,Rint=0.000,编辑让解释一下。这东西怎么解释啊。各位多帮忙!!
这个问题一般是由于数据合并时产生的,您可以在一个*.abs的文件中来查到R(int)值。
我们做过scale后产生了一个R值
38要判断两个平行的芳环间有无pai-pai作用.
最重要是找出这两个平面的距离.
一般情况下只要在xp中使用
mpln atom1 atom2 atom3 atom4 atom5 ...
这个命令就可以.程序会给出这几个原子所构成的平面方程.这是个归一化方程.
接着,mpln atom1' atom2' atom3' atom4' atom5' ...,
程序会给出第二个归一化方程.这两个方程中等号右边的两个数值之差就是所求的两个平面的距离.如果两个平面有夹角,使用上述方法就不太合适了.此时,应求一个平面的中心到另一个平面的垂直距离.
首先,cent/x atom1 atom2 atom3 atom4 atom5
...,此命令计算出这几个原子的中心位置并在原子键连表中用xA表示.
接着,cent/x atom1' atom2' atom3' atom4' atom5'
...,计算出第二个平面的中心并用xB表示.line xA xB命令会给出从xA 到xB的向量.
紧接着,mpln atom1' atom2' atom3' atom4' atom5' ...,程序会自动计算出xA
到xB的向量与平面atom1' atom2' atom3' atom4' atom5' ...的夹角.
计算xA 到xB的距离当然很简单了,下面只要用几何知识就可以求出一个中心到平面的距离了.
用platon计算,所有的信息都会有的
lineXA XB命令输入后怎么看距离啊我怎么看到的是3个数啊好像不是距离啊?
可以先link X1A X1B,然后再bang X1A X1B,这样就可以直接得到X1A X1B之间的距离了
其实只用Bang x1a或x1b就可以了
不用link直接bang x1a或x1b不行吧?!
39Flack因子从那个地方看???
如果是无心空间群,在解结构的过程中,把所有非H原子找完后,程序会自动给出flack参数,在list文件有,再加入指令修正后,出现在cif文件中。
40大家应当度过yaghi的文章,请问谁知道文章里面的图,尤其是空腔内的黄色圆球,有的还带投影,如何画,请高人指点。多谢多谢!
diamond3.0能画出这样的图
简而言之就是造“哑原子”,diamond3里面的“Insert Atom”的命令可以造哑原子。
比如在有结构的空穴中间造一个哑原子,然后把它的半径变得很大,就可以了!试一下吧,实践出真知!
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